NGS-и пайдарпайии mRNA-и ғайриистиноӣ
Вижагиҳо
● Гирифтани поли мРНК пеш аз омода кардани китобхона
● Новобаста аз ҳама гуна геноми истинодӣ: бар асоси маҷмӯаи транскриптҳои de novo, тавлиди рӯйхати унигенҳо, ки бо якчанд пойгоҳи додаҳо (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) шарҳ дода шудаанд.
● Таҳлили ҳамаҷонибаи биоинформатикии ифодаи ген ва сохтори транскрипт
Бартариятҳои хизматрасонӣ
●Таҷрибаи васеъБо таҷрибаи коркарди зиёда аз 600,000 намуна дар BMKGENE, ки намудҳои гуногуни намунаҳоро аз қабили фарҳангҳои ҳуҷайра, бофтаҳо ва моеъҳои бадан дар бар мегирад, дастаи мо ба ҳар як лоиҳа таҷрибаи ғанӣ меорад. Мо бомуваффақият зиёда аз 100,000 лоиҳаи mRNA-Seq-ро дар соҳаҳои гуногуни тадқиқотӣ ба анҷом расонидаем.
●Назорати қатъии сифатМо нуқтаҳои назоратии асосиро дар ҳама марҳилаҳо, аз омодасозии намуна ва китобхона то пайдарпайӣ ва биоинформатика, амалӣ мекунем. Ин мониторинги дақиқ таъмини натиҷаҳои пайваста босифатро таъмин мекунад.
● Шарҳи ҳамаҷониба: мо аз пойгоҳи додаҳои сершумор барои шарҳи функсионалии генҳои ифодашудаи дифференсиалӣ (DEGs) ва анҷом додани таҳлили мувофиқи ғанӣгардонӣ истифода мебарем, ки дар бораи равандҳои ҳуҷайравӣ ва молекулавӣ, ки дар асоси вокуниши транскриптом қарор доранд, маълумот медиҳад.
●Дастгирии пас аз фурӯш: ӯҳдадории мо аз анҷоми лоиҳа фаротар меравад ва мӯҳлати хидматрасонии пас аз фурӯши 3-моҳаро дар бар мегирад. Дар ин муддат, мо пайгирии лоиҳа, кӯмаки ҳалли мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои посух додан ба ҳама гуна саволҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод менамоем.
Талабот ва таҳвили намуна
| Китобхона | Стратегияи пайдарпайӣ | Маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| Поли А-и ғанӣ гардонидашуда | Иллюмина PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 ГБ | Q30≥85% |
Талаботи намунавӣ:
Нуклеотидҳо:
| Консентратсия (нг/мкл) | Миқдор (мкг) | Покӣ | поквиҷдонӣ |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Дар гел ифлосшавии маҳдуд ё тамоман набудани сафеда ё ДНК нишон дода шудааст. | Барои растаниҳо: RIN≥4.0; Барои ҳайвонот: RIN ≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; баландии базавӣ маҳдуд ё тамоман вуҷуд надорад |
● Растаниҳо:
Реша, поя ё гулбарг: 450 мг
Барг ё тухм: 300 мг
Мева: 1.2 г
● Ҳайвон:
Дил ё рӯда: 300 мг
Узвҳои дохилӣ ё мағзи сар: 240 мг
Мушак: 450 мг
Устухонҳо, мӯй ё пӯст: 1г
● Буғумпойҳо:
Ҳашарот: 6г
Харчангшакл: 300 мг
● Хуни пурра: 1 найча
● Ҳуҷайраҳо: 106 ҳуҷайраҳо
Намунаи тавсияшудаи интиқол
Зарф: найчаи сентрифугаи 2 мл (Фолгаи қалъагӣ тавсия дода намешавад)
Намунаи нишонгузорӣ: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Интиқол:
1. Яхи хушк: Намунаҳоро бояд дар халтаҳо печонида, дар яхи хушк гӯрондан лозим аст.
2. Найчаҳои устувори РНК: Намунаҳои РНК-ро метавон дар найчаи устувори РНК (масалан, RNAstable®) хушк кард ва дар ҳарорати хонагӣ интиқол дод.
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Тарроҳии таҷрибавӣ
Таҳвили намуна
истихроҷи РНК
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Биоинформатика
Маҷмӯи транскриптом ва интихоби униген
Шарҳи Unigene
Ҳамбастагии намуна ва арзёбии такрорҳои биологӣ
Генҳои ифодашудаи дифференсиалӣ (DEG)
Шарҳи функсионалии DEG-ҳо
Ғанигардонии функсионалии DEG-ҳо
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидматҳои секвенсияи mRNA-и эукариотикии NGS-и BMKGene тавассути маҷмӯаи нашрияҳои интихобшуда ба даст оварда шудаанд, омӯзед.
Шен, Ф. ва дигарон (2020) 'Маҷмӯаи транскриптомҳои De novo ва ифодаи генҳои ба ҷинс нигаронидашуда дар ғадудҳои ҷинсии гурбамоҳии Амур (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), саҳ. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. ва дигарон (2016) 'Таҳлили транскриптомии мубодилаи сахароза ҳангоми варам ва инкишофи пиёз дар пиёз (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (сентябр), саҳ. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Жу, С. ва дигарон (2017) 'Маҷмӯаи нав, тавсиф ва шарҳи транскриптомаи Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Зоу, Л. ва дигарон (2021) 'Таҳлили транскриптомии De novo фаҳмишро дар бораи таҳаммулпазирии намаки Podocarpus macrophyllus дар зери стресси шӯрӣ фароҳам меорад', BMC Plant Biology, 21(1), саҳ. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
