-
Таъсири мутақобилаи хроматин дар асоси Hi-C
Hi-C усулест, ки барои сабти конфигуратсияи геномӣ тавассути якҷоя кардани таъсири мутақобилаи наздикӣ ва пайдарпайии бо суръати баланд тарҳрезӣ шудааст. Ин усул ба пайвастшавии байниҳамдигарии хроматин бо формальдегид, ки баъдан ҳазмкунӣ ва аз нав пайвастшавӣ ба тарзе асос ёфтааст, ки танҳо порчаҳое, ки бо ҳам пайвастанд, маҳсулоти пайвастшавиро ташкил медиҳанд. Бо пайдарпайии ин маҳсулоти пайвастшавӣ, омӯхтани сохтори сеченакаи геном имконпазир аст. Hi-C имкон медиҳад, ки тақсимоти қисмҳои геном, ки каме печонида шудаанд (бахшҳои А, эухроматин) ва эҳтимолан аз ҷиҳати транскрипсия фаъолтаранд ва минтақаҳое, ки зичтар печонида шудаанд (бахшҳои В, гетерохроматин), омӯхта шавад. Hi-C инчунин метавонад барои муайян кардани доменҳои топологии алоқаманд (TADs), минтақаҳои геном, ки сохторҳои печонида доранд ва эҳтимолан намунаҳои ифодаи монанд доранд ва барои муайян кардани ҳалқаҳои хроматин, минтақаҳои ДНК, ки бо сафедаҳо ба ҳам пайваст шудаанд ва аксар вақт бо унсурҳои танзимкунанда ғанӣ гардонида шудаанд, истифода шавад. Хадамоти секвенсияи Hi-C-и BMKGene ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки андозаҳои фазоии геномикаро омӯзанд ва роҳҳои наверо барои фаҳмидани танзими геном ва таъсири он ба саломатӣ ва беморӣ мекушоянд.
-
Пайдарпайии иммунопресипитатсияи хроматин (ChIP-seq)
Иммунопресипитатсияи хроматин (CHIP) як усулест, ки аз антителоҳо барои ғанӣ гардонидани интихобӣ сафедаҳои пайвасткунандаи ДНК ва ҳадафҳои мувофиқи геномикии онҳо истифода мебарад. Ҳамгироии он бо NGS имкон медиҳад, ки профили саросарии геномии ҳадафҳои ДНК, ки бо тағирёбии гистон, омилҳои транскрипсия ва дигар сафедаҳои пайвасткунандаи ДНК алоқаманданд, муайян карда шавад. Ин равиши динамикӣ имкон медиҳад, ки ҷойҳои пайвастшавӣ дар намудҳои гуногуни ҳуҷайраҳо, бофтаҳо ё шароитҳо муқоиса карда шаванд. Татбиқи ChIP-Seq аз омӯзиши танзими транскрипсия ва роҳҳои рушд то равшан кардани механизмҳои беморӣ иборат аст, ки онро ба як воситаи муҳим барои фаҳмидани манзараҳои танзими геномӣ ва пешрафти фаҳмиши терапевтӣ табдил медиҳад.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенсиякунии бисулфити тамоми геном (WGBS)
Ин усул, ки ба коркарди бисульфитии ДНК барои водор кардани табдили ситозинҳои метилнашуда ба урасил (C ба U) асос ёфтааст ва дар айни замон ситозинҳои метилнашударо бетағйир мегузорад, ҳамчун методологияи стандартии тиллоӣ барои омӯзиши амиқи метилизатсияи ДНК, бахусус мавқеи панҷум дар ситозин (5-mC), танзимгари асосии ифодаи ген ва фаъолияти ҳуҷайра, қарор дорад.
