ТАМОМИ ТАМОМИ ГЕНОМА БА ЗИЁД КАРДАН
Мониторинги геномикии SARS-CoV-2 як варианти несткунии Nsp1-ро ошкор мекунад, ки вокуниши интерферони навъи I-ро модул мекунад
Нанопур |Illumina |Ресеквенсияи тамоми геном |метагеномика |RNA-Seq |Сангер
Biomarker Technologies дар ин таҳқиқот дастгирии техникӣ оид ба пайдарпайии намунаҳо пешниҳод кардааст.
Нуктаҳои муҳим
1.Секвенсияи геномҳои SARS-CoV-2 ва таҳлили филогнетикӣ 35 мутацияи такроршавандаро, аз ҷумла 31 SNP ва 4 Indels муайян мекунад.
2. Ассотсиатсия бо 117 фенотипҳои клиникӣ эҳтимолан ошкор мекунад
мутатсияҳои муҳим.
∆500-532 дар минтақаи рамзгузории Nsp1 бо вируси паст алоқаманд аст
3.бор ва хуноба IFN-β.
4.Изолятҳои вирусӣ бо мутацияи ∆500-532 IFN-I-ро паст мекунанд
вокуниш ба ҳуҷайраҳои сироятшуда.
Тарҳрезии таҷрибавӣ
Муваффакиятхо
1. Назорати эпидемиологӣ ва геномии COVID-19
Маълумоти клиникӣ дар музофоти Сичуани Чин дар тӯли давраи сар задани беморӣ аз 22 январи соли 2020 то 20 феврали соли 2020 ҷамъоварӣ карда шуд. Дар маҷмӯъ 538 ҳолати COVID-19 тавассути санҷишҳои qPCR дар Сичуан тасдиқ карда шуд, ки 28,8% онҳо аз музофот буданд. сармоя.Ҳодисаҳои тасдиқшуда дар Сичуан ба таври экспоненсиалӣ афзоиш ёфта, ба авҷи худ 30 январ расид.Инчунин, маълумотҳо тасдиқ карданд, ки дуршавии иҷтимоӣ метавонад омили калидӣ дар пешгирии паҳншавии вирус бошад.
Расми 1. Омӯзиши эпидемиологии COVID-19 дар музофоти Сичуан, Чин
2. Сохтмони геноми SARS-CoV-2 ва муайянкунии вариантҳо
Бо амплификацияи мултиплексии ПТР ва пас аз пайдарпаии нанопора, ҳамагӣ 310 геномҳои қариб ё қисман пурра аз 248 бемор бо тақрибан тақрибан тавлид карда шуданд.80% геномҳо бо 10 хониш фаро гирифта шудаанд (умқи миёна: 0,39 М хондан дар як намуна).
Расми 2. Басомади ҳар як вариант дар гурӯҳи Сичуан
Ҳамагӣ 104 SNP ва 18 Indel аз геномҳои SARS-CoV-2 муайян карда шуданд, ки дар онҳо 31 SNP ва 4 Indel ҳамчун вариантҳои генетикии такроршаванда муайян карда шуданд.Бо муқоисаи онҳо бо 169 намуна аз Вуҳан ва бо 81,391 пайдарпаии геномҳои баландсифати оммавӣ дар GISAID, 29 аз 35 вариант дар қитъаҳои дигар пешниҳод шудаанд.Қобили зикр аст, ки чаҳор вариант, аз ҷумла ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ва T13243C, танҳо дар Сичуан ва Вуҳан мавҷуд буданд ва дар маълумоти GISAID мавҷуд набуданд, ки ин нишон медиҳад, ки ин вариантҳо эҳтимолан аз Вуҳан ворид карда шаванд, ки ба талабот ҷавобгӯ мебошанд. сабтҳои сафари беморон.
Таҳлили эволютсионалӣ бо усули эҳтимолияти максималӣ (ML) ва равишҳои соати молекулавии Байесӣ дар 88 вируси нав аз Сичуан ва 250 геноми мураттабшуда аз минтақаҳои дигар коркард карда шуд.Геномҳои дорои ∆500-532 (Несткунӣ дар минтақаи рамзгузории Nsp1) дар дарахти филогенетикӣ кам тақсим шудаанд.Таҳлили гаплотип дар вариантҳои Nsp1 5-тои онҳоро аз якчанд шаҳр муайян кард.Ин натиҷаҳо нишон доданд, ки ∆500-532 дар бисёр шаҳрҳо рух додааст ва мумкин аст чанд маротиба аз Вуҳан ворид карда шавад.
