การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS (NGS)
คุณสมบัติของบริการ
● แพลตฟอร์มการจัดลำดับดีเอ็นเอ: Illumina NovaSeq
● การขยายบริเวณสั้นๆ ของ 16S, 18S และ ITS รวมถึงเป้าหมายการขยายอื่นๆ
● ตัวเลือกแอมพลิคอนที่ยืดหยุ่น
● มีประสบการณ์ในการทำโครงการที่เกี่ยวข้องกับการขยายสัญญาณหลายเป้าหมายมาก่อน
ข้อดีของการบริการ
●ไม่ต้องกักตัว:การระบุองค์ประกอบจุลินทรีย์ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมอย่างรวดเร็ว
●ความละเอียดสูงพบในส่วนประกอบที่มีปริมาณน้อยในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม
●ใช้งานได้หลากหลาย: การศึกษาชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย
●การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุม: แพ็กเกจ QIIME2 รุ่นล่าสุด (quantitative insight into microbial ecology) พร้อมการวิเคราะห์ที่หลากหลายในแง่ของฐานข้อมูล คำอธิบายประกอบ และ OTU/ASV
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางด้วยโครงการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอแบบแอมพลิคอนกว่า 150,000 โครงการที่ดำเนินการในแต่ละปี BMKGENE จึงมีประสบการณ์มากกว่าสิบปี พร้อมด้วยทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และบริการหลังการขายที่เป็นเลิศ
ข้อกำหนดบริการ
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ |
| แอมพลิคอน | อิลลูมินา พีอี250 | แท็ก 50/100/300K (อ่านเป็นคู่) |
ข้อกำหนดในการให้บริการ
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (นาโนกรัม) | ปริมาตร (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● ดิน/ตะกอน: 1-2 กรัม
● ปริมาณอาหารในลำไส้ของสัตว์: 0.5-2 กรัม
● ปริมาณแมลงในลำไส้: 0.1-0.25 กรัม
● พื้นผิวพืช (ตะกอนที่อุดมด้วยแร่ธาตุ): 0.1-0.5 กรัม
● ตะกอนที่อุดมด้วยน้ำหมัก: 0.1-0.5 กรัม
● อุจจาระ (สัตว์ขนาดใหญ่): 0.5-2 กรัม
● อุจจาระ (หนู): 3-5 เกรน
● ของเหลวจากการล้างถุงลมปอด: กระดาษกรอง
● การเก็บตัวอย่างจากช่องคลอด: 5-6 ครั้ง
● การเก็บตัวอย่างจากผิวหนัง/อวัยวะเพศ/น้ำลาย/เนื้อเยื่ออ่อนในช่องปาก/คอหอย/ทวารหนัก: 2-3 ตัวอย่าง
● จุลินทรีย์บนพื้นผิว: กระดาษกรอง
● แหล่งน้ำ/อากาศ/ไบโอฟิล์ม: กระดาษกรอง
● จุลินทรีย์ภายในพืช: 1-2 กรัม
● คราบจุลินทรีย์ในฟัน: 0.5-1 กรัม
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
- การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
- การจัดกลุ่ม OTU / การลดสัญญาณรบกวน (ASV)
- คำอธิบายประกอบ OTU
- การวิเคราะห์ความหลากหลายอัลฟา: ดัชนีหลายตัว ได้แก่ Shannon, Simpson และ ACE
- การวิเคราะห์ความหลากหลายเบต้า
- การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
- การวิเคราะห์ความสัมพันธ์: ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมกับองค์ประกอบและความหลากหลายของ OUT
- การทำนายยีนที่ทำหน้าที่ 16S
ฮิสโตแกรมของการกระจายทางอนุกรมวิธาน
แผนที่ความร้อนแสดงการรวมกลุ่มความอุดมสมบูรณ์ทางอนุกรมวิธาน
การวิเคราะห์ความหลากหลายอัลฟา: เส้นโค้งการลดจำนวน
การวิเคราะห์ความหลากหลายเบต้า: NMDS
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม: การค้นพบไบโอมาร์กเกอร์ของ LEFSE
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการลำดับดีเอ็นเอแอมพลิคอนของ BMKGene ร่วมกับ Illumina ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Dong, C. และคณะ (2022) 'การประกอบ จุลินทรีย์หลัก และหน้าที่ของจุลินทรีย์ในดินและเปลือกรากของ Eucommia ulmoides' Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL
Li, Y. และคณะ (2023) 'การปลูกถ่ายกลุ่มแบคทีเรียสังเคราะห์เพื่อรักษาภาวะช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรียที่เกิดจาก Gardnerella vaginalis ในหนู' Microbiome, 11(1), หน้า 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. และ Liu, H. (2022) 'ไมโครไบโอมของฝุ่นละอองในอากาศที่เก็บรวบรวมระหว่างการทดลองสนับสนุนชีวิตแบบชีวภาพแบบปิดบนพื้นดิน “Lunar Palace 365”' Environmental Microbiomes, 17(1), หน้า 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. และคณะ (2022) 'ความอุดมสมบูรณ์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงไนโตรเจนซึ่งขึ้นอยู่กับวัตถุดิบควบคุมการสูญเสียไนโตรเจนในการทำปุ๋ยหมัก' Bioresource Technology, 361, หน้า 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678
