-
пайдарпайии РНК-и якядроӣ
Пешрафт дар гирифтани як ҳуҷайра ва техникаи сохтани китобхонаи инфиродӣ дар якҷоягӣ бо пайдарпайии баландсуръат имкон медиҳад, ки омӯзиши ифодаи генҳо дар асоси ҳуҷайра ба ҳуҷайра.Он имкон медиҳад, ки таҳлили амиқтар ва мукаммали система дар популяцияҳои мураккаби ҳуҷайраҳо, ки дар он асосан аз ниқоб кардани гетерогении онҳо тавассути гирифтани миёнаи ҳамаи ҳуҷайраҳо худдорӣ мекунад.
Аммо, баъзе ҳуҷайраҳо барои сохтан ба суспензияи якҳуҷайра мувофиқ нестанд, аз ин рӯ усулҳои дигари тайёр кардани намуна - истихроҷи ядро аз бофтаҳо лозим аст, яъне ядро мустақиман аз бофтаҳо ё ҳуҷайраҳо истихроҷ карда мешавад ва ба суспензияи якҳуҷайра омода карда мешавад. пайдарпайии ҳуҷайра.
BMK хидмати пайдарпайии як ҳуҷайраи РНК-ро дар асоси 10 × Genomics ChromiumTM пешниҳод мекунад.Ин хидмат дар таҳқиқоти таҳқиқоти марбут ба бемориҳо, ба монанди тафриқаи ҳуҷайраҳои иммунӣ, гетерогении варамҳо, рушди бофтаҳо ва ғайра васеъ истифода шудааст.
Чипи транскриптомҳои фазоӣ: 10 × Геномика
Платформа: Платформаи Illumina NovaSeq
-
Пайдарпайкунии тамоми геномҳои растанӣ/ҳайвонот
Таҷдиди пайдарпайии тамоми геном, ки бо номи WGS маъруф аст, имкон медиҳад, ки ҳам мутатсияҳои умумӣ ва ҳам нодир дар тамоми геном, аз ҷумла полиморфизми ягонаи нуклеотид (SNP), несткунии дохилкунӣ (InDel), тағирёбии сохтор (SV) ва тағирёбии рақами нусхабардорӣ (CNV) ).SVҳо нисбат ба SNPҳо қисми бештари пойгоҳи тағирёбандаро ташкил медиҳанд ва ба геном таъсири бештар доранд, ки ба организмҳои зинда таъсири назаррас доранд.Азнавбарқароркунии дарозмуддат барои муайян кардани дақиқтари порчаҳои калон ва вариантҳои мураккаб имкон медиҳад, зеро хондани тӯлонӣ убури хромосомаҳоро аз минтақаҳои мураккаб ба монанди такрори тандем, минтақаҳои аз GC/AT бой ва минтақаҳои гипертағйирёбанда хеле осон мекунад.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Транскриптомияи фазоӣ
Транскриптомияи фазоӣ дар сафи пеши навовариҳои илмӣ қарор дорад ва ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки шаклҳои мураккаби ифодаи генҳоро дар дохили бофтаҳо ва нигоҳ доштани контексти фазоии онҳо омӯзанд.Дар байни платформаҳои гуногун, BMKGene чипи BMKManu S1000 Spatial Transcriptome-ро таҳия кардааст, ки дорои он аст.ҳалли такмилёфта5µM, расидан ба диапазони зерҳуҷайра ва имкон медиҳадтанзимоти ҳалли бисёрсатҳа.Чипи S1000, ки тақрибан 2 миллион нуқта дорад, микроэлементҳоро истифода мебарад, ки бо маҳтобӣ бо зондҳои штрих-коди фазоӣ сабт карда шудаанд.Китобхонаи cDNA, ки бо штрих-кодҳои фазоӣ ғанӣ гардонида шудааст, аз чипи S1000 омода карда мешавад ва баъдан дар платформаи Illumina NovaSeq пайдарпай карда мешавад.Омезиши намунаҳои штрих-кодшудаи фазоӣ ва UMI саҳеҳӣ ва мушаххаси маълумоти тавлидшударо таъмин мекунад.Хусусияти беназири чипи BMKManu S1000 дар гуногунҷабҳаи он ҷойгир буда, танзимоти ҳалли бисёрсатҳиро пешниҳод мекунад, ки метавонанд ба бофтаҳо ва сатҳҳои тафсилоти гуногун ба таври дақиқ танзим карда шаванд.Ин мутобиқшавӣ чипро ҳамчун интихоби барҷаста барои таҳқиқоти гуногуни транскриптомияи фазоӣ ҷойгир мекунад, ки кластеризатсияи дақиқи фазоиро бо садои ҳадди аққал таъмин мекунад.
