การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS - PacBio
คุณสมบัติของบริการ
● แพลตฟอร์มการจัดลำดับดีเอ็นเอ: PacBio Revio
● โหมดการจัดลำดับ: CCS (การอ่านค่าความละเอียดสูง)
● การขยายสัญญาณในบริเวณเป้าหมาย ตามด้วยการเชื่อมต่อแอมพลิคอนแบบคู่ขนาน ก่อนการเตรียมไลบรารี HiFi SMRT bell
ข้อดีของการบริการ
●ระดับอนุกรมวิธานที่สูงขึ้น: Tการจัดลำดับแอมพลิคอนสั้นของ han,ทำให้มีอัตราการจำแนก OTU ในระดับสายพันธุ์สูงขึ้น
●การเรียกฐานที่มีความแม่นยำสูง: การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบ PacBio CCS (ข้อมูลการอ่าน HiFi)
●ไม่ต้องกักตัว: การระบุองค์ประกอบจุลินทรีย์ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมอย่างรวดเร็ว
●ใช้งานได้หลากหลาย: การศึกษาชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย
●การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุม: แพ็กเกจ QIIME2 รุ่นล่าสุด (quantitative insight into microbial ecology) พร้อมการวิเคราะห์ที่หลากหลายในแง่ของฐานข้อมูล การระบุลักษณะเฉพาะ และ OTU/ASV
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางBMKGENE มีประสบการณ์มากกว่าสิบปีในการดำเนินการโครงการลำดับดีเอ็นเอแอมพลิคอนหลายพันโครงการต่อปี พร้อมด้วยทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และบริการหลังการขายที่เป็นเลิศ
ข้อกำหนดบริการ
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ |
| แอมพลิคอน | ปาคไบโอ เรวิโอ | แท็ก 10/30/50 K (CCS) |
ตัวอย่างข้อกำหนด
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (ไมโครกรัม) | ปริมาตร (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บรักษาในไนโตรเจนเหลวหรือที่อุณหภูมิ -80 องศาเซลเซียสสำหรับการเก็บรักษาในระยะยาว การจัดส่งตัวอย่างต้องใช้ดรายไอซ์
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
●การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
●การจัดกลุ่ม OTU/การลดสัญญาณรบกวน (ASV)
●การระบุ OTU
●การวิเคราะห์ความหลากหลายอัลฟา: ดัชนีหลายตัว ได้แก่ Shannon, Simpson และ ACE
●การวิเคราะห์ความหลากหลายเบต้า
●การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
●การวิเคราะห์ความสัมพันธ์: ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมกับองค์ประกอบและความหลากหลายของ OUT
●การทำนายยีนที่ทำหน้าที่ 16S
ฮิสโตแกรมของการกระจายทางอนุกรมวิธาน
แผนภูมิวิวัฒนาการของการกระจายตัวของชุมชน
การวิเคราะห์ความหลากหลายอัลฟา: ACE
ดัชนี
การวิเคราะห์ความหลากหลายเบต้า: PCoA
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม: ANOVA
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการลำดับดีเอ็นเอแอมพลิคอนของ BMKGene ร่วมกับ PacBio ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Gao, X. และ Wang, H. (2023) 'การวิเคราะห์เปรียบเทียบโปรไฟล์และหน้าที่ของแบคทีเรียในกระเพาะรูเมนระหว่างการปรับตัวให้เข้ากับระยะการเจริญเติบโตที่แตกต่างกัน (หญ้าเขียวขึ้นเทียบกับหญ้า) ในแกะเมริโนอัลไพน์ที่มีสองระยะการเจริญเติบโตบนทุ่งหญ้าอัลไพน์', Fermentation, 9(1), หน้า 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. และคณะ (2023) 'การจับภาพจุลินทรีย์ลึกลับในดินทะเลทรายโดยใช้เมตาจีโนมิกส์ตามคัลตูโรมิกส์และการวิเคราะห์ความละเอียดสูง' npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), หน้า 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8
Mu, L. และคณะ (2022) 'ผลของเกลือกรดไขมันต่อลักษณะการหมัก ความหลากหลายของแบคทีเรีย และความเสถียรในอากาศของไซเลจผสมที่เตรียมจากอัลฟัลฟา ฟางข้าว และรำข้าวสาลี' วารสารวิทยาศาสตร์อาหารและการเกษตร 102(4), หน้า 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482
Yang, J. และคณะ (2023) 'ปฏิสัมพันธ์ระหว่างไบโอมาร์กเกอร์ความเครียดออกซิเดชันและจุลินทรีย์ในลำไส้ในผลต้านอนุมูลอิสระของสารสกัดจาก Sonchus brachyotus DC. ในความเครียดออกซิเดชันในลำไส้ที่เกิดจากออกซาโซโลนในปลาซีบร้าโตเต็มวัย' Antioxidants 2023, Vol. 12, หน้า 192, 12(1), หน้า 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192
