-
Дарозии пурраи пайдарпайии mRNA-Нанопур
Пайдарпайвандии РНК як воситаи бебаҳо барои таҳлили ҳамаҷонибаи транскриптомҳо буд.Бешубҳа, пайдарпайии анъанавии кӯтоҳхондан дар ин ҷо ба рушди сершумори муҳим ноил гардид.Бо вуҷуди ин, он аксар вақт бо маҳдудиятҳо дар муайянкунии пурраи изоформҳо, миқдорӣ, ғарази PCR дучор меояд.
Секвенсияи нанопораҳо аз дигар платформаҳои пайдарпайӣ фарқ мекунад, ки нуклеотидҳо мустақиман бидуни синтези ДНК хонда мешаванд ва дар даҳҳо килобазаҳо хондани тӯлонӣ тавлид мекунанд.Ин имкон медиҳад, ки мустақиман хондани стенограммаҳои пурраи дарозмӯҳлат ва ҳалли мушкилот дар таҳқиқоти сатҳи изоформа.
Платформа:Nanopore PromethION
Китобхона:cDNA-PCR
-
De novo пайдарпаии дарозии пурраи транскриптом -PacBio
De novoпайдарпайии пурраи транскриптом, инчунин бо номиDe novoIso-Seq бартариҳои секвенсери PacBio-ро дар дарозии хондан мегирад, ки имкон медиҳад пайдарпайии молекулаҳои cDNA-и дарозмӯҳлат бе ягон танаффус.Ин ҳама хатогиҳоеро, ки дар марҳилаҳои васлкунии транскрипт тавлид мешаванд, комилан пешгирӣ мекунад ва маҷмӯи унигенҳоро бо ҳалли сатҳи изоформ месозад.Ин маҷмӯаи унигенҳо маълумоти пурқуввати генетикиро ҳамчун "геноми истинод" дар сатҳи транскриптом таъмин мекунад.Илова бар ин, дар якҷоягӣ бо маълумоти пайдарпайии насли оянда, ин хидмат миқдори дақиқи ифодаи сатҳи изоформро фароҳам меорад.
Платформа: PacBio Sequel IIКитобхона: Китобхонаи занги SMRT -
пайдарпайии mRNA эукариотӣ - Illumina
пайдарпайии mRNA имкон медиҳад, ки профили ҳамаи mRNA-ҳои аз ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас транскриптшуда.Ин як технологияи тавоно барои ошкор кардани профили ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии равандҳои муайяни биологӣ мебошад.То имрӯз, пайдарпайии mRNA дар таҳқиқоти бунёдӣ, ташхиси клиникӣ, таҳияи маводи мухаддир ва ғайра васеъ истифода мешавад.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Пайдарпайвандии mRNA ба истинод асосёфта - Illumina
пайдарпайии mRNA техникаи пайдарпайии насли ояндаро (NGS) қабул мекунад, то мессенҷери РНК (mRNA) -и Эукариотро дар давраи мушаххасе, ки баъзе функсияҳои махсус фаъол мешаванд, сабт кунанд.Дарозитарин транскрипти пайвастшуда "Unigene" ном дошт ва ҳамчун пайдарпаии истинод барои таҳлили минбаъда истифода мешуд, ки воситаи муассир барои омӯзиши механизми молекулавӣ ва шабакаи танзими намудҳо бидуни истинод мебошад.
Пас аз маҷмӯи маълумотҳои транскриптомӣ ва шарҳи функсионалии униген
(1) Таҳлили SNP, таҳлили SSR, пешгӯии CDS ва сохтори генҳо пешакӣ тартиб дода мешавад.
(2) Миқдори ифодаи униген дар ҳар як намуна анҷом дода мешавад.
(3) Юнигенҳои ба таври дифференсиалӣ ифодаёфта дар байни намунаҳо (ё гурӯҳҳо) дар асоси ифодаи униген кашф карда мешаванд
(4) Кластерсозӣ, шарҳи функсионалӣ ва ғанисозии унигенҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда анҷом дода мешавад
-
пайдарпаии дароз ғайридавлатӣ рамзгузорӣ-Illumina
РНК-ҳои дарози коднашаванда (lncRNAs) як намуди молекулаҳои РНК мебошанд, ки дарозиашон аз 200 н зиёд аст, ки бо потенсиали хеле ками рамзгузорӣ тавсиф мешаванд.LncRNA, ҳамчун узви калидӣ дар РНК-ҳои коднашаванда, асосан дар ядро ва плазма мавҷуд аст.Рушди технологияи пайдарпайӣ ва биоинформатика имкон медиҳад, ки шумораи зиёди lncRNA-ҳои нав муайян карда шаванд ва онҳоро бо функсияҳои биологӣ пайваст кунанд.Далелҳои ҷамъшуда нишон медиҳанд, ки lncRNA дар танзими эпигенетикӣ, танзими транскрипсия ва танзими пас аз транскрипсия васеъ иштирок мекунад.
