Пайдарпаии геномҳои растанӣ/ҳайвонот
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
Таҳияи платформаҳои пайдарпай ва биоинформатика дарде навмаҷмӯи геномҳо
(Амарасингхе SL ва дигарон,Биологияи геном, 2020)
● Сохтмони геномҳои нав ва такмил додани геномҳои мавҷудаи истинод барои намудҳои мавриди таваҷҷӯҳ.
● Дақиқӣ, муттасилӣ ва пуррагӣ дар васлкунӣ
● Сохтани манбаи бунёдӣ барои таҳқиқот дар полиморфизми пайдарпай, QTL, таҳрири ген, селекция ва ғайра.
● Бо спектри пурраи платформаҳои пайдарпайии насли сеюм муҷаҳҳаз шудааст: ҳалли ягонаи геномӣ
● Стратегияҳои пайдарпай ва монтажи чандир, ки геномҳои гуногунро бо хусусиятҳои гуногун иҷро мекунанд
● Гурӯҳи баландихтисоси биоинформатикӣ дорои таҷрибаи калон дар маҷмӯаҳои мураккаби геномҳо, аз ҷумла полиплоидҳо, геномҳои азим ва ғайра.
● Зиёда аз 100 парвандаҳои бомуваффақият бо аккумулятсияи интишоршудаи импакт-фактори зиёда аз 900
● Вақти гардиш то 3 моҳ барои ҷамъбасти геномҳои сатҳи хромосома.
● Дастгирии устувори техникӣ бо як қатор патентҳо ва ҳуқуқи муаллифии нармафзор дар паҳлӯи таҷрибавӣ ва биоинформатика.
Мушаххасоти хадамот
|
Мундариҷа
|
Платформа
|
Дарозии хондан
|
Фарогирӣ
|
| Тадқиқоти геномӣ
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| пайдарпайии геном
| PacBio Revio
| 15 кб HiFi хонед
| ≥ 30X
|
| Салом Ц
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Раванди кор
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
| Намудҳо | Матоъ | Барои PacBio | Барои Nanopore |
| Ҳайвонот | узвҳои висцералӣ (ҷигар, испурч ва ғ.) | ≥ 1,0 г | ≥ 3,5 г |
| Мушак | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г | |
| Хуни ширхурон | ≥ 1,5 мл | ≥ 5,0 мл | |
| Хуни моҳӣ ё паррандагон | ≥ 0,2 мл | ≥ 0,5 мл | |
| Растаниҳо | Баргҳои тару тоза | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г |
| Гулбарг ё поя | ≥ 3,5 г | ≥ 10,0 г | |
| Реша ё тухмиҳо | ≥ 7,0 г | ≥ 20,0 г | |
| Ҳуҷайраҳо | Маданияти ҳуҷайра | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Барои аксари намунаҳо тавсия медиҳем, ки дар этанол нигоҳ дошта нашавад.
Тамғагузории намуна: Намунаҳо бояд ба таври возеҳ тамғагузорӣ карда шаванд ва ба варақаи иттилоотии намунаи пешниҳодшуда шабеҳ бошанд.
Интиқол: хушк-ях: Намунаҳои бояд аввал дар халтаҳои бастабандишуда ва дар ях хушк дафн.
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи ДНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
*Натиҷаҳои намоишӣ, ки дар ин ҷо нишон дода шудаанд, ҳама аз геномҳои бо Biomarker Technologies нашршуда мебошанд
1.Circos оид ба калисои геномҳои сатҳи хромосома азG. rotundifoliumаз ҷониби платформаи пайдарпайии Nanopore
Ван М ва дигарон,Биологияи молекулавӣ ва эволютсия, 2021
2. Омори ҷамъбасти геномҳои ҷавдор Вайнинг ва эзоҳ
Ли Г ва дигарон,Генетикаи табиат, 2021
3. Пешгӯии генSechium eduleгеном, ки аз се усули пешгӯӣ гирифта шудааст:De novoпешгӯӣ, пешгӯии гомология ва пешгӯии маълумот дар асоси RNA-Seq
Фу А ва дигарон,Тадқиқоти боғдорӣ, 2021
4.Идентификатсияи такрори терминалҳои дароз дар се геноми пахта
Ван М ва дигарон,Биологияи молекулавӣ ва эволютсия, 2021
5.Харитаи гармии Hi-C азC. acuminataгеном, ки мутақобилаи ҳамаҷонибаи геномро нишон медиҳад.Шиддати мутақобилаи Hi-C ба масофаи хаттии байни контигҳо мутаносиб аст.Хатти рости тоза дар ин харитаи гармӣ лангари хеле дақиқи контигҳоро дар хромосомаҳо нишон медиҳад.(Таносуби лангари контиг: 96,03%)
канг М ва дигарон,Муоширати табиат,2021
Парвандаи BMK
Маҷмӯи геномҳои баландсифат хусусиятҳои геномии ҷавдор ва генҳои аз ҷиҳати агрономӣ муҳимро таъкид мекунад
Нашр шудааст: Генетикаи табиат, 2021
Стратегияи пайдарпайӣ:
Маҷмаи геном: Ҳолати PacBio CLR бо китобхонаи 20 кб (497 Гб, тақрибан 63 ×)
Ислоҳи пайдарпай: NGS бо китобхонаи 270 bp DNA (430 Гб, тақрибан 54 ×) дар платформаи Illumina
Лангари Contigs: Китобхонаи Hi-C (560 Гб, тақрибан 71 ×) дар платформаи Illumina
Харитаи оптикӣ: (779,55 Гб, тахминан 99×) дар Bionano Irys
Натиҷаҳои асосӣ
1. Маҷмӯаи геноми ҷавдори Вайнинг бо андозаи умумии геном 7,74 Гб (98,74% андозаи тахминии геном аз рӯи цитометрияи ҷараён) нашр шуд.Scaffold N50 аз ин маҷлис 1,04 Гб ба даст овард.93,67% контигҳо дар 7 псевдо-хромосома бомуваффақият пайваст карда шуданд.Ин маҷлис бо харитаи пайванд, LAI ва BUSCO баҳо дода шуд, ки дар ҳама арзёбӣ баҳои баланд дод.
2.Дар асоси ин геном тадқиқотҳои минбаъда оид ба геномикаи муқоисавӣ, харитаи пайванди генетикӣ, таҳқиқоти транскриптомӣ гузаронида шуданд.Як қатор хусусиятҳои марбут ба геномӣ, аз ҷумла такрори генҳои геномӣ ва таъсири онҳо ба генҳои биосинтези крахмал ошкор карда шуданд;ташкили ҷисмонии локусҳои мураккаби проламин, хусусиятҳои ифодаи ген, ки хусусияти сарлавҳаи барвақт ва минтақаҳои тахминии хромосомӣ бо хонагӣ ва маҳалҳо дар ҷавдор алоқаманданд.
 Диаграммаи циркос дар бораи хусусиятҳои геномии геноми ҷавдор Вайнинг |  Таҳлили эволютсионӣ ва синтенизии хромосомаи геноми ҷавдор |
Ли, Г., Ванг, Л., Янг, Ҷ.ва дигарон.Маҷмӯи геномҳои баландсифат хусусиятҳои геномии ҷавдор ва генҳои аз ҷиҳати агрономӣ муҳимро таъкид мекунад.Нат Генет 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
