ГЕНОМИКАИ ИНСОН
генетикаи табиат
пайдарпаии хондани тӯлонӣ васеъшавии такрории GGC-ро дар NOTCH2NLC, ки бо бемории дохилшавии нейронҳои intranuclear алоқаманданд, муайян мекунад
такрори ONT |Illumina |пайдарпайии пурраи экзома |CRISPR-Cas9 ONT пайдарпайии мақсаднок |RNA-seq |Даъвати метилизатсияи ONT 5mC
Нуктаҳои муҳим
1.Тавассути таҳлили пайванд дар оилаи калони NIID, ду минтақаи бо ҳам алоқаманд муайян карда шуданд.
2.Дар асоси пайдарпайии дарозмуддати хониш ва ғанисозии миёнаравии Cas-9 ONT як сабаби потенсиалии генетикии NIID, васеъшавии такрории GGC-ро дар 5 ′UTR аз NOTCH2NLC кашф кард.Ин тадқиқот бори аввал дар бораи густариши такрорӣ дар генҳои мушаххаси инсон гузориш дод, ки тавассути такрори сегменталӣ ба вуҷуд омадаанд.
3.Секвенсияи RNA транскриптҳои ғайримуқаррарии антисенсиро дар ибтидо ё дар дохили минтақаҳои такрории васеъшавии GGC дар NOTCH2NLC ошкор карданд.
Замина
NБемории инклюзияи евроналии intranuclear (NIID) як бемории пешрафта ва марговари нейродегенеративӣ мебошад, ки бо мавҷудияти инклюзияҳои эозинофилии гиалини интрануклеарӣ дар системаҳои марказӣ ва периферии асаб тавсиф мешавад.Зуҳуроти клиникии хеле тағйирёбандаи он дар ташхис то ҷорӣ намудани биопсияи пӯст душвориҳои зиёд ба миён меорад.Бо вуҷуди ин, усулҳои ба гистопатология асосёфта ҳанӯз аз ташхиси нодуруст азоб мекашанд, ки фаҳмиши генетикии NIID-ро талаб мекунад.
Муваффакиятхо
Таҳлили пайванд
Sпайдарпаии геномӣ (WGS) ва пайдарпайии пурраи экзома (WES) дар оилаи калони NIID (13 нафар зарардида ва 7 аъзои бетаъсир) анҷом дода шуд.Таҳлили пайвастшавӣ дар SNP-ҳои аз ин маълумот истихроҷшуда танҳо ду минтақаи алоқамандро ошкор кард: минтақаи 3,5 Мб дар 1p36.31-p36.22 (максимум LOD = 2.32) ва минтақаи 58.1 Мб дар 1p22.1-q21.3 (максималӣ LOD: 4.21) ).Бо вуҷуди ин, дар ин минтақаҳои алоқаманд ягон SNP ё CNV-и патогенӣ муайян карда нашудааст.
Тавсеаи такрории GGC дар NOTCH2NLC
Nпайдарпайии дар асоси анопорӣ дар 13 зарардида ва 4 аъзои осебнадида аз 8 оила коркард карда шуд (узви дигари зарардида аз ҷониби платформаи пайдарпайии дарозмуддати хондани Pacbio пайдарпай карда шуд.).Маълумоти тӯлонӣ хондани беморӣ, густариши такрории GGC-ро дар 5 ′ UTR харитаи генҳои NOTCH2NLC ба минтақаи алоқаманд бо 58,1 Мб ошкор карданд (Расми 1).Ин васеъкуниҳои такрорӣ инчунин дар ҳама 40 ҳолати спрадиии NIID, ки аз ҷониби RP-PCR санҷида шудаанд, муайян карда шуданд.
CАс-9 пайдарпаии ҳадафҳои миёнаравӣ дар платформаи нанопур барои ноил шудан ба фарогирии бештари хондан дар такрори NOTCH2NLC (100 X-1,795 X) истифода шудааст.Ин пайдарпаии консенсус бо бозёфтҳои қаблӣ оид ба густариши такрории GGC мувофиқат карданд.Ғайр аз он, такрорҳои {(GGA)n (GGC)n}n ҳамчун аломати потенсиалии генетикӣ барои фенотипи заифӣ бартаридошта муайян карда шуданд (Расми 2).
Тасвири 1. Тавсеаи такрории беморие, ки дар экзони 1 изоформаҳои NOTCH2NLC муайян шудааст.
