Транскриптомика
табиат
АЛОКА
Тавсифи пурраи транскрипти мутатсияи SF3B1 дар лейкемияи музмини лимфоситикӣ коҳиши танзими интронҳои нигоҳ дошташударо ошкор мекунад
Транскриптҳои пурра |пайдарпайии нанопора |Таҳлили изоформаи алтернативӣ
Замина
SГузориш шудааст, ки мутатсияҳои омматикӣ дар омили пайвастшавӣ SF3B1 бо саратонҳои гуногун, аз ҷумла лейкемияи музмини лимфоситарӣ (CLL), меланомаҳои uveal, саратони сина ва ғайра алоқаманданд. Илова бар ин, таҳқиқоти транскриптомии кӯтоҳмуддат намунаҳои пайвастшавии аберрантро, ки бо мутатсияҳои SF3B1 ба вуҷуд омадаанд, ошкор карданд.Бо вуҷуди ин, таҳқиқот дар бораи ин шаклҳои алтернативии пайвастшавӣ муддати тӯлонӣ бо сатҳи рӯйдодҳо ва набудани дониш дар сатҳи изоформ аз сабаби маҳдудияти транскриптҳои ҷамъшудаи кӯтоҳ хондашуда маҳдуд шудааст.Дар ин ҷо, платформаи пайдарпайии нанопораҳо барои тавлиди транскриптҳои дарозмӯҳлат ҷорӣ карда шуд, ки ба таҳқиқи изоформаҳои AS қувват бахшид.
Тарҳрезии таҷрибавӣ
Тачрибахо
Гурӯҳбандӣ:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (mutation K700E);3. Ҳуҷайраҳои муқаррарии В
Стратегияи пайдарпайӣ:пайдарпаии китобхонаи MinION 2D, пайдарпаии китобхонаи PromethION 1D;маълумоти кӯтоҳмуддат аз ҳамон намунаҳо
Платформаи пайдарпайӣ:ONT MinION;ONT PromethION;
Таҳлили биоинформатикӣ
Натиҷаҳо
Ааз 6 намунаи CLL ва 3 ҳуҷайраи B 257 миллион хониш тавлид карда шуд.Ба ҳисоби миёна 30,5%-и ин хонданҳо ҳамчун стенограммаи пурра муайян карда шуданд.
FТаҳлили изоформаи алтернативии RNA (FLAIR) барои тавлиди маҷмӯи изоформҳои эътимодбахш таҳия шудааст.FLAIR-ро метавон чунин ҷамъбаст кард:
Nanopor мутобиќшавиро мехонад: сохтори умумии транскриптро дар асоси геноми истинод муайян кунед;
Sислоҳи пайванди plice: хатогиҳои дурусти пайдарпай (сурх) бо макони пайвастшавӣ аз интронҳои тафсиршуда, интронҳо аз маълумоти кӯтоҳмуддат ё ҳарду;
Collapse: ҷамъбасти изоформаҳои намояндагӣ дар асоси занҷирҳои пайвастшавӣ (маҷмӯи гузариши аввал).Аз рӯи шумораи хондани дастгирӣ изофӣ-и эътимоди баландро интихоб кунед (ҳадди: 3).
Расми 1. Таҳлили FLAIR барои муайян кардани изоформҳои пурраи лента, ки бо мутатсияи SF3B1 дар CLL алоқаманданд
FLAIR 326,699 изоформаҳои пайвастшудаи боэътимодро муайян кард, ки 90% онҳо изоформҳои нав мебошанд.Аксарияти ин изоформҳои беанноташуда омезиши нави пайвандҳои маълуми пайвастшавӣ (142,971) мебошанд, дар ҳоле ки изоформаҳои боқимондаи нав ё интрони нигоҳ дошташуда (21,700) ё экзони навро (3594) дар бар мегиранд.