-
Пайдарпаии хурди РНК - Illumina
РНК хурд ба як синфи молекулаҳои РНК-и рамзгузоришаванда дахл дорад, ки дарозии онҳо одатан аз 200 нт камтар аст, аз ҷумла микроРНК (miRNA), РНК-и хурди интерференсия (siRNA) ва РНК-и мутақобилаи piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) як синфи РНК-и хурди эндогенӣ бо дарозии тақрибан 20-24nt мебошад, ки дар ҳуҷайраҳо нақшҳои гуногуни муҳими танзимкунандаро мебозад.miRNA дар бисёр равандҳои ҳаёт иштирок мекунад, ки бофтаҳо - мушаххас ва марҳила - ифодаи мушаххасро ошкор мекунанд ва дар намудҳои гуногун хеле ҳифз шудаанд.
-
пайдарпайии circRNA - Illumina
Тамоми пайдарпайии транскриптомҳо барои профили ҳама намудҳои молекулаҳои РНК, аз ҷумла рамзгузорӣ (mRNA) ва РНК-ҳои коднашаванда (аз ҷумла lncRNA, circRNA ва miRNA), ки аз ҷониби ҳуҷайраҳои мушаххас дар вақти муайян транскрипт карда мешаванд, тарҳрезӣ шудааст.Ҳама пайдарпайии транскриптомҳо, ки бо номи "пайдабандии умумии РНК" маъруфанд, ҳадафи ошкор кардани шабакаҳои ҳамаҷонибаи танзим дар сатҳи транскриптом мебошад.Бо истифода аз технологияи NGS, пайдарпаии тамоми маҳсулоти транскриптомӣ барои таҳлили ceRNA ва таҳлили муштараки РНК дастрасанд, ки қадами аввалинро дар самти тавсифи функсионалӣ таъмин мекунад.Ошкор кардани шабакаи танзимкунандаи circRNA-miRNA-mRNA дар асоси ceRNA.
-
Тамоми пайдарпаии транскриптом - Illumina
Тамоми пайдарпайии транскриптомҳо барои профили ҳама намудҳои молекулаҳои РНК, аз ҷумла рамзгузорӣ (mRNA) ва РНК-ҳои коднашаванда (аз ҷумла lncRNA, circRNA ва miRNA), ки аз ҷониби ҳуҷайраҳои мушаххас дар вақти муайян транскрипт карда мешаванд, тарҳрезӣ шудааст.Ҳама пайдарпайии транскриптомҳо, ки бо номи "пайдабандии умумии РНК" маъруфанд, ҳадафи ошкор кардани шабакаҳои ҳамаҷонибаи танзим дар сатҳи транскриптом мебошад.Бо истифода аз технологияи NGS, пайдарпаии тамоми маҳсулоти транскриптомӣ барои таҳлили ceRNA ва таҳлили муштараки РНК дастрасанд, ки қадами аввалинро дар самти тавсифи функсионалӣ таъмин мекунад.Ошкор кардани шабакаи танзимкунандаи circRNA-miRNA-mRNA дар асоси ceRNA.
-
пайдарпайии РНК прокариотӣ
Пайдарпайвандии РНК прокариотӣ пайдарпаии насли оянда (NGS) -ро барои ошкор кардани мавҷудият ва миқдори РНК дар лаҳзаи додашуда тавассути таҳлили тағирёбандаи транскриптомияи ҳуҷайра истифода мебарад.Пайдарпайвандии прокариотҳои РНК-и ширкати мо, махсусан ба прокариотҳои дорои геномҳои истинодӣ нигаронида шудааст, ки ба шумо профили транскриптомӣ, таҳлили сохтори генҳо ва ғ. пешкаш мекунад. Он ба таври васеъ барои таҳқиқоти илмии бунёдӣ, таҳқиқот ва таҳияи маводи мухаддир ва ғайра истифода шудааст.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
пайдарпайии метатранскриптом
Пайдарпайвандии метатранскриптом ифодаи генҳои микробҳоро (ҳам эукариотҳо ва ҳам прокариотҳо) дар муҳити табиӣ (яъне хок, об, баҳр, наҷосат ва рӯда.) муайян мекунад. Махсусан, ин хидматҳо ба шумо имкон медиҳанд, ки профили экспрессияи генҳои ҷамоаҳои мураккаби микробҳо, таҳлили таксономӣ ба даст оред. намудҳо, таҳлили ғанисозии функсионалии генҳои гуногун ифодашаванда ва ғайра.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
