Геномикаи муқоисавӣ
Бартариятҳои хизматрасонӣ
●Сабтҳои васеи коршиносӣ ва нашрияҳоБо ҷамъоварӣ, BMKGene зиёда аз 90 лоиҳаи муқоисавии геномикаро анҷом додааст, ки омили таъсири ҷамъшуда ба 900 расидааст.
●Таҳлили ҳамаҷонибаи биоинформатика: бастаи таҳлилҳо ҳашт таҳлили маъмултаринро дар бар мегирад, ки рақамҳои омода барои нашрро хуб тарҳрезӣ кардаанд ва имкон медиҳанд, ки натиҷаҳо ба осонӣ тафсир карда шаванд
●Гурӯҳи баландихтисоси биоинформатик ва давраи кӯтоҳи таҳлилБо таҷрибаи бузург дар таҳлили муқоисавии геномика, дастаи BMKGene талаботи гуногуни таҳлили фардиро дар муддати кӯтоҳ иҷро мекунад.
●Дастгирии пас аз фурӯш:Ӯҳдадории мо аз анҷоми лоиҳа фаротар меравад ва мӯҳлати хидматрасонии пас аз фурӯши 3-моҳаро дар бар мегирад. Дар ин муддат, мо пайгирии лоиҳа, кӯмаки ҳалли мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои посух додан ба ҳама гуна саволҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод менамоем.
Мушаххасоти хидматрасонӣ
| Вақти тахминии анҷомёбӣ | Шумораи намудҳо | Таҳлилҳо |
| 30 рӯзи корӣ | 6 - 12 | Гурӯҳбандии оилаи генҳо Васеъшавӣ ва камшавии оилаи генҳо Сохтмони дарахти филогенетикӣ Ҳисобкунии вақти дивергенсия (калибровкаи сангшудаҳо лозим аст) Вақти ворид кардани LTR (Барои растаниҳо) Дучандшавии пурраи геном (Барои растаниҳо) Фишори интихобӣ Таҳлили синтенӣ |
Таҳлилҳои биоинформатика
● Оилаи Ҷин
● Филогенетика
● Вақти дивергенсия
● Фишори интихобӣ
● Таҳлили синтезӣ
Талабот ва таҳвили намуна
Талаботи намунавӣ:
Бофта ё ДНК барои пайдарпайӣ ва васлкунии геном
Барои бофта
| Намудҳо | Бофта | Пурсиш | PacBio CCS |
| Ҳайвон | Бофтаи висцералӣ | 0.5 ~ 1 г | ≥ 3.5 г |
| бофтаи мушакҳо | |||
| ≥ 5.0 г | |||
| ≥ 5.0 мл | |||
| Хуни ширхӯрон | |||
| ≥ 0.5 мл | |||
| Хуни парранда/моҳӣ | |||
| Растанӣ | Барги тару тоза | 1 ~ 2 г | ≥ 5.0 г |
| Гулбарг/поя | 1 ~ 2 г | ≥ 10.0 г | |
| Реша/Тухмӣ | 1 ~ 2 г | ≥ 20.0 г | |
| Ҳуҷайраҳо | Ҳуҷайраи парваришёфта | - | ≥ 1 x 108 |
Маълумот
Файлҳои пайдарпайии геном (.fasta) ва файлҳои аннотатсия (.gff3)-и намудҳои ба ҳам наздик
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Тарроҳии таҷрибавӣ
Таҳвили намуна
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
*Натиҷаҳои намоишии дар ин ҷо нишондодашуда ҳама аз геномҳои нашршуда бо Biomarker Technologies мебошанд.
1. Тахмини вақти воридкунии LTR: Дар расм тақсимоти беназири думодалӣ дар вақти воридкунии LTR-RT дар геноми ҷавдори Вайнинг дар муқоиса бо дигар намудҳо нишон дода шудааст. Қуллаи охирин тақрибан 0,5 миллион сол пеш пайдо шудааст.
Ли Гуанг ва ҳамкорон,Генетикаи табиат, 2021
2. Филогения ва таҳлили оилаи генҳо дар чаёт (Sechium edule): Бо таҳлили чаёт ва 13 намуди дигари марбут ба оилаи генҳо, муайян карда шуд, ки чаёт бо кадуи мор (Trichosanthes anguina) аз ҳама бештар хешованд аст. Чаёт аз кадуи мор дар тақрибан 27-45 Мя гирифта шудааст ва дубликатсияи тамоми геном (WGD) дар чаёт дар 25±4 Мя мушоҳида шудааст, ки ин сеюмин ҳодисаи WGD дар cucuibitaceae аст.
