пайдарпаии ДНК/РНК - Sequencer PacBio
Вижагиҳо
Ду намуди пайдарпай дар пайдарпаии PacBio: Хониши доимии дарозмуддат (CLR) ва хониши консенсуси давравӣ (CCS)
| Ҳолати пайдарпай | Андозаи китобхона | Маълумоти назариявӣҲосил (як ҳуҷайра) | Пойгоҳи ягонаДақиқӣ | Барномаҳо |
| CLR | 20Кб, 30Кб ва ғ. | 80 Гб то 130 Гб | тахминан.85% | De novo, занги SV ва ғайра. |
| CCS | 15-20 Кб | 14 то 40 Гб/Ячейка (Иқдоми II) 70 то 110 Гб/ҳуҷайра (Revio) Аз намунаҳо вобаста аст | тахминан.99% | De novo, SNP/Indel/SV занг, Iso-Seq, |
Муқоисаи иҷро ва хусусиятҳои Revio ва Sequel II
| Шартҳо | Системаи навбатии II | Системаи Revio | Афзоиш |
| Зичии баландтар | 8 миллион ZMWs | 25 миллион ZMWs | 3x |
| Марҳилаҳои мустақил | 1 | 4 | 4x |
| Вақтҳои кӯтоҳтар | 30 соат | 24 соат | 1,25х |
| 30X HiFi геномҳои инсон дар як сол | 88 | 1300 | 15x умумӣ |
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Таҷрибаи зиёда аз 8 сол дар платформаи пайдарпайии PacBio бо ҳазорон лоиҳаҳои пӯшида бо намудҳои гуногун.
● Бо платформаҳои навтарини PacBio Sequencing пурра муҷаҳҳаз шудааст, Revio барои кафолат додани интиқоли кофии пайдарпай.
● Вақти зудтари баргардонидан, ҳосили баландтари додаҳо ва маълумоти дақиқтар.
● Дар садҳо нашрияҳои таъсирбахши PacBio асосёфта саҳм гузоштааст.
Талаботи намунавӣ
| Намунаи намуна | Маблағ | Консентратсияи (Qubit®) | Ҳаҷм | Покӣ | Дигарон |
| ДНК-и геномӣ | Вобаста ба Талаботи маълумот | ≥50 нг/мкл | ≥15мкл | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Қуллаи равшан дар 260 нм,заҳролудшавӣ нест | Консентратсия бояд бо Qubit ва Qubit / Nanopore = 0,8-2,5 чен карда шавад. |
| Ҳамагӣ РНК | ≥1,2 мкг | ≥120 нг/мкл | ≥15мкл | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；заҳролудшавӣ нест | Арзиши RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Раванди кори хидмат
Омодасозии намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Интиқоли лоиҳа
1.Ҳосили маълумот дар дохили хона
Маълумот аз 63 ҳуҷайраҳои CCS (аз 26 намуд)
| МАЪЛУМОТ-PacBio-CCS-15 Kb | Миёна | Макс | Мин | Миёна |
| Ҳосил - зерхонишҳо (Гб) | 421.12 | 544,27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Гб) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераз N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Захираҳои N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Дарозии миёна - Полимераз | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Дарозии миёна - Зербандҳо | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Дарозии миёна-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
Маълумоте, ки аз 16 ҳуҷайраҳои CLR тавлид шудааст (аз 76 намуд)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Миёна | Макс | Мин | Миёна |
| Ҳосил - зерхонишҳо (Гб) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Полимераз N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Захираҳои N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Дарозии миёна - Полимераз | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Дарозии миёна - Зербандҳо | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. Маълумоти QC - НамоишОмор оид ба ҳосилнокии маълумот
| Намуна | ccs Шумораи хондан | Пойгоҳҳои умумии ccs (bp) | ccs хондани N50 (bp) | ccs Дарозии миёна (bp) | ccs дарозтарин хониш (bp) | Зерхондаҳо Пойгоҳҳо (bp) | Меъёри ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
