пайдарпаии дароз ғайридавлатӣ рамзгузорӣ-Illumina
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Афзалиятҳои хидмат
● Хусусияти ҳуҷайра ва бофта
● Марҳилаи мушаххас тағироти динамикии ифодаро ифода ва пешниҳод мекунад
● Намунаҳои дақиқи ифодаи вақт ва фазо
● Таҳлили муштарак бо маълумоти mRNA.
● Интиқоли натиҷа дар асоси BMKCloud: Истихроҷи фармоишии додаҳо дар платформа дастрас аст.
● Хизматрасонии пас аз фурӯш дар давоми 3 моҳ пас аз анҷоми лоиҳа эътибор дорад
Талаботи намунавӣ ва интиқол
| Китобхона | Платформа | Маълумоти тавсияшуда | Маълумоти QC |
| камшавии rRNA | Illumina PE150 | 10 Гб | Q30≥85% |
| Консентрат (нг/мкл) | Миқдор (мкг) | Покӣ | Беайбӣ |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Маҳдуд ё тамоман ифлосшавии протеин ё ДНК дар гел нишон дода шудааст. | Барои растаниҳо: RIN≥6,5; Барои ҳайвонот: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; маҳдуд ё набудани баландии ибтидоӣ |
Нуклеотидҳо:
Бофта: Вазн (хушк): ≥1 г
* Барои матоъҳои хурдтар аз 5 мг, мо тавсия медиҳем, ки намунаи бофтаи флешдор яхкардашуда (дар нитрогени моеъ) фиристед.
Боздоштани ҳуҷайраҳо: Шумораи ҳуҷайраҳо = 3 × 107
*Мо тавсия медиҳем, ки лизати яхкардашудаи ҳуҷайраро интиқол диҳед.Дар ҳолате, ки ин ҳуҷайра аз 5×10 хурдтар бошад5, флешдор яхкарда дар нитроген моеъ тавсия дода мешавад.
Намунаҳои хун:
PA × genBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол ва 2 мл хун (ТРИзол: Хун = 3: 1)
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Тамғагузории намуна: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Интиқол:
1.Ях хушк: Намунаҳо бояд дар халтаҳо печонида шаванд ва дар яхи хушк дафн карда шаванд.
2.Тӯбҳои RNAstable: Намунаҳои RNA-ро дар найчаи устуворсозии РНК (масалан, RNAstable®) хушк кардан мумкин аст ва дар ҳарорати хона интиқол дода мешавад.
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи РНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Биоинформатика
1. Таснифи LncRNA
LncRNA, ки аз ҷониби чаҳор нармафзори дар боло пешбинишуда пешбинӣ шудааст, ба 4 категория тасниф карда шуданд: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;ҳис-LncRNA.Таснифи LncRNA дар гистограммаи зер нишон дода шудааст.
Таснифи LncRNA
2.Генҳои мақсадноки Cis-и таҳлили ғанисозии DE-lncRNA
ClusterProfiler дар таҳлили ғанисозии GO дар генҳои cis-ҳадафшудаи lncRNA (DE-lncRNA) аз ҷиҳати равандҳои биологӣ, функсияҳои молекулавӣ ва ҷузъҳои ҳуҷайра истифода шудааст.Таҳлили ғанисозии GO равандест барои муайян кардани истилоҳҳои GO, ки ба DEG нигаронида шудааст, дар муқоиса бо тамоми геном.Истилоҳоти ғанишуда дар гистограмма, диаграммаи ҳубобӣ ва ғ. тавре дар зер нишон дода шудаанд, пешниҳод карда шуданд.
Генҳои мақсадноки Cis-и таҳлили ғанисозии DE-lncRNA - Диаграммаи ҳубобӣ
3. Бо муқоисаи дарозӣ, рақами экзон, ORF ва миқдори ифодаи mRNA ва lncRNA, мо метавонем фарқияти сохтор, пайдарпайӣ ва ғайраро байни онҳоро фаҳмем ва инчунин тафтиш кунем, ки lncRNA-и нави пешгӯии мо ба хусусиятҳои умумӣ мувофиқат мекунад.
Парвандаи BMK
Профили ифодаи танзимшудаи lncRNA дар аденокарциномаҳои шуши муш бо мутатсияи KRAS-G12D ва нокаут P53
Нашр шудааст:Маҷаллаи тибби ҳуҷайравӣ ва молекулавӣ,2019
Стратегияи пайдарпай
Иллюмина
Ҷамъоварии намуна
Ҳуҷайраҳои NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ва ҳуҷайраҳои назорати манфӣ (sh-Scr) дар рӯзи 6-уми сирояти мушаххаси вирусӣ ба даст оварда шуданд.
Натиҷаҳои асосӣ
Ин тадқиқот lncRNA-ҳои беғаразона ифодаёфтаро дар аденокарциномаҳои шуши муш бо нокаут P53 ва мутатсияи KrasG12D таҳқиқ мекунад.
1.6424 lncRNAs ба таври дифференсиалӣ ифода карда шуданд (Тағйирёбии ≥ 2 маротиба, P <0.05).
2.Дар байни ҳамаи 210 lncRNAs(FC≥8), ифодаи 11 lncRNAs мутаносибан аз ҷониби P53, 33 lncRNAs аз ҷониби KRAS ва 13 lncRNAs тавассути гипоксия дар ҳуҷайраҳои ибтидоии KP танзим карда шуданд.
3.NONMMUT015812, ки дар adenocarcinoma шуши муш ба таври назаррас боло танзим карда шуд ва аз ҷониби ифодаи P53 манфӣ танзим карда шуд, барои таҳлили функсияи ҳуҷайравии он муайян карда шуд.
4. Нокаунти NONMMUT015812 аз ҷониби shRNAs қобилияти паҳншавӣ ва муҳоҷирати ҳуҷайраҳои KP-ро коҳиш дод.NONMMUT015812 як онкогени эҳтимолӣ буд.
 Таҳлили роҳи KEGG генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда дар ҳуҷайраҳои NONMMUT015812-кӯбкунии KP |  Таҳлили онтологияи генҳои генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда дар ҳуҷайраҳои NONMMUT015812-knockdown KP |
Истинод
Профили ифодаи танзимшудаи lncRNA дар аденокарциномаҳои шуши муш бо мутатсияи KRAS-G12D ва нокаут P53 [J].Маҷаллаи тибби ҳуҷайравӣ ва молекулавӣ, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