Фу А ва ҳамкорон,Таҳқиқоти боғдорӣ, 2021
3. Таҳлили синтез: Баъзе генҳое, ки ба фитогормонҳо дар рушди мева алоқаманданд, дар чаёте, кадуи мор ва каду пайдо шуданд. Робитаи байни чаёте ва каду нисбат ба робитаи байни чаёте ва кадуи мор каме баландтар аст.
Фу А ва ҳамкорон,Таҳқиқоти боғдорӣ, 2021
4. Таҳлили оилаи генҳо: Ғанигардонии KEGG дар бораи васеъшавӣ ва камшавии оилаи генҳо дар геномҳои G.thurberi ва G.davidsonii нишон дод, ки генҳои марбут ба биосинтези стероидҳо ва биосинтези брассиностероидҳо васеъ карда шудаанд.
Янг З ва ҳамкорон,Биологияи BMC, 2021
5. Таҳлили дубликатсияи пурраи геном: Таҳлили тақсимоти 4DTV ва Ks ҳодисаи дубликатсияи пурраи геномро нишон дод. Қуллаҳои дохили намудҳо ҳодисаҳои дубликатсияро нишон доданд. Қуллаҳои байни намудҳо ҳодисаҳои пайдоиши намудҳоро нишон доданд. Таҳлил нишон дод, ки дар муқоиса бо се намуди дигари наздик, O. europaea ба наздикӣ дубликатсияи генро дар миқёси калон аз сар гузаронидааст.
Рао Ҷ ва ҳамкорон,Таҳқиқоти боғдорӣ, 2021
Парвандаи BMK
Гули бе хор: фаҳмиши геномӣ, ки бо мутобиқшавии намӣ алоқаманд аст
Нашр шуд: Шарҳи илмии миллӣ, 2021
Стратегияи пайдарпайӣ:
'Басье'сБехор' (Р.Вичурайнан) геном:
Тақрибан 93 X PacBio + тақрибан 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Натиҷаҳои асосӣ
1. Геномҳои баландсифати R.wichuraiana бо истифода аз усулҳои пайдарпайии хондашаванда сохта шуданд, ки ҷамъшавии 530.07 Мб-ро таъмин мекунанд (андозаи тахминии геном тақрибан 525.9 Мб бо истифода аз ситометрияи ҷараёнӣ ва 525.5 Мб бо истифода аз тадқиқоти геном буд; гетерозиготӣ тақрибан 1.03% буд). Холи тахминии BUSCO 93.9% буд. Дар муқоиса бо "Old blush" (haploOB), сифат ва пуррагии ин геном бо дақиқии якпояи асосӣ ва индекси ҷамъшавии LTR (LAI=20.03) тасдиқ карда шуд. Геномҳои R.wichuraiana дорои 32,674 генҳои рамзгузории сафеда мебошанд.
2. Таҳлили муштараки мултиомика, ки аз геномикаи муқоисавӣ, транскриптомика ва таҳлили QTL-и популятсияи генетикӣ иборат буд, намудҳои муҳимро байни R. wichuraiana ва Rosa chinensis ошкор кард. Ғайр аз ин, эҳтимол дорад, ки тағирёбии ифодаи генҳои марбут дар QTL бо нақшбандии хорҳои поя алоқаманд бошад.
Таҳлили муқоисавии геномика байни Basye's Thornless ва Rosa chinensis, аз ҷумла таҳлили синтенӣ, кластери оилаи генҳо, таҳлили васеъшавӣ ва ихтисоршавӣ, шумораи зиёди тағйиротро ошкор кард, ки ба хусусиятҳои муҳими садбаргҳо алоқаманданд. Эҳтимол дорад, ки васеъшавии беназир дар оилаи генҳои NAC ва FAR1/FRS бо муқовимат ба доғи сиёҳ алоқаманд бошад.
Таҳлили муқоисавии геномҳо байни геномҳои BT ва haploOB.
Zhong, M. ва дигарон. "Гулчанбари бе хор: фаҳмиши геномӣ, ки бо мутобиқшавии намӣ алоқаманд аст"Шарҳи илмии миллӣ, 2021;, nwab092.
