Пайдарпаии фрагментҳои пурқувватшудаи мушаххаси маҳал (SLAF-seq)
Раванди кор
Хизматрасонӣ дорои тарҳи пешакӣ дар силико мебошад, то интихоби оптималии ферментро дар омодасозии китобхона кафолат диҳад.
Схемаи техникй
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Пайдарпайкунӣ дар NovaSeq бо PE150.
● Омодасозии китобхона бо штрих-коди дукарата, имкон медиҳад, ки ҷамъи зиёда аз 1000 намуна.
● Новобаста аз геноми истинод:
Бо геномҳои истинод: кашфи SNP ва InDel
Бе геноми истинод: кластерсозии намуна ва кашфи SNP
● Дардар-силикоДар марҳилаи пеш аз тарҳрезӣ комбинатсияи якчанд ферментҳои маҳдудкунанда барои дарёфти онҳое, ки тақсимоти якхелаи тегҳои SLAF-ро дар геном тавлид мекунанд, тафтиш карда мешаванд.
● Ҳангоми озмоиши пеш аз таҷриба, се комбинатсияи ферментҳо дар 3 намуна барои тавлиди 9 китобхонаи SLAF санҷида мешаванд ва ин маълумот барои интихоби беҳтарин комбинатсияи ферментҳои маҳдудкунанда барои лоиҳа истифода мешавад.
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
●Кашфи нишонаи генетикии баланд: Мо як системаи штрих-коди дукаратаи баландсуръатро муттаҳид мекунем, ки имкон медиҳад ҳамзамон пайдарпайии популятсияҳо ва амплификацияи мушаххаси маҳаллиро баланд бардоранд ва кафолат диҳанд, ки рақамҳои барчасп ба талаботи гуногуни саволҳои гуногуни таҳқиқот мувофиқат кунанд.
● Вобастагии паст аз геном: Онро метавон ба намудҳо бо геноми истинод ё бидуни истифода бурд.
●Тарҳрезии нақшаи чандир: Як-ферментӣ, ду-ферментӣ, ҳозима бисёр-ферментӣ ва намудҳои гуногуни ферментҳо ҳама метавонанд барои қонеъ кардани ҳадафҳо ё намудҳои гуногуни тадқиқот интихоб карда шаванд.
● Самаранокии баланд дар ҳозима ферментативӣ: Гузаронидани якдар-силикотарҳрезии пешакӣ ва озмоиши пешакӣ тарҳрезии оптималиро бо тақсимоти яксони тегҳои SLAF дар хромосома (1 теги SLAF/4Kb) ва коҳиши пайдарпайии такрорӣ (<5%) таъмин мекунад.
●Мутахассиси васеъ: Мо ба ҳар як лоиҳа таҷрибаи ғанӣ меорем, ки дар он зиёда аз 5000 лоиҳаи SLAF-Seq оид ба садҳо намудҳо, аз ҷумла растаниҳо, ширхӯрон, паррандагон, ҳашарот ва организмҳои обӣ баста мешаванд.
● Ҷараёни кории биоинформатикии худ таҳияшуда: Мо ҷараёни кории ҳамгирошудаи биоинформатикиро барои SLAF-Seq таҳия кардем, то эътимоднокӣ ва саҳеҳии натиҷаи ниҳоӣ таъмин карда шавад.
Мушаххасоти хадамот
| Навъи таҳлил | Миқёси тавсияшудаи аҳолӣ | Стратегияи пайдарпай | |
| Амиқии пайдарпайии тегҳо | Рақами тег | ||
| Харитаҳои генетикӣ | 2 падару модар ва >150 насл | Волидон: 20x WGS Насл: 10x | Андозаи геном: <400 Mb: WGS тавсия дода мешавад <1Гб: 100К тег 1-2Гб:: 200К тег >2Гб: 300К тег Максимум 500k барчасп |
| Тадқиқотҳои Ассотсиатсияи Геном (GWAS) | ≥200 намуна | 10х | |
| Эволютсияи генетикӣ | ≥30 намуна, бо >10 намуна аз ҳар як зергурӯҳ | 10х | |
Талаботи хидматрасонӣ
Консентратсияи ≥ 5 нг/мкЛ
Маблағи умумӣ ≥ 80 нг
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Агароз гели: таназзул ё ифлосшавӣ нест ё маҳдуд аст
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга
(Барои аксари намунаҳо тавсия медиҳем, ки дар этанол нигоҳ надорем)
Тамғагузории намуна: Намунаҳо бояд ба таври возеҳ тамғагузорӣ карда шаванд ва ба варақаи иттилоотии намунаи пешниҳодшуда шабеҳ бошанд.
Интиқол: хушк-ях: Намунаҳои бояд аввал дар халтаҳои бастабандишуда ва дар ях хушк дафн.
Раванди кори хидмат
Намунаи QC
Таҷрибаи пилотӣ
SLAF-таҷриба
Омодасозии китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хидматҳои пас аз фурӯш
Таҳлили биоинформатикии мо иборат аст аз:
QC маълумот ва буридани маълумот барои нест кардани хондани N- бой, хондани адаптер ё хондани сифати паст.
