Геномияи муқоисавӣ
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Маҷмӯи таҳлилҳои ҳамаҷониба, ки ҳашт таҳлили маъмултаринро дар бар мегирад
● Эътимоднокии баланд дар таҳлил бо тафсири муфассал ва ба осонӣ фаҳмо оид ба натиҷаҳо
● Рақамҳои хуб тарҳрезишуда, ки барои нашр омодаанд
● Дастаи баландихтисос оид ба биоинформатика талаботи гуногуни таҳлили фардӣ иҷро мекунад
● Мӯҳлати кӯтоҳтари гардиш бо дақиқии баланд дар таҳлил
● Таҷрибаи фаровон бо зиёда аз 90 парвандаҳои бомуваффақият бо ҷамъовардаи импакт-фактори нашршуда зиёда аз 900
Мушаххасоти хадамот
| Вақти тахминии гардиш | Шумораи намудҳо | Таҳлилҳо |
| 30 рӯзи корӣ | 6 - 12 | Гурӯҳбандии оилаи генҳо Тавсеа ва коҳиши оилаи ген Сохтмони дарахтони филогенетикӣ Ҳисобкунии вақти тафовут (калибровкаи фоссил лозим аст) Вақти воридкунии LTR (Барои растаниҳо) Дупликатсияи пурраи геном (Барои растаниҳо) Фишори интихобӣ Таҳлили синтения |
Таҳлили биоинформатика
● Оилаи ген
● Филогенетика
● Вақти тафовут
● Фишори интихобӣ
● Таҳлили синтенӣ
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
Матоъ ё ДНК барои пайдарпайии геном ва ҷамъбаст
Барои матоъ
| Намудҳо | Матоъ | Тадқиқот | PacBio CCS |
| Ҳайвон | Бофтаи висцералӣ | 0,5 ~ 1г | ≥ 3,5 г |
| Бофтаи мушакҳо | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Хуни ширхӯрон | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Парранда/Хуни моҳӣ | |||
| Ниҳол | Барги тару тоза | 1 ~ 2г | ≥ 5,0 г |
| Гулбарг / поя | 1 ~ 2г | ≥ 10,0г | |
| Реша / Тухм | 1 ~ 2г | ≥ 20,0г | |
| Ҳуҷайраҳо | Ҳуҷайраи фарҳангӣ | - | ≥ 1 x 108 |
Маълумот
Файлҳои пайдарпайии геномӣ (.fasta) ва файлҳои эзоҳ (.gff3) намудҳои ба ҳам наздик
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
*Натиҷаҳои намоишӣ, ки дар ин ҷо нишон дода шудаанд, ҳама аз геномҳои бо Biomarker Technologies нашршуда мебошанд
1.Баҳодиҳии вақти воридкунии LTR: Дар ин рақам тақсимоти беназири бимодали дар вақти воридкунии LTR-RTs дар геноми ҷавдори Вайнинг дар муқоиса бо дигар намудҳо нишон дода шудааст.Қуллаи охирин тақрибан 0,5 миллион сол пеш пайдо шудааст.
Ли Гуанг ва дигарон,Генетикаи табиат, 2021
2.Таҳлили филогенезӣ ва оилаи генҳо дар чаёт (Sechium edule): Бо таҳлили чаёт ва дигар 13 намуди ба он алоқаманд дар оилаи генҳо, Chayote бо мурғи мор (Trichosanthes anguina) бештар алоқаманд аст.Чаёте, ки аз кадуи мор дар тақрибан 27-45 Мя гирифта шудааст ва такрори тамоми геномҳо (WGD) дар чаёт дар 25±4 Mya мушоҳида шудааст, ки ин сеюмин ҳодисаи WGD дар cucuibitaceae мебошад.
Фу А ва дигарон,Тадқиқоти боғдорӣ, 2021
3.Таҳлили синтенӣ: Баъзе генҳои марбут ба фитогормонҳо дар рушди мева дар чаёт, кабки мор ва каду пайдо шуданд.Муносибати байни чаёт ва каду назар ба байни чаёт ва гови мор каме баландтар аст.
Фу А ва дигарон,Тадқиқоти боғдорӣ, 2021
4.Таҳлили оилаи ген: ғанисозии KEGG оид ба васеъшавӣ ва ихтисоршавии оилаи генҳо дар геномҳои G.thurberi ва G.davidsonii нишон дод, ки генҳои биосинтези стероидҳо ва биосинтези брассиностероидҳо васеъ шудаанд.
Янг З ва дигарон,Биология BMC, 2021
5.Таҳлили пурраи такрори геном: Таҳлили тақсимоти 4DTV ва Ks тамоми ҳодисаи такрори геномро нишон дод.Қуллаҳои интранамудҳо ҳодисаҳои такрориро нишон доданд.Қуллаҳои байнинамудҳо ҳодисаҳои мушаххасро нишон доданд.Таҳлил нишон дод, ки дар муқоиса бо дигар се намуди ба ҳам наздик O. europaea вақтҳои охир такрори генҳои васеъро аз сар гузаронидааст.
Рао Г ва дигарон,Тадқиқоти боғдорӣ, 2021
Парвандаи BMK
Роза бидуни гулобӣ: фаҳмишҳои геномӣ бо мутобиқшавии намӣ алоқаманданд
Нашр шудааст: Баррасии илмии миллӣ, 2021
Стратегияи пайдарпайӣ:
'БасеБехор' (Р.Вичурайнан) геном:
тахминан.93 X PacBio + тақрибан.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Натиҷаҳои асосӣ
1. Геноми баландсифати R.wichuraiana бо истифода аз усулҳои пайдарпайии дарозмуддат сохта шудааст, ки ҷамъи 530,07 Мб ба даст овард (Андозаи тахминии геном аз рӯи цитометрияи ҷараён тақрибан 525,9 Мб ва аз рӯи тадқиқоти геномӣ 525,5 буд； Heterozy%1.Холи тахминии BUSCO 93,9% буд.Дар муқоиса бо "Old blush" (haploOB), сифат ва мукаммалии ин геном бо дақиқии як-базавӣ ва шохиси ҷамъбасти LTR (LAI = 20.03) тасдиқ карда шуд.Геном R.wichuraiana дорои 32,674 генҳои сафедаи рамзгузор мебошад.
2.Таҳлили муштараки бисёрҷониба, ки аз геномикаи муқоисавӣ, транскриптомия, таҳлили QTL-и популятсияи генетикӣ иборат аст, хосияти муҳими байни R. wichuraiana ва Rosa chinensisро ошкор намуд.Инчунин, варианти ифодаи генҳои алоқаманд дар QTL эҳтимолан бо намунаи решаи поя алоқаманд буд.
Таҳлили муқоисавии геномикӣ байни Basye;s Thornless ва Rosa chinensis, аз ҷумла таҳлили синтенӣ, кластери оилаи генҳо, таҳлили васеъшавӣ ва кашиш, шумораи зиёди вариантҳоро ошкор кард, ки ба хислатҳои муҳими садбаргҳо алоқаманданд.Тавсеаи беназир дар оилаи генҳои NAC ва FAR1/FRS эҳтимоли зиёд бо муқовимат ба доғи сиёҳ алоқаманд буд.
Таҳлили муқоисавии геномикӣ байни геномҳои BT ва haploOB.
Чжун, М. ва дигарон."Розаи бе доғ: фаҳмиши геномӣ бо мутобиқшавӣ ба намӣ алоқаманд аст"Баррасии илмии миллӣ, 2021;, nwab092.
