BMKCloud Log in
条形banner-03

สินค้า

16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio

หน่วยย่อยบน 16S และ 18S rRNA ที่มีทั้งบริเวณที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้สูงและบริเวณที่มีความแปรผันสูงนั้นเป็นลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สมบูรณ์แบบสำหรับการระบุสิ่งมีชีวิตโปรคาริโอตและยูคาริโอตการใช้ประโยชน์จากการจัดลำดับ แอมพลิคอนเหล่านี้สามารถกำหนดเป้าหมายตามส่วนที่อนุรักษ์ไว้ได้ และบริเวณที่มีความแปรผันสูงสามารถกำหนดคุณลักษณะได้อย่างสมบูรณ์สำหรับการจำแนกจุลินทรีย์ที่เอื้อต่อการศึกษาที่ครอบคลุมการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์ อนุกรมวิธาน สายวิวัฒนาการ ฯลฯ โมเลกุลเดี่ยวแบบเรียลไทม์ (SMRT ) การจัดลำดับแพลตฟอร์ม PacBio ช่วยให้ได้รับการอ่านแบบยาวที่มีความแม่นยำสูง ซึ่งสามารถครอบคลุมแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวได้ (ประมาณ 1.5 Kb)มุมมองที่กว้างขึ้นของสนามพันธุกรรมช่วยเพิ่มความละเอียดในคำอธิบายประกอบชนิดพันธุ์ในชุมชนแบคทีเรียหรือเชื้อราได้อย่างมาก

แพลตฟอร์ม:PacBio ภาคต่อ II


รายละเอียดบริการ

ผลการสาธิต

กรณีศึกษา

ข้อดีของการบริการ

1

● การอ่านแบบยาวเผยให้เห็นลำดับความยาวเต็มของ 16S/18S/ITS

● การเรียกฐานที่แม่นยำสูงด้วยการจัดลำดับโหมด PacBio CCS

● ความละเอียดระดับสายพันธุ์ในคำอธิบายประกอบ OTU/ASV

● ขั้นตอนการวิเคราะห์ QIIME2 ล่าสุดพร้อมการวิเคราะห์ที่หลากหลายในแง่ของฐานข้อมูล คำอธิบายประกอบ OTU/ASV

● ใช้ได้กับการศึกษาชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย

● BMK มีประสบการณ์กว้างขวางด้วยตัวอย่างมากกว่า 100,000 ตัวอย่าง/ปี ครอบคลุมทั้งดิน น้ำ ก๊าซ ตะกอน อุจจาระ ลำไส้ ผิวหนัง น้ำซุปหมัก แมลง พืช ฯลฯ

● BMKCloud อำนวยความสะดวกในการตีความข้อมูลซึ่งประกอบด้วยเครื่องมือวิเคราะห์ส่วนบุคคล 45 รายการ

ข้อมูลจำเพาะของบริการ

การเรียงลำดับแพลตฟอร์ม

ห้องสมุด

ข้อมูลที่แนะนำ

เวลาตอบสนอง

PacBio ภาคต่อ II

SMRT-เบลล์

แท็ก 5K/10K/20K

44 วันทำการ

การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ

● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ

● การจัดกลุ่ม OTU/การลดสัญญาณรบกวน (ASV)

● คำอธิบายประกอบ OTU

● ความหลากหลายของอัลฟ่า

● ความหลากหลายของเบต้า

● การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม

● การวิเคราะห์การเชื่อมโยงกับปัจจัยทดลอง

● การทำนายยีนของฟังก์ชัน

16sปาบิโอ

ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง

ข้อกำหนดตัวอย่าง:

สำหรับสารสกัดจากดีเอ็นเอ:

ประเภทตัวอย่าง

จำนวน

ความเข้มข้น

ความบริสุทธิ์

สารสกัดจากดีเอ็นเอ

> 1 มก

> 20 นาโนกรัม/ไมโครลิตร

โอดี260/280= 1.6-2.5

สำหรับตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อม:

ประเภทตัวอย่าง

ขั้นตอนการสุ่มตัวอย่างที่แนะนำ

ดิน

จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;สารที่เหี่ยวเฉาที่เหลืออยู่จะต้องถูกกำจัดออกจากพื้นผิวบดเป็นชิ้นใหญ่แล้วผ่านตัวกรองขนาด 2 มม.แบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือไซโรทูบที่ปลอดเชื้อเพื่อการจอง