Бо истифода аз чипи BMKManu S1000 ва дигар технологияҳои транскриптомияи фазоӣ, муҳаққиқон метавонанд дар бораи ташкили фазоии ҳуҷайраҳо ва таъсири мутақобилаи мураккаби молекулавӣ, ки дар дохили бофтаҳо ба вуҷуд меоянд, фаҳмиши бебаҳо ба даст оранд ва дар бораи механизмҳои асосии равандҳои биологӣ дар доираи васеи соҳаҳо, аз ҷумла фаҳмиши бебаҳо таъмин кунанд. онкология, неврология, биологияи инкишоф, иммунология ва омӯзиши ботаникӣ.
Платформа: чипи BMKManu S1000 ва Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Транскриптомикаи фазоӣ як технологияи пешрафтаест, ки ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки намунаҳои ифодаи генҳоро дар бофтаҳо ҳангоми нигоҳ доштани контексти фазоии онҳо тафтиш кунанд.Як платформаи пурқувват дар ин домен 10x Genomics Visium дар якҷоягӣ бо пайдарпаии Illumina мебошад.Принсипи 10X Visium дар як чипи махсусгардонидашуда бо минтақаи таъиншудаи забт, ки дар он қисмҳои матоъ ҷойгир карда мешаванд, ҷойгир аст.Ин минтақаи забткунӣ дорои нуқтаҳои штрих-код мебошад, ки ҳар кадоми онҳо ба макони ягонаи фазоии дохили бофта мувофиқанд.Молекулаҳои РНК аз бофта гирифташуда баъдан дар ҷараёни транскрипсияи баръакс бо идентификаторҳои беназири молекулавӣ (UMIs) нишонгузорӣ карда мешаванд.Ин нуқтаҳои штрих-код ва UMIҳо имкон медиҳанд, ки харитаи дақиқи фазоӣ ва миқдори ифодаи генҳоро дар як қарори якҳуҷайра муайян кунанд.Омезиши намунаҳои штрих-кодшудаи фазоӣ ва UMI саҳеҳӣ ва мушаххаси маълумоти тавлидшударо таъмин мекунад.Бо истифода аз ин технологияи фосилавии транскриптомика, муҳаққиқон метавонанд дар бораи ташкили фазоии ҳуҷайраҳо ва мутақобилаи мураккаби молекулавӣ, ки дар дохили бофтаҳо ба амал меоянд, дарки амиқтар ба даст оранд ва дар бораи механизмҳои асосии равандҳои биологӣ дар соҳаҳои гуногун, аз ҷумла онкология, неврология, биологияи рушд, иммунология фаҳмиши бебаҳо пешниҳод кунанд. , ва омӯзиши ботаникӣ.
Платформа: 10X Genomics Visium ва Illumina NovaSeq
-
Дарозии пурраи mRNA пайдарпаии-нанопур
Дар ҳоле, ки пайдарпайии mRNA дар асоси NGS ҳамчун воситаи универсалӣ барои миқдорсозии ифодаи генҳо хидмат мекунад, такя ба хондани кӯтоҳ самаранокии онро дар таҳлилҳои мураккаби транскриптомӣ маҳдуд мекунад.Аз тарафи дигар, пайдарпайии нанопора технологияи дарозмуддатро истифода мебарад, ки ба пайдарпайии транскриптҳои пурраи mRNA имкон медиҳад.Ин равиш ба таҳқиқи ҳамаҷонибаи пайванди алтернативӣ, синтези генҳо, полиаденилизатсия ва миқдори изоформҳои mRNA мусоидат мекунад.