Lпайдарпайии хондан имкон медиҳад, ки муайян кардани маконҳои мутанти SF3B1-K700E - тағирёфта дар сатҳи изоформ.35 алтернативии 3'SS ва 10 алтернативии 5'SS муайян карда шуданд, ки дар байни SF3B1-K700E ва SF3B1-WT ба таври назаррас фарқ мекунанд.Аз 35 тағирот 33-тои онҳо бо пайдарпаии тӯлонӣ хонда шуданд.Дар маълумоти Nanopore, тақсимоти масофа байни 3'SS-ҳои аз ҷониби SF3B1-K700E тағйирёфта ба қуллаҳои маконҳои каноникӣ тақрибан -20 bp аст, ки аз тақсимоти назорат ба таври назаррас фарқ мекунад, ба он чизе ки дар пайдарпаии хондани кӯтоҳи CLL гузориш шудааст.Изоформҳои гени ERGIC3 таҳлил карда шуданд, ки дар он изоформи наве, ки макони пайвасти проксималиро дар бар мегирад, дар SF3B1-K700E бештар пайдо шуд.Ҳам проксималӣ ва ҳам дисталии 3'SS бо намунаҳои фарқкунандаи AS алоқаманд буданд, ки изоформҳои сершумор тавлид мекунанд.
Тасвири 2. Намунаҳои алтернативии 3' пайвастшавӣ, ки бо маълумоти пайдарпайии нанопур муайян карда шудаанд
Таҳлили истифодаи ҳодисаҳои IR муддати тӯлонӣ дар таҳлили кӯтоҳмуддат аз сабаби эътимод ба муайянкунӣ ва миқдорӣ IR маҳдуд буд.Ифодаи изоформҳои IR дар SF3B1-K700E ва SF3B1-WT дар асоси пайдарпаии нанопораҳо миқдоран муайян карда шуданд, ки танзими глобалии пастшавии изоформҳои IR-ро дар SF3B1-K700E ошкор кард.
Расми 4. Шиддати кишоварзӣ ва пайвастшавӣ ба шабака дар се системаи кишоварзӣ (А ва В);Таҳлили тасодуфии ҷангал (C) ва Муносибати байни шиддатнокии кишоварзӣ ва мустамликаи AMF (D)
Расми 3. Ҳодисаҳои иҷораи интрон дар CLL SF3B1-K700E сахттар танзим карда шудаанд.
Технология
Nanopore пайдарпаии дароз-хонда
Nпайдарпайии анопорӣ технологияи пайдарпайии сигнали барқии як молекула дар вақти воқеӣ мебошад.
DДНК ё РНК ба протеини нанопороз пайваст мешавад, ки дар биофилм ҷойгир шудааст ва зери роҳбарии протеини мотор кушода мешавад.
DРиштаҳои NA/RNA аз протеини канали нанопур бо суръати муайян таҳти таъсири фарқияти шиддат мегузаранд.
Mолекулҳо мувофиқи сохтори химиявӣ сигналҳои гуногуни электрикӣ тавлид мекунанд.
RМуайян кардани пайдарпайҳо тавассути занги асосӣ ба даст оварда мешавад.
Иҷрои пайдарпайии пурраи транскриптом
√ Сатҳи маълумот
7 маротиба камтар хониш барои расидан ба сершавии муқоисашавандаи додаҳо лозим аст.
√ Муайянкунии сохтори транскрипт
Муайян кардани вариантҳои гуногуни сохторӣ бо мутолиаи пурраи ҳар як транскрипт
√ Таҳлили дифференсиалии сатҳи транскрипт - Тағйироте, ки бо хондани кӯтоҳ пинҳон шудаанд, ошкор кунед
Истинод
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Тавсифи пурраи транскрипти мутатсияи SF3B1 дар лейкемияи музмини лимфоситикӣ коҳиши танзими интронҳои нигоҳдошташударо [J] ошкор мекунад.Муоширати табиат.
Технология ва Нуктаҳо Ҳадафи мубодилаи бомуваффақияти охирини технологияҳои гуногуни пайдарпайии баландсуръат дар арсаҳои гуногуни таҳқиқот ва инчунин ғояҳои олиҷаноб дар тарҳрезии таҷрибавӣ ва истихроҷи додаҳо.
Вақти фиристодан: январ-08-2022