อุจจาระ

จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า

เนื้อหาในลำไส้

ตัวอย่างจะต้องได้รับการประมวลผลภายใต้สภาวะปลอดเชื้อล้างเนื้อเยื่อที่รวบรวมด้วย PBSปั่นแยก PBS และรวบรวมตะกอนในหลอด EP

ตะกอน

จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างตะกอนในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า

แหล่งน้ำ

สำหรับตัวอย่างที่มีจุลินทรีย์ในปริมาณจำกัด เช่น น้ำประปา น้ำบาดาล ฯลฯ ให้รวบรวมน้ำอย่างน้อย 1 ลิตรแล้วผ่านตัวกรองขนาด 0.22 μm เพื่อเพิ่มจุลินทรีย์บนเมมเบรนเก็บเมมเบรนไว้ในหลอดปลอดเชื้อ

ผิว

ขูดพื้นผิวอย่างระมัดระวังด้วยสำลีก้านหรือใบมีดผ่าตัด แล้ววางลงในหลอดปลอดเชื้อ

การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ

แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บในไนโตรเจนเหลวหรือ -80 องศา เพื่อสำรองระยะยาวจำเป็นต้องจัดส่งตัวอย่างด้วยน้ำแข็งแห้ง

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การจัดส่งตัวอย่าง

การจัดส่งตัวอย่าง

การเตรียมห้องสมุด

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

บริการหลังการขาย


  • ก่อนหน้า:
  • ต่อไป:

  • 1. อัตราคำอธิบายประกอบของการทำโปรไฟล์ชุมชนจุลินทรีย์ที่ใช้ V3+V4(Illumina) เทียบกับการทำโปรไฟล์แบบเต็มความยาว (PacBio)
    (ใช้ข้อมูลของโครงการสุ่มเลือก 30 โครงการเป็นสถิติ)

    3

    2. อัตราคำอธิบายประกอบของการจัดลำดับแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวที่ระดับสปีชีส์ในตัวอย่างประเภทต่างๆ

    4

    3.การกระจายพันธุ์

    5
    4. ต้นไม้สายวิวัฒนาการ

    6

    คดีบีเอ็มเค

    การสัมผัสสารหนูทำให้เกิดความเสียหายต่อสิ่งกีดขวางในลำไส้ และเป็นผลให้เกิดการกระตุ้นแกนลำไส้และตับ ซึ่งนำไปสู่การอักเสบและไพโรโทซิสของตับในเป็ด

    ที่ตีพิมพ์:วิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อมโดยรวม2021

    กลยุทธ์การจัดลำดับ:

    ตัวอย่าง: กลุ่มควบคุมเทียบกับกลุ่มที่สัมผัส ATO 8 มก./กก
    ข้อมูลลำดับที่ได้: ลำดับ CCS ดิบทั้งหมด 102,583 ลำดับ
    การควบคุม: 54,518 ± 747 CCS ที่มีประสิทธิภาพ
    สัมผัส ATO : 45,050 ± 1675 CCS ที่มีประสิทธิภาพ

    ผลลัพธ์ที่สำคัญ

    ความหลากหลายของอัลฟ่า:การได้รับสาร ATO เปลี่ยนแปลงความอุดมสมบูรณ์และความหลากหลายของจุลินทรีย์ในลำไส้ในเป็ดอย่างมีนัยสำคัญ

    การวิเคราะห์เมตาสถิติ:
    ในระดับไฟลัม: ไฟลัมแบคทีเรีย 2 ชนิดตรวจพบเฉพาะในกลุ่มควบคุมเท่านั้น
    ในระดับสกุล พบว่า 6 สกุลมีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์
    ในระดับสายพันธุ์: มีการระบุทั้งหมด 36 ชนิด โดย 6 ชนิดมีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในเรื่องความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์

    อ้างอิง

    ธิงโฮล์ม, LB และคณะ“คนอ้วนที่มีและไม่มีโรคเบาหวานประเภท 2 แสดงความสามารถและองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในลำไส้ต่างกัน”เซลล์โฮสต์และจุลินทรีย์26.2(2019)

    ได้รับใบเสนอราคา

    เขียนข้อความของคุณที่นี่แล้วส่งมาให้เรา

    ส่งข้อความของคุณถึงเรา: