10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
แผนทางเทคนิค
คุณสมบัติ
● ความละเอียด: 100 µM
● เส้นผ่านศูนย์กลางจุด: 55 µM
● จำนวนที่นั่ง: 4992
● พื้นที่จับภาพ: 6.5 x 6.5 มม.
● จุดที่มีบาร์โค้ดแต่ละจุดจะบรรจุไพรเมอร์ซึ่งประกอบด้วย 4 ส่วน:
- หางโพลี(dT) สำหรับการเริ่มต้น mRNA และการสังเคราะห์ cDNA
- ตัวระบุโมเลกุลเฉพาะ (UMI) เพื่อแก้ไขความคลาดเคลื่อนในการขยายสัญญาณ
- บาร์โค้ดเชิงพื้นที่
- ลำดับการจับของไพรเมอร์ลำดับการอ่านบางส่วน 1
● การย้อมสี H&E ของชิ้นเนื้อ
ข้อดี
●บริการแบบครบวงจร: ผสานรวมขั้นตอนต่างๆ ที่อาศัยประสบการณ์และทักษะทั้งหมด รวมถึงการตัดชิ้นเนื้อแช่แข็ง การย้อมสี การปรับปรุงเนื้อเยื่อ การสร้างบาร์โค้ดเชิงพื้นที่ การเตรียมไลบรารี การจัดลำดับดีเอ็นเอ และชีวสารสนเทศ
● ทีมงานด้านเทคนิคที่มีทักษะสูงด้วยประสบการณ์ในการศึกษาเนื้อเยื่อกว่า 250 ชนิด และสิ่งมีชีวิตกว่า 100 ชนิด รวมถึงมนุษย์ หนู สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ปลา และพืช
●อัปเดตข้อมูลโครงการทั้งหมดแบบเรียลไทม์: โดยสามารถควบคุมความคืบหน้าของการทดลองได้อย่างเต็มที่
●มาตรฐานชีวสารสนเทศแบบครอบคลุม:แพ็กเกจนี้ประกอบด้วยบทวิเคราะห์ 29 รายการ และภาพประกอบคุณภาพสูงกว่า 100 ภาพ
●การวิเคราะห์และแสดงผลข้อมูลแบบกำหนดเอง: พร้อมให้บริการสำหรับคำขอวิจัยต่างๆ
●การวิเคราะห์ร่วมเพิ่มเติมด้วยการลำดับเบส mRNA ระดับเซลล์เดี่ยว (ไม่บังคับ)
ข้อกำหนด
| ตัวอย่างข้อกำหนด | ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ตัวอย่างแช่แข็งที่ฝังใน OCT (ขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางที่เหมาะสม: ประมาณ 6x6x6 มม.³) 2 บล็อกต่อตัวอย่าง | ไลบรารี cDNA Visium 10X | อิลลูมินา พีอี150 | มีการอ่าน PE 50,000 ครั้งต่อจุด (60GB) | RIN > 7 |
หากต้องการรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับคำแนะนำในการเตรียมตัวอย่างและขั้นตอนการให้บริการ โปรดติดต่อสอบถามได้เลยผู้เชี่ยวชาญ BMKGENE
ขั้นตอนการทำงานของบริการ
ในขั้นตอนการเตรียมตัวอย่าง จะมีการทดลองสกัด RNA จำนวนมากในเบื้องต้นเพื่อให้แน่ใจว่าได้ RNA คุณภาพสูง ในขั้นตอนการปรับปรุงเนื้อเยื่อ จะทำการย้อมสีและตรวจสอบชิ้นเนื้อ และปรับเงื่อนไขการซึมผ่านเพื่อให้ mRNA หลุดออกจากเนื้อเยื่อได้ จากนั้นจะนำโปรโตคอลที่ปรับให้เหมาะสมแล้วไปใช้ในขั้นตอนการสร้างไลบรารี ตามด้วยการจัดลำดับและการวิเคราะห์ข้อมูล
กระบวนการให้บริการโดยรวมประกอบด้วยการอัปเดตแบบเรียลไทม์และการยืนยันจากลูกค้า เพื่อรักษาการตอบสนองที่รวดเร็วและรับประกันการดำเนินโครงการที่ราบรื่น
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
การควบคุมคุณภาพข้อมูล:
o การกระจายผลลัพธ์ข้อมูลและคะแนนคุณภาพ
o การตรวจจับยีนต่อจุด
o การปกคลุมของเนื้อเยื่อ
การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน:
ความหลากหลายของยีน
o การจัดกลุ่มจุด รวมถึงการวิเคราะห์มิติที่ลดลง
o การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่แตกต่างกันระหว่างกลุ่ม: การระบุยีนบ่งชี้
o การระบุหน้าที่และการเพิ่มจำนวนของยีนเครื่องหมาย
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
o การรวมตัวใหม่ของจุดจากทั้งสองตัวอย่าง (เช่น ตัวอย่างที่เป็นโรคและตัวอย่างควบคุม) และการจัดกลุ่มใหม่
o การระบุยีนเครื่องหมายสำหรับแต่ละคลัสเตอร์
o การระบุหน้าที่และการเพิ่มจำนวนของยีนเครื่องหมาย
o การแสดงออกที่แตกต่างกันของกลุ่มยีนเดียวกันระหว่างกลุ่มต่างๆ
การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน
การรวมกลุ่มจุด
การระบุยีนเครื่องหมายและการกระจายตัวเชิงพื้นที่
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
การรวมข้อมูลจากทั้งสองกลุ่มและการจัดกลุ่มใหม่
ยีนบ่งชี้ของกลุ่มใหม่
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการทรานสคริปโตมิกส์เชิงพื้นที่ของ BMKGene โดย 10X Visium ในเอกสารเผยแพร่เด่นเหล่านี้:
Chen, D. และคณะ (2023) 'mthl1 ซึ่งเป็นโฮโมล็อกที่มีศักยภาพของ GPCRs ยึดเกาะในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในแมลงหวี่ มีส่วนเกี่ยวข้องกับปฏิกิริยาต่อต้านเนื้องอกต่อเซลล์มะเร็งที่ฉีดเข้าไปในแมลงหวี่'วารสารของสถาบันวิทยาศาสตร์แห่งชาติแห่งสหรัฐอเมริกา, 120(30), หน้า e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. และคณะ (2023) 'STEEL ช่วยให้สามารถกำหนดขอบเขตข้อมูลทรานสคริปโตมิกเชิงพื้นที่และเวลาที่มีความละเอียดสูง'บทสรุปข้อมูลเชิงชีวสารสนเทศ, 24(2), หน้า 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. และคณะ (2022) 'แผนที่เชิงพื้นที่และเวลาของการเกิดอวัยวะในการพัฒนาของดอกกล้วยไม้'การวิจัยกรดนิวคลีอิก, 50(17), หน้า 9724–9737. ดอย: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. และคณะ (2023) 'การบูรณาการ Spatial Transcriptomics และการจัดลำดับ RNA จากนิวเคลียสเดี่ยวเผยให้เห็นกลยุทธ์การรักษาที่มีศักยภาพสำหรับเนื้องอกมดลูก'วารสารวิทยาศาสตร์ชีวภาพนานาชาติ, 19(8), หน้า 2515–2530. ดอย: 10.7150/IJBS.83510.