Ин усул ҳалли якпояро пешниҳод мекунад, ки ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки метиломаро ҳамаҷониба таҳқиқ кунанд ва намунаҳои ғайримуқаррарии метилизатсияро дар дохили намунаҳо ошкор кунанд. Бо истифода аз WGBS, олимон метавонанд дарки беназиреро дар бораи манзараҳои метилизатсияи саросари геном ба даст оранд ва фаҳмиши нозуки механизмҳои эпигенетикӣ, ки асоси равандҳо ва бемориҳои гуногуни биологӣ мебошанд, фароҳам оваранд.
-
Таҳлили хроматини дастрас ба транспозаза бо секвенсияи баланди гузариш (ATAC-seq)
ATAC-seq як усули секвенсиякунии баландсифат аст, ки барои таҳлили дастрасии хроматин дар саросари геном истифода мешавад. Истифодаи он фаҳмиши амиқтари механизмҳои мураккаби назорати эпигенетикии глобалӣ бар ифодаи генро фароҳам меорад. Ин усул аз транспозазаи гиперактивии Tn5 барои фрагментатсия ва нишонгузории ҳамзамон минтақаҳои кушодаи хроматин тавассути ворид кардани адаптерҳои секвенсия истифода мебарад. Амплификацияи минбаъдаи PCR боиси эҷоди китобхонаи секвенсия мегардад, ки имкон медиҳад минтақаҳои кушодаи хроматин дар шароити мушаххаси фазоӣ-вақт муайян карда шаванд. ATAC-seq назари куллии манзараҳои дастраси хроматинро пешниҳод мекунад, бар хилофи усулҳое, ки танҳо ба маконҳои пайвастшавии омили транскрипсия ё минтақаҳои мушаххаси тағирёфтаи гистон нигаронида шудаанд. Бо секвенсия кардани ин минтақаҳои кушодаи хроматин, ATAC-seq минтақаҳоеро, ки эҳтимолияти бештар ба пайдарпайиҳои танзимкунандаи фаъол ва маконҳои эҳтимолии пайвастшавии омили транскрипсияро доранд, ошкор мекунад ва фаҳмиши арзишмандро дар бораи модуляцияи динамикии ифодаи ген дар саросари геном пешниҳод мекунад.
-
Пайдарпайии бисулфитии намояндагии камшуда (RRBS)
Пайдарпайии бисулфитии намояндагии камшуда (RRBS) ба ғанӣ гардонидани минтақаҳои бой аз ҷазираҳои CpG тавассути шикастани MspI ва баъдан интихоби андозаи пораҳои 200-500/600 bps такя мекунад. Дар натиҷа, танҳо минтақаҳои наздик ба ҷазираҳои CpG пайдарпайӣ карда мешаванд, дар ҳоле ки минтақаҳое, ки ҷазираҳои дури CpG доранд, аз таҳлил хориҷ карда мешаванд. Ин раванд, дар якҷоягӣ бо пайдарпайии бисулфит, имкон медиҳад, ки метилизатсияи ДНК бо қарори баланд муайян карда шавад ва равиши пайдарпайӣ, PE150, махсусан ба нӯги вурудҳо, на ба миёна, тамаркуз мекунад ва самаранокии профилсозии метилизатсияро афзоиш медиҳад.
Ин усул ҳамчун алтернативаи аз ҷиҳати хароҷот самаранок ва самаранок ба секвенсияи бисулфити тамоми геном (WGBS) дар таҳқиқоти метилизатсияи ДНК пайдо шудааст. Дар ҳоле ки WGBS бо таҳқиқи тамоми геном дар як қарори асосӣ фаҳмиши ҳамаҷониба медиҳад, арзиши баланди он метавонад омили маҳдудкунанда бошад, ки RRBS ин мушкилотро бо таҳлили интихобӣ як қисми намояндагии геном аз ҷиҳати стратегӣ коҳиш медиҳад. Ин методология як воситаи бебаҳоест, ки имкон медиҳад таҳқиқоти метилизатсияи ДНК аз ҷиҳати хароҷот самаранок анҷом дода шавад ва дониши механизмҳои эпигенетикӣ афзоиш ёбад.