Тасвири 2. Вариантҳои генетикии такроршаванда ва таҳлили филогенетикӣ дар геномҳои SARS-CoV-2
3. Ассотсиатсияи вариантҳои генетикии такроршаванда бо оқибатҳои клиникӣ
117 фенотипҳои клиникӣ бо шиддати COVID-19 алоқаманд буданд, ки дар он 19 фенотипи ба шиддат алоқаманд ба хислатҳои вазнин ва ғайри шадид тасниф карда шуданд.Муносибати байни ин хислатҳо ва 35 вариантҳои генетикии такрорӣ дар харитаи гармии ду-кластер нишон дода шуданд.Таҳлили ғанисозии ба монанди GSEA нишон дод, ки ∆500-532 бо ESR, шумораи ҳуҷайраҳои хуноба IFN-β ва CD3+CD8+ T дар хун алоқамандии манфӣ дорад.Ғайр аз он, санҷишҳои qPCR нишон доданд, ки беморони гирифтори вируси дорои ∆500-532 арзиши баландтарини Ct, яъне пасттарин сарбории вирусиро доранд.
Расми 3. Ассотсиатсияҳои 35 вариантҳои генетикии такроршаванда бо фенотипҳои клиникӣ
4. Тасдиқи фенотипҳои клиникии мутацияи вирусӣ
Барои фаҳмидани таъсири ∆500-532 ба функсияҳои Nsp1, ҳуҷайраҳои HEK239T бо плазмидҳое, ки дарозии пурра, WT Nsp1 ва шаклҳои мутант бо ҳазфро ифода мекунанд, трансфексия карда шуданд.Профилҳои транскриптомии ҳар як ҳуҷайраҳои HEK239T коркардшуда барои таҳлили PCA коркард карда шуданд, ки нишон медиҳад, ки мутантҳои несткунӣ нисбатан наздиктаранд ва аз WT Nsp1 ба таври назаррас фарқ мекунанд.Генҳое, ки дар мутантҳо ба таври назаррас боло танзим карда шуданд, асосан дар “пептидҳои биосинтетикӣ/раванди метаболикӣ”, “биогенези комплексии рибонуклеопротеинҳо”, “протеинҳо ба мембрана/ER” ва ғайра ғанӣ шуданд. Гузашта аз ин, ду ҳазфкунӣ намунаи экспрессиониро аз ВТ нишон дод.
Тасвири 4. Таҳлили транскриптомӣ дар ҳуҷайраҳои HEK239T, ки тавассути WT Nsp1 интиқол дода шудаанд ва он бо ҳазфҳо
Таъсири ҳазф ба вокуниши IFN-1 низ дар таҳқиқоти аз ҳад зиёд ифодашуда санҷида шуд.Ҳама ҳазфкунии санҷидашуда нишон доданд, ки репрессияи IFN-1-ро дар ҳуҷайраҳои трансфексияшудаи HEK239T ва A549 ҳам дар сатҳи транскриптом ва ҳам сатҳи сафеда коҳиш медиҳанд.Ҷолиб он аст, ки генҳои ба таври назаррас паст танзимшаванда дар ҳазфҳо дар "вокуниши муҳофизатӣ ба вирус", "репликатсияи геномҳои вирусӣ", "танзими транскрипсия аз ҷониби РНК полимераза II" ва "вокуниш ба интерферони навъи I" бой шуданд.
Расми 5. Танзими поёнии роҳҳои сигнализатсияи интерферон дар мутант ∆500-532
Дар ин таҳқиқот, таъсири ин ҳазфҳо ба вирус тавассути таҳқиқоти сирояти вирусӣ тасдиқ карда шуд.Вирусҳо бо мутантҳои муайян аз намунаҳои клиникӣ ҷудо карда шуданд ва ба ҳуҷайраҳои Калу-3 сироят карда шуданд.Натиҷаҳои муфассалро оид ба омӯзиши сирояти вирусӣ дар коғаз хондан мумкин аст.
дой:10.1016/ж.чом.2021.01.015
Истинод
Лин Ҷ, Танг С, Вей Ҳ ва дигарон.Мониторинги геномии SARS-CoV-2 як варианти несткунии Nsp1-ро ошкор мекунад, ки вокуниши навъи I интерферонро [J] модул мекунад.Мизбони ҳуҷайра ва микроб, 2021.
Хабарҳо ва рӯйдодҳои муҳим Ҳадафи мубодилаи ҳолатҳои муваффақи охирин бо Biomarker Technologies, ба даст овардани дастовардҳои нави илмӣ ва инчунин усулҳои барҷастае, ки дар рафти омӯзиш истифода мешаванд.
Вақти фиристодан: январ-06-2022