Пайдарпайвандии нанопораҳо ба сигналҳои электрикии якмолекулаи нанопора такя мекунад.Бо роҳнамоии сафедаҳои мотор, ДНК-и дуқабата ба сафедаҳои нанопорае, ки дар биофилм ҷойгир шудаанд, мепайвандад ва ҳангоми гузаштан аз канали нанопур зери фарқияти шиддат кушода мешавад.Сигналҳои электрикии фарқкунандаи аз ҷониби асосҳои гуногун дар риштаи ДНК тавлидшуда дар вақти воқеӣ муайян ва тасниф карда мешаванд, ки ба пайдарпайии дақиқ ва муттасили нуклеотидҳо мусоидат мекунанд.Ин равиши инноватсионӣ маҳдудиятҳои хониши кӯтоҳро бартараф мекунад ва платформаи динамикӣ барои таҳлили мураккаби геномӣ фароҳам меорад, ки таҳқиқоти мураккаби транскриптомиро дар бар мегирад.
Платформа: Nanopore Promethion P48
-
Пайдарпаии пурраи мРНК -PacBio
Дар ҳоле ки пайдарпайии mRNA дар асоси NGS як воситаи универсалӣ барои муайян кардани миқдори ифодаи ген аст, такя ба хондани кӯтоҳ истифодаи онро дар таҳлилҳои мураккаби транскриптомикӣ маҳдуд мекунад.Аз тарафи дигар, пайдарпайии PacBio (Iso-Seq), технологияи дарозмуддатро истифода мебарад, ки ба пайдарпайии транскриптҳои пурраи mRNA имкон медиҳад.Ин равиш ба таҳқиқи ҳамаҷонибаи пайванди алтернативӣ, синтези генҳо ва поли-аденилизатсия мусоидат мекунад, гарчанде ки аз сабаби миқдори зиёди маълумот талаб карда мешавад, он интихоби асосӣ барои миқдорбандии экспрессияи ген нест.
Технологияи пайдарпайии PacBio ба пайдарпаии якмолекула, дар вақти воқеӣ (SMRT) такя мекунад, ки дар гирифтани транскриптҳои пурраи mRNA бартарии хос медиҳад.Ин равиши инноватсионӣ истифодаи мавҷҳои мавҷҳои сифрӣ (ZMWs), чоҳҳои микрофабрикаро дар бар мегирад, ки имкон медиҳанд, ки дар вақти воқеӣ фаъолияти ДНК полимеразро ҳангоми пайдарпай мушоҳида кунанд.Дар дохили ин ZMWs, полимеразаи ДНК PacBio як риштаи иловагии ДНК-ро синтез мекунад ва хондани дарозеро тавлид мекунад, ки тамоми транскриптҳои mRNA-ро фаро мегиранд.Амали PacBio дар ҳолати пайдарпайии консенсуси давравӣ (CCS) дақиқиро тавассути пайдарпайии такрории як молекула такмил медиҳад.Хонишҳои тавлидшудаи HiFi дорои дақиқии бо NGS муқоисашаванда буда, минбаъд ба таҳлили ҳамаҷониба ва боэътимоди хусусиятҳои мураккаби транскриптомӣ мусоидат мекунанд.Платформа: PacBio Sequel II
-
Эукариотӣ mRNA пайдарпаии-Illumina
Пайдарпайвандии mRNA имкон медиҳад, ки профили ҳамаҷонибаи ҳама транскриптҳои mRNA дар дохили ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас.Ин технологияи муосир ҳамчун воситаи тавоно хизмат мекунад, ки профилҳои мураккаби ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии марбут ба равандҳои гуногуни биологиро ошкор мекунад.Дар пажӯҳишҳои бунёдӣ, ташхиси клиникӣ ва таҳияи маводи мухаддир ба таври васеъ қабул карда мешавад, пайдарпайии mRNA фаҳмишро дар бораи нозукиҳои динамикаи ҳуҷайра ва танзими генетикӣ пешниҳод мекунад.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Пайдарпаии mRNA-Illumina дар асоси ғайридавлатӣ истинод
