เดอโนโว การประกอบจีโนมของแบคทีเรีย
เราให้บริการประกอบจีโนมแบคทีเรียแบบครบวงจร รับประกันว่าไม่มีช่องว่าง ซึ่งเป็นไปได้ด้วยการบูรณาการเทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านยาว เช่น Nanopore และ PacBio สำหรับการประกอบจีโนม และเทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านสั้นด้วย Illumina สำหรับการตรวจสอบความถูกต้องของการประกอบจีโนมและการแก้ไขข้อผิดพลาดของข้อมูล ONT บริการของเราครอบคลุมกระบวนการทำงานทางชีวสารสนเทศอย่างครบวงจร ตั้งแต่การประกอบจีโนม การระบุหน้าที่ และการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศขั้นสูง เพื่อตอบสนองเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจง บริการนี้ช่วยให้สามารถพัฒนาจีโนมอ้างอิงที่แม่นยำสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรมและจีโนมต่างๆ นอกจากนี้ยังเป็นพื้นฐานสำหรับการใช้งานต่างๆ เช่น การปรับปรุงสายพันธุ์ วิศวกรรมพันธุกรรม และการพัฒนาเทคโนโลยีจุลินทรีย์ ทำให้มั่นใจได้ว่าข้อมูลจีโนมมีความน่าเชื่อถือและปราศจากช่องว่าง ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนาความรู้ทางวิทยาศาสตร์และนวัตกรรมทางเทคโนโลยีชีวภาพ
คุณสมบัติของบริการ
● มีสองตัวเลือกให้เลือก ขึ้นอยู่กับระดับความสมบูรณ์ของจีโนมที่ต้องการ
● ตัวเลือกการสร้างจีโนมฉบับร่าง: การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านสั้นด้วย Illumina NovaSeq PE150
● จีโนมสมบูรณ์ ไม่มีช่องว่าง
● การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านยาวด้วย Nanopore PromethION 48 หรือ PacBio Revio เพื่อประกอบจีโนม
● การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านสั้นด้วย Illumina NovaSeq เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของจีโนมและแก้ไขข้อผิดพลาด (Nanopore) หรือเพื่อสร้างจีโนมฉบับร่าง
ข้อดีของการบริการ
●รับประกันจีโนมที่ไม่มีช่องว่างนี่เป็นผลมาจากการบูรณาการเทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอของ Illumina เข้ากับเทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านยาว (Nanopore หรือ PacBio)
●ขั้นตอนการทำงานด้านชีวสารสนเทศอย่างครบถ้วน:ซึ่งรวมถึงการประกอบจีโนมและการทำนายองค์ประกอบทางจีโนมหลายอย่าง การระบุหน้าที่ของยีน และการแสดงภาพจีโนม เช่น แผนภาพ Circos
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางด้วยประสบการณ์กว่าทศวรรษในการประกอบจีโนมจุลินทรีย์กว่า 20,000 รายการ BMKGENE จึงมีทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และบริการหลังการขายที่ยอดเยี่ยม
●บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
●มีกลยุทธ์การจัดลำดับดีเอ็นเอหลายแบบให้เลือกใช้:เพื่อเป้าหมายการวิจัยที่แตกต่างกันและความต้องการด้านความสมบูรณ์ของจีโนม
ข้อกำหนดบริการ
| บริการ | กลยุทธ์การจัดลำดับ |
| ร่างจีโนม | อิลลูมิน่า PE150 100x |
| จีโนมช่องว่าง 0 | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (อุปกรณ์เสริม) |
ตัวอย่างข้อกำหนด:
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (ไมโครกรัม) | ปริมาตร (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| แพคไบโอ | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| นาโนพอเร | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| อิลลูมิน่า | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
• แบคทีเรีย: ≥3.5x1010 เซลล์
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ
● การประกอบจีโนม
● การวิเคราะห์องค์ประกอบจีโนม: การทำนาย CDS และองค์ประกอบจีโนมหลายชนิด
● การระบุหน้าที่การทำงานของยีนโดยใช้ฐานข้อมูลทั่วไปหลายประเภท (GO, KEGG เป็นต้น) และฐานข้อมูลขั้นสูง (CARD, CAZy เป็นต้น)
● การแสดงภาพจีโนม
เราจัดเตรียมข้อมูลจีโนมในรูปแบบไฟล์ fasta ที่เข้าถึงได้ง่าย และไฟล์คำอธิบายประกอบจีโนม (gff)
การระบุคำอธิบายยีน – GO
การระบุยีน – คาร์โบไฮเดรต CAZY
การแสดงภาพจีโนม – แผนภาพเซอร์โคส
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการประกอบจีโนมแบคทีเรียของ BMKGene ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Dai, W. และคณะ (2023) 'การค้นพบ Bacteroides uniformis F18-22 ในฐานะแบคทีเรียโปรไบโอติกชนิดใหม่และปลอดภัยสำหรับการรักษาโรคแผลในลำไส้ใหญ่จากลำไส้ใหญ่ของมนุษย์ที่มีสุขภาพดี'วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ, 24(19), หน้า 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. และคณะ (2021) 'เชื้อ Proteus mirabilis ที่ดื้อยาหลายชนิดซึ่งมี blaOXA-1 และ blaNDM-1 จากสัตว์ป่าในประเทศจีน: ความเสี่ยงต่อสุขภาพของประชาชนที่เพิ่มขึ้น'สัตววิทยาเชิงบูรณาการ, 16(6), หน้า 798–809. ดอย: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT และคณะ (2017) 'ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของแบคทีเรียเอนโดไฟต์ Bacillus flexus KLBMP 4941 เผยให้เห็นกลไกการส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืชและพื้นฐานทางพันธุกรรมสำหรับความทนทานต่อเกลือ'วารสารเทคโนโลยีชีวภาพ, 260, หน้า 38–41. ดอย: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. และคณะ (2021) 'พลาสมิดต้านทานแบบหลายสำเนาของ Klebsiella เป็นตัวกลางในการแพร่กระจายยีนต้านจุลชีพอย่างกว้างขวาง'ขอบเขตในจุลชีววิทยา, 12, น. 754931. ดอย: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