Тасвири 2. Пайдарҳамии консенсуси NPTCH2NLC дар беморони NIID бо (*) ё бе фенотипи заифӣ бартарӣ доранд
NГенҳои OTCH2NL генҳои хоси инсонанд, ки бовар доранд, ки дар эволютсияи майнаи инсон ва бемориҳои асаб нақши муҳим доранд.Бо вуҷуди ин, се генҳои марбут ба NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB ва NOTCH2NLC) бо шахсияти пайдарпайии> 99,1% то маҷлиси охирини геноми инсон ҳал карда нашуданд.Пайдарпайвандии бидуни синтез ва муддати тӯлонӣ дар платформаи нанопур бартариҳои назаррасро дар ҳалли минтақаҳои шабеҳи баланд ва такрори (GGC)n бо 100% аз GC бой нишон дод.
Тавсеаи такрории GGC дар NOTCH2NLC
Tпайдарпаии ранскриптом дар 2 узви зарардида ва 2 узви бетаъсир коркард карда шуд.Амиқии муқарраршудаи хониш аз рӯи риштаҳои ҳис ва антисенсе дар болооби экзонҳои аввали паралогҳои NOTCH2NL ҳисоб карда шуд.Транскриптҳои ғайримуқаррарии зидди ҳиссиёт танҳо дар ҳолатҳои осебдида пайдо шуданд, ки дар ибтидо ё дар дохили минтақаи васеъшавии такрорӣ ҷойгиранд (Қуллаҳои арғувон дар F1-14 ва F1-16 дар расми 3.).Илова бар ин, 54 DEG муайян карда шуданд ва ҳама бо истилоҳҳои GO ва MPO, ки ба функсияҳои нейронӣ алоқаманданд, бой карда шуданд.
Тасвири 3. Амиқии хониши муқарраршуда дар болооби экзони якуми NOTCH2NLC дар ҳолатҳои бетаъсир (боло) ва осебдида (поён).
Технология
Oxford Nanopore Teghnologies (ONT)
Nпайдарпайии анопорӣ аз дигар платформаҳои пайдарпайӣ фарқ мекунад, ки нуклеотидҳо мустақиман бидуни раванди синтези ДНК хонда мешаванд.Вақте ки ДНК-и як ришта аз сӯрохи сафедаи наноандоза (nanopore) мегузарад, нуклеотидҳои гуногун ҷараёнҳои гуногуни иониро тавлид мекунанд, ки онҳоро гирифтан ва ба пайдарпайии асосҳо интиқол додан мумкин аст.Худи платформаи пайдарпайии ONT маҳдудияти техникии дарозии хондани ДНК-ро нишон намедиҳад.Аз ин рӯ, хондани ултра-дароз (ULRs) барои монтажи геномҳои сифати баланд дастрасанд.Ғайр аз он, ин хонишҳои бениҳоят дароз, ки барои убур кардани хусусиятҳои пайдарпайии мураккаб ё тағирёбии сохтор кофӣ мебошанд, барои бартараф кардани маҳдудиятҳои пайдарпайии кӯтоҳмуддат дар ин ҷо кӯмак мекунанд.
пайдарпайии nanopore
Муайянкунии тағирёбии сохтор (SV).
Sпайдарпайии бидуни синтез дар шаблон маълумоти метилизатсияи ДНК-ро асосан нигоҳ дошт.A, T, C ва G метилонидашуда аз ҷараёнҳои ғайриметилӣ ҷараёнҳои иониро ба вуҷуд меоранд, ки онҳоро мустақиман тавассути платформа хондан мумкин аст.Пайдарпайвандии нанопораҳо имкон медиҳад, ки профили пурраи геномҳои ҳам 5mC ва ҳам 6mA дар ҳалли як нуклеотид.
Истинод
Ҷун Соне ва ғайра.ал.Пайдарпаии хондани тӯлонӣ васеъшавии такрории GGC-ро дар NOTCH2NLC, ки бо бемории фарогирии нейронҳои интрануклеарӣ алоқаманд аст, муайян мекунад.Генетикаи табиат (2019)
Технология ва Нуктаҳо Ҳадафи мубодилаи бомуваффақияти охирини технологияҳои гуногуни пайдарпайии баландсуръат дар арсаҳои гуногуни таҳқиқот ва инчунин ғояҳои олиҷаноб дар тарҳрезии таҷрибавӣ ва истихроҷи додаҳо.
Вақти фиристодан: январ-06-2022