Пайдарпайвандии mRNA имкон медиҳад, ки профили ҳамаҷонибаи ҳама транскриптҳои mRNA дар дохили ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас.Ин технологияи муосир ҳамчун воситаи тавоно хизмат мекунад, ки профилҳои мураккаби ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии марбут ба равандҳои гуногуни биологиро ошкор мекунад.Дар пажӯҳишҳои бунёдӣ, ташхиси клиникӣ ва таҳияи маводи мухаддир ба таври васеъ қабул карда мешавад, пайдарпайии mRNA фаҳмишро дар бораи нозукиҳои динамикаи ҳуҷайра ва танзими генетикӣ пешниҳод мекунад.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
пайдарпаии дароз ғайридавлатӣ рамзгузорӣ-Illumina
РНК-ҳои дарози коднашаванда (lncRNAs) РНК-ҳои дарозтар аз 200 нуклеотид мебошанд, ки дорои потенсиали ҳадди ақали рамзгузорӣ мебошанд ва унсурҳои муҳим дар РНК-и рамзгузоранда нестанд.Ин РНКҳо дар ядро ва ситоплазма мавҷуданд, ки дар танзими эпигенетикӣ, транскриптӣ ва пас аз транскрипсия нақши муҳим мебозанд ва аҳамияти онҳоро дар ташаккули равандҳои ҳуҷайра ва молекулавӣ таъкид мекунанд.Пайдарпаии LncRNA як воситаи пурқувват дар дифференсиатсияи ҳуҷайраҳо, онтогенез ва бемориҳои инсон аст.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
пайдарпаии РНК хурд - Illumina
Молекулаҳои хурди РНК (sRNA), ки дарозии онҳо аз 200 нуклеотид иборатанд, дорои микроРНКҳо (miRNAs), РНК-ҳои хурди дахолаткунанда (siRNAs) ва РНК-ҳои мутақобилаи piwi (piRNAs) мебошанд.Дар байни инҳо, миРНКҳо, ки тақрибан 20-24 нуклеотид доранд, барои нақшҳои асосии танзимкунандаи худ дар равандҳои гуногуни ҳуҷайра махсусан қобили таваҷҷӯҳ мебошанд.Бо намунаҳои ифодаи хоси бофта ва марҳилаи мушаххас, miRNAs дар намудҳои гуногун нигоҳдории баландро нишон медиҳанд.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
пайдарпайии circRNA - Illumina
Пайдарпаии давравии РНК (circRNA-seq) ин профил ва таҳлили РНК-ҳои даврашакл, як синфи молекулаҳои РНК мебошад, ки аз рӯйдодҳои ғайриканоникӣ ҳалқаҳои пӯшида ташкил мекунанд ва ин РНК-ро бо устувории зиёд таъмин мекунанд.Гарчанде нишон дода шудааст, ки баъзе circRNAҳо ҳамчун исфанҷҳои микроРНК амал мекунанд, микроРНКҳоро ҷудо мекунанд ва онҳоро аз танзими mRNA-ҳои ҳадафи худ пешгирӣ мекунанд, дигар circRNAҳо метавонанд бо сафедаҳо ҳамкорӣ кунанд, ифодаи генҳоро модул кунанд ё дар равандҳои ҳуҷайра нақш дошта бошанд.Таҳлили ифодаи circRNA дар бораи нақшҳои танзимкунандаи ин молекулаҳо ва аҳамияти онҳо дар равандҳои гуногуни ҳуҷайра, марҳилаҳои рушд ва шароити бемориҳо маълумот медиҳад, ки ба фаҳмиши амиқи мураккабии танзими РНК дар заминаи ифодаи ген мусоидат мекунад.
-
Тамоми пайдарпаии транскриптом - Illumina
Пайдарпаии пурраи транскриптомҳо як равиши ҳамаҷониба барои профилактика кардани молекулаҳои гуногуни РНК-ро пешниҳод мекунад, ки ҳам рамзгузорӣ (mRNA) ва ҳам РНК-ҳои рамзгузорро (lncRNA, circRNA ва miRNA) дар бар мегирад.Ин усул транскриптомияи пурраи ҳуҷайраҳои мушаххасро дар лаҳзаи муайян сабт мекунад, ки барои фаҳмиши ҳамаҷонибаи равандҳои ҳуҷайра имкон медиҳад.Он инчунин бо номи "пайдабандии умумии РНК" маълум аст, ки ҳадафи он кушодани шабакаҳои мураккаби танзимкунанда дар сатҳи транскриптом мебошад, ки имкон медиҳад таҳлили амиқ ба монанди рақобатпазири РНК эндогенӣ (ceRNA) ва таҳлили муштараки РНК.Ин қадами аввалро дар самти тавсифи функсионалӣ нишон медиҳад, алахусус дар кушодани шабакаҳои танзимкунанда, ки дар асоси circRNA-miRNA-mRNA мутақобилаи ceRNA асос ёфтааст.