Назорати дуюми сифати тоза барои санҷидани тақсимоти асосӣ, сифати пайдарпай ва арзёбии маълумот, инчунин барои санҷидани самаранокии ҳозима ва иловаҳои ба даст овардашуда.
Пас аз санҷиши хондан, ду вариант вуҷуд дорад:
- Харитасозӣ ба геноми истинод
- Бе геноми истинод: кластерсозӣ
Пас аз он, таҳлили барчаспҳои SLAF барои анҷом додани зангҳои вариантӣ барои кӯмак дар кашфи маркер истифода мешавад: SNP, InDel, SNV, занги CV ва аннотация
Тақсимоти барчаспҳои SLAF дар хромосомаҳо:
Тақсимоти SNP дар хромосомаҳо:
Тавсифи SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X and Shi C (2023) Харитаи QTL ва таҳлили транскриптомии мундариҷаи шакар ҳангоми пухтани меваПирифолияи пирус.Пеш. Илмҳои растанӣ.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Ли, Ҷ., Чжан, Ю., Ма, Р., Хуан, В., Хоу, Ҷ., Фанг, С., ва Сан, Л. (2022). Муайян кардани st1 интихоберо нишон медиҳад, ки бо мошингардии морфологияи тухмӣ ва мундариҷаи равған ҳангоми хонакунии лӯбиё.Маҷаллаи биотехнологияи растанӣ, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Сю, П., Чжан, X., Ван, X.ва дигарон.пайдарпаии геном ва гуногунии генетикии карп маъмул,Cyprinus carpio.Нат Генет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Чжуан, В., Чен, Х., Янг, М.ва дигарон.Геноми арахиси парваришшуда дар бораи кариотипҳои лӯбиёгӣ, эволютсияи полиплоидӣ ва хонагии зироат маълумот медиҳад.Нат Генет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Соли | Журнал | IF | Унвон | Барномаҳо |
| 2022 | Муоширати табиат | 17.694 | Асоси геномии гига-хромосомаҳо ва гига-геноми пиони дарахт Ostii Paeonia | SLAF-GWAS |
| 2015 | Фитологи нав | 7.433 | Изҳои хонагӣ ба минтақаҳои геномии дорои аҳамияти агрономӣ лангар мезананд лубиё | SLAF-GWAS |
| 2022 | Маҷаллаи тадқиқоти пешрафта | 12.822 | Интрогрессияҳои сунъии геномии Gossypium barbadense ба G. hirsutum барои дар як вакт баланд бар-доштани сифат ва хосилнокии нахи пахта локхои аъло ошкор кунанд хислатхо | SLAF - Генетикаи эволютсионӣ |
| 2019 | Заводи молекулавӣ | 10.81 | Таҳлили геномии аҳолӣ ва Ассамблеяи Де Ново пайдоиши алафҳои бегонаро ошкор мекунад Райс ҳамчун бозии эволютсионӣ | SLAF - Генетикаи эволютсионӣ |
| 2019 | Генетикаи табиат | 31.616 | пайдарпаии геном ва гуногунии генетикии карп маъмул, Cyprinus carpio | Харитаи SLAF-Linkage |
| 2014 | Генетикаи табиат | 25.455 | Геном аз чормағзи парваришшуда дар бораи кариотипҳои лӯбиёгӣ, полиплоидҳо маълумот медиҳад. эволютсия ва хонагии зироат. | Харитаи SLAF-Linkage |
| 2022 | Маҷаллаи биотехнологияи растанӣ | 9.803 | Муайян кардани ST1 интихоберо, ки бо автотранспорти морфологияи тухмӣ алоқаманд аст, нишон медиҳад ва мазмуни равган дар вақти соябонӣ | Рушди SLAF-Маркер |
| 2022 | Маҷаллаи байналмилалии илмҳои молекулавӣ | 6.208 | Идентификатсия ва рушди маркери ДНК барои гандум-Леймус моллис 2Ns (2D) Ивазкунии хромосомаҳои дисомӣ | Рушди SLAF-Маркер |
| Соли | Журнал | IF | Унвон | Барномаҳо |
| 2023 | Сарҳадҳо дар илми растанӣ | 6.735 | Харитаи QTL ва таҳлили транскриптомии мундариҷаи шакар ҳангоми пухтани меваи Пирус пирифолия | Харитаи генетикӣ |
| 2022 | Маҷаллаи биотехнологияи растанӣ | 8.154 | Муайян кардани ST1 интихоберо нишон медиҳад, ки бо мошингардии морфологияи тухмӣ ва мундариҷаи равған ҳангоми хонакунии лӯбиё
| Занг ба SNP |
| 2022 | Сарҳадҳо дар илми растанӣ | 6.623 | Харитасозии Ассотсиатсияи васеъи геномӣ аз фенотипҳои ҷарима дар муҳити хушксолӣ.
| GWAS |
