Пайдарпайии пурраи mRNA-Нанопор
Вижагиҳо
● Гирифтани мРНК-и поли-А ва баъдан синтези кДНК ва омодасозии китобхона
● Тартиби транскриптҳои пурра
● Таҳлили биоинформатсионӣ, ки бар асоси мутобиқат ба геноми истинодӣ асос ёфтааст
● Таҳлили биоинформатикӣ на танҳо ифодаро дар сатҳи ген ва изоформ, балки таҳлили lncRNA, омезиши генҳо, полиаденилятсия ва сохтори генро низ дар бар мегирад.
Бартариятҳои хизматрасонӣ
●Миқдори ифода дар сатҳи изоформимкон медиҳад, ки таҳлили муфассал ва дақиқи ифода анҷом дода шавад, тағйироте, ки ҳангоми таҳлили тамоми ифодаи ген пинҳон карда мешаванд, ошкор карда шаванд
●Кам шудани талабот ба маълумот:Дар муқоиса бо секвенсиякунии насли оянда (NGS), секвенсиякунии нанопораҳо талаботи камтари маълумотро нишон медиҳад, ки имкон медиҳад сатҳҳои баробари сершавии миқдории экспрессияи ген бо маълумоти хурдтар ба даст оварда шаванд.
●Дақиқии баландтари миқдори ифодаҳам дар сатҳи ген ва ҳам дар сатҳи изоформ
●Муайян кардани маълумоти иловагии транскриптомӣ: полиаденилизатсияи алтернативӣ, генҳои синтез ва lcnRNA ва генҳои мақсадноки онҳо
●Таҷрибаи васеъДастаи мо таҷрибаи ғанӣ ба ҳар як лоиҳа меорад, ки зиёда аз 850 лоиҳаи пурраи транскриптомии Nanopore-ро анҷом дода, зиёда аз 8000 намунаро коркард кардааст.
●Дастгирии пас аз фурӯш: ӯҳдадории мо аз анҷоми лоиҳа фаротар меравад ва мӯҳлати хидматрасонии пас аз фурӯши 3-моҳаро дар бар мегирад. Дар ин муддат, мо пайгирии лоиҳа, кӯмаки ҳалли мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои посух додан ба ҳама гуна саволҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод менамоем.
Талабот ва таҳвили намуна
| Китобхона | Стратегияи пайдарпайӣ | Маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| Поли А-и ғанӣ гардонидашуда | Нанопор ПрометИОН 48 | 6/12 ГБ | Баҳои миёнаи сифат: Q10 |
Талаботи намунавӣ:
Нуклеотидҳо:
| Консентратсия (нг/мкл) | Миқдор (мкг) | Покӣ | поквиҷдонӣ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Дар гел ифлосшавии маҳдуд ё тамоман набудани сафеда ё ДНК нишон дода шудааст. | Барои растаниҳо: RIN≥7.0; Барои ҳайвонот: RIN ≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; баландии базавӣ маҳдуд ё тамоман вуҷуд надорад |
● Растаниҳо:
Реша, поя ё гулбарг: 450 мг
Барг ё тухм: 300 мг
Мева: 1.2 г
● Ҳайвон:
Дил ё рӯда: 300 мг
Узвҳои дохилӣ ё мағзи сар: 240 мг
Мушак: 450 мг
Устухонҳо, мӯй ё пӯст: 1г
● Буғумпойҳо:
Ҳашарот: 6г
Харчангшакл: 300 мг
● Хуни пурра: 1 найча
● Ҳуҷайраҳо: 106 ҳуҷайраҳо
Намунаи тавсияшудаи интиқол
Зарф: найчаи сентрифугаи 2 мл (Фолгаи қалъагӣ тавсия дода намешавад)
Намунаи нишонгузорӣ: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Интиқол:
1. Яхи хушк: Намунаҳоро бояд дар халтаҳо печонида, дар яхи хушк гӯрондан лозим аст.
2. Найчаҳои устувори РНК: Намунаҳои РНК-ро метавон дар найчаи устувори РНК (масалан, RNAstable®) хушк кард ва дар ҳарорати хонагӣ интиқол дод.
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Нуклеотидҳо:
Таҳвили намуна
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Бофта:
Тарроҳии таҷрибавӣ
Таҳвили намуна
истихроҷи РНК
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
● Коркарди маълумоти хом
● Муайян кардани стенограмма
● Пайсинги алтернативӣ
● Муайянкунии миқдории экспрессия дар сатҳи ген ва сатҳи изоформ
● Таҳлили ифодаҳои дифференсиалӣ
● Аннотатсия ва ғанӣ гардонидани функсияҳо (DEG ва DET)
Таҳлили алтернативии сплайсинг
Таҳлили алтернативии полиаденилизатсия (APA)
пешгӯии lncRNA
Шарҳи генҳои нав
Гурӯҳбандии DET-ҳо
Шабакаҳои сафеда-протеин дар DEG
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидматҳои пайдарпайии mRNA-и пурраи Nanopore аз BMKGene тавассути маҷмӯаи нашрияҳои интихобшуда ба даст оварда шудаанд, омӯзед.
Гонг, Б. ва дигарон (2023) 'Фаъолсозии эпигенетикӣ ва транскрипсионии киназаи секреторӣ FAM20C ҳамчун онкоген дар глиома', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), саҳ. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. ва дигарон (2023) 'Пайдарпайии пурраи транскриптомии лимфоситҳо, ки ба IFN-γ посух медиҳанд, вокуниши иммунии каҷшудаи Th1-ро дар камбала (Paralichthys olivaceus) ошкор мекунад', Fish & Shellfish Immunology, 134, саҳ. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ма, Ю. ва дигарон (2023) 'Таҳлили муқоисавии усулҳои пайдарпайии PacBio ва ONT RNA барои муайян кардани заҳри Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), саҳ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ю, Д. ва дигарон (2023) 'Таҳлили нано-сек майли гуногуни функсионалиро байни экзосомаҳо ва микровезикулаҳо, ки аз hUMSC гирифта шудаанд, ошкор мекунад', Тадқиқот ва терапияи ҳуҷайраҳои бунёдӣ, 14(1), саҳ. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
