Таҳлили васеъи сегрегант
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
Такаги ва дигарон, Маҷаллаи растаниҳо, 2013
● Маҳаллисозии дақиқ: Омезиши массаҳо бо 30+30 то 200+200 нафар барои кам кардани садои замина;пешгӯии минтақавии номзад дар асоси мутантҳо ғайри синоними.
● Таҳлили ҳамаҷониба: Шарҳи амиқи вазифаи генҳои номзад, аз ҷумла NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG ва ғайра.
● Муддати тезтар баргардонидан: Маҳалликунонии босуръати генҳо дар давоми 45 рӯзи корӣ.
● Таҷрибаи васеъ: BMK дар маҳаллисозии ҳазорон хислатҳо саҳм гузоштааст, ки навъҳои гуногунро ба мисли зироатҳо, маҳсулоти обӣ, ҷангал, гулҳо, меваҳо ва ғайра фаро мегирад.
Мушаххасоти хадамот
Аҳолӣ:
Ҷудо кардани насли волидайн бо фенотипҳои муқобил.
Масалан, насли F2, Backcrossing (BC), хати рекомбинатии инбридӣ (RIL)
Ҳавзи омехта
Барои хислатҳои сифатӣ: 30 то 50 нафар (ҳадди ақал 20) / яклухт
Барои хислатҳои миқдорӣ: аз 5% то 10% шахсони дорои фенотипҳои шадид дар тамоми аҳолӣ (ҳадди ақал 30+30).
Амиқии тавсияшавандаи пайдарпай
Ҳадди ақал 20X / волидайн ва 1X / насли инфиродӣ (масалан, барои ҳавзи омехтаи насли 30+30 инфиродӣ, умқи пайдарпай 30X барои як масса хоҳад буд)
Таҳлили биоинформатика
● Тағйирёбии геномҳои пурра
● Коркарди маълумот
● Занги SNP/Indel
● Санҷиши минтақавии номзадҳо
● Тавсифи вазифаи гении номзад
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
Нуклеотидҳо:
| намунаи gDNA | Намунаи матоъ |
| Консентратсияи: ≥30 нг/мкл | Растаниҳо: 1-2 г |
| Миқдор: ≥2 мкг (Ҳаҷми ≥15 мкл) | Ҳайвонот: 0,5-1 г |
| Тоза: OD260/280= 1,6-2,5 | Хуни пурра: 1,5 мл |
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи РНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1.Таҳлили ассотсиатсияҳо дар масофаи Евклидӣ (ED) барои муайян кардани минтақаи номзад.Дар расми зерин
меҳвари X: рақами хромосома;Ҳар як нуқта арзиши ED-и SNP-ро ифода мекунад.Хати сиёҳ ба арзиши муҷаҳҳазшудаи ED мувофиқат мекунад.Арзиши баландтари ED нишон медиҳад, ки робитаи бештари байни сайт ва фенотип вуҷуд дорад.Хати тире сурх остонаи ассотсиатсияи муҳимро ифода мекунад.
2.Таҳлили ассотсиатсия дар асоси нест SNP-index
меҳвари X: рақами хромосома;Ҳар як нуқта арзиши индекси SNP-ро ифода мекунад.Хати сиёҳ барои арзиши муҷаҳҳазшудаи SNP-index ишора мекунад.Чӣ қадаре ки арзиш калон бошад, ассотсиатсия ҳамон қадар муҳимтар аст.
Парвандаи BMK
Локуси миқдорӣ, ки таъсири калон дорад Fnl7.1 протеини фаровони дер ҷанинро, ки бо дарозии гардани мева дар бодиринг алоқаманд аст, рамзгузорӣ мекунад.
Нашр шудааст: Маҷаллаи биотехнологияи растанӣ, 2020
Стратегияи пайдарпайӣ:
Волидон (Jin5-508, YN): Ҷудокунии тамоми геном барои 34 × ва 20 ×.
Ҳавзҳои ДНК (50 гарданҳои дароз ва 50 гардани кӯтоҳ): Ҷудокунӣ барои 61 × ва 52 ×
Натиҷаҳои асосӣ
Дар ин тадқиқот, ҷудокунии популятсия (F2 ва F2: 3) тавассути убури хати бодиринги дарози Jin5-508 ва гардани кӯтоҳи YN тавлид шудааст.Ду ҳавзи ДНК аз ҷониби 50 фарди шадиди гардани дароз ва 50 фарди шадиди гардани кӯтоҳ сохта шудаанд.Таъсири асосии QTL дар Chr07 тавассути таҳлили BSA ва харитасозии анъанавии QTL муайян карда шуд.Минтақаи номзад тавассути харитаи дақиқ, миқдори ифодаи генҳо ва таҷрибаҳои трансгенӣ, ки гени калидӣ дар назорати дарозии гардан CsFnl7.1-ро ошкор кард, боз ҳам танг карда шуд.Илова бар ин, полиморфизм дар минтақаи промоутер CsFnl7.1 бо ифодаи мувофиқ алоқаманд аст.Таҳлили минбаъдаи филогенетикӣ нишон дод, ки Fnl7.1 локус эҳтимол аз Ҳиндустон сарчашма мегирад.
 Харитаи QTL дар таҳлили BSA барои муайян кардани минтақаи номзаде, ки бо дарозии гардани бодиринг алоқаманд аст |  Профилҳои LOD аз QTL-и гардани бодиринг дар Chr07 муайян карда шудаанд |
Сю, X. ва дигарон."Локуси миқдорӣ аз таъсири асосии Fnl7.1 протеини фаровони дер ҷанинро, ки бо дарозии гардани мева дар бодиринг алоқаманд аст, рамзгузорӣ мекунад."Маҷаллаи биотехнологияи растанӣ 18.7(2020).
