Пайдарпаии пурраи мРНК -PacBio
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Хониши мустақими молекулаи пурраи cDNA аз 3'- то охири 5'-
● Ҳалли сатҳи изофӣ дар сохтори пайдарпай
● Транскриптҳо бо дақиқӣ ва беайбии баланд
● Ба намудҳои vaiours хеле мувофиқ аст
● Иқтидори калони пайдарпай бо 4 платформаи пайдарпайии PacBio Sequel II муҷаҳҳаз
● Бо зиёда аз 700 лоиҳаҳои пайдарпайии RNA дар асоси Pacbio таҷрибаи баланд дорад
● Интиқоли натиҷа дар асоси BMKCloud: Истихроҷи фармоишии додаҳо дар платформа дастрас аст.
● Хизматрасонии пас аз фурӯш дар давоми 3 моҳ пас аз анҷоми лоиҳа эътибор дорад
Мушаххасоти хадамот
Платформа: PacBio Sequel II
Китобхонаи пайдарпайӣ: Китобхонаи ғанишудаи mRNA Poly A
Ҳосили тавсияшудаи маълумот: 20 Гб/намуна (вобаста ба намудҳо)
FLNC（%）: ≥75%
*FLNC: Трансциптҳои пурраи ғайрихимерӣ
Таҳлили биоинформатика
● Коркарди маълумоти хом
● Шиносоии транскрипт
● Сохтори пайдарпай
● Миқдори ифода
● Тавсифи функсия
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
Нуклеотидҳо:
| Консентрат (нг/мкл) | Миқдор (мкг) | Покӣ | Беайбӣ |
| ≥ 120 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Маҳдуд ё тамоман ифлосшавии протеин ё ДНК дар гел нишон дода шудааст. | Барои растаниҳо: RIN≥7,5; Барои ҳайвонот: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; маҳдуд ё набудани баландии ибтидоӣ |
Матоъ: Вазн (хушк):≥1 г
* Барои матоъҳои хурдтар аз 5 мг, мо тавсия медиҳем, ки намунаи бофтаи флешдор яхкардашуда (дар нитрогени моеъ) фиристед.
боздоштани ҳуҷайра:Шумораи ҳуҷайраҳо = 3 × 106- 1×107
*Мо тавсия медиҳем, ки лизати яхкардашудаи ҳуҷайраро интиқол диҳед.Дар ҳолате, ки ин ҳуҷайра аз 5×10 хурдтар бошад5, флеши дар нитрогени моеъ яхкардашуда тавсия карда мешавад, ки барои экстраксияи микро афзалтар аст.
Намунаҳои хун:Ҳаҷм ≥1 мл
Микроорганизм:Вазнаш ≥ 1 г
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер:
2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Тамғагузории намуна: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Интиқол:
1. Ях хушк: Намунаҳо бояд дар халтаҳо баста шаванд ва дар яхи хушк дафн карда шаванд.
2. Намудҳои RNAstable: Намунаҳои РНК-ро дар найчаи устуворсозии РНК (масалан, RNAstable®) хушк кардан мумкин аст ва дар ҳарорати хона интиқол дода мешавад.
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи РНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1.Тақсимоти дарозии FLNC
Дарозии пурраи хониши ғайрихимерӣ (FLNC) дарозии cDNA-ро дар сохтмони китобхона нишон медиҳад.Тақсими дарозии FLNC нишондиҳандаи муҳим дар арзёбии сифати сохтмони китобхона мебошад.
FLNC тақсимоти дарозии хондан
2.Тақсимоти дарозии минтақаи ORF пурра
Мо TransDecoder-ро барои пешгӯии минтақаҳои рамзгузории сафедаҳо ва пайдарпаии аминокислотаҳои аминокислотаҳо барои тавлиди маҷмӯи униген истифода мебарем, ки дорои маълумоти пурраи транскрипти зиёдатӣ дар ҳама намунаҳо мебошанд.
Тақсимоти пурраи дарозии минтақаи ORF
3.Таҳлили ғанисозии роҳи KEGG
Транскриптҳои ба таври дифференсиалӣ ифодаёфтаро (DETs) метавон тавассути ҳамоҳангсозии маълумоти пайдарпайии РНК дар асоси NGS дар маҷмӯаҳои транскрипти пурраи дарозмуддат, ки аз ҷониби маълумоти пайдарпайии PacBio тавлид шудааст, муайян кард.Ин DET-ҳо метавонанд минбаъд барои таҳлилҳои гуногуни функсионалӣ коркард шаванд, масалан, таҳлили ғанисозии роҳи KEGG.
DET KEGG ғанисозии роҳи -Нуктаи қитъаи
Парвандаи BMK
Динамикаи рушди транскриптомияи популус
Нашр шудааст: Маҷаллаи биотехнологияи растанӣ, 2019
Стратегияи пайдарпайӣ:
Ҷамъоварии намуна:минтақаҳои поя: қуллаи, байни гиреҳи якум (IN1), байни гиреҳи дуюм (IN2), байни гиреҳи сеюм (IN3), байни гиреҳ (IN4) ва гиреҳ (IN5) аз Nanlin895
пайдарпаии NGS:РНК-и 15 нафар ҳамчун як намунаи биологӣ ҷамъ карда шуданд.Се нусхаи биологии ҳар як нуқта барои пайдарпаии NGS коркард карда шуд
пайдарпаии TGS:Минтақаҳои поя ба се минтақа тақсим карда шуданд, яъне apex, IN1-IN3 ва IN4-IN5.Ҳар як минтақа барои пайдарпайии PacBio бо чаҳор намуди китобхонаҳо коркард карда шуд: 0-1 кб, 1-2 кб, 2-3 кб ва 3-10 кб.
Натиҷаҳои асосӣ
1. Ҳамагӣ 87150 транскрипти пурраи дарозмӯҳлат муайян карда шуд, ки дар онҳо 2081 изоформаи нав ва 62058 изоформаи алтернативии алтернативӣ муайян карда шуданд.
2.1187 lncRNA ва 356 генҳои синтез муайян карда шуданд.
3.Аз афзоиши ибтидоӣ то афзоиши дуюмдараҷа, 15838 транскрипти дифференсиалӣ аз 995 генҳои дифференсиалӣ муайян карда шуд.Дар ҳама DEG, 1216 омилҳои транскриптӣ буданд, ки аксарияти онҳо то ҳол гузориш дода нашудаанд.
Таҳлили ғанисозии 4.GO аҳамияти тақсимоти ҳуҷайраҳо ва раванди оксидшавӣ-редуксияро дар афзоиши ибтидоӣ ва дуюмдараҷа нишон дод.
Ҳодисаҳои алтернативии пайвастшавӣ ва изоформаҳои гуногун
Таҳлили WGCNA оид ба омилҳои транскрипсия
Истинод
Чао К, Гао ЗФ, Чжан Д, ва дигарон.Динамикаи рушди транскриптомияи популус.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.дои: 10.1111 / pbi.12958
