การวิเคราะห์แยกกลุ่มแบบเป็นกลุ่ม
ข้อดีของการบริการ
Takagi และคณะ วารสารโรงงาน 2556
● การแปลเป็นภาษาท้องถิ่นที่แม่นยำ: การผสมจำนวนมากกับบุคคล 30+30 ถึง 200+200 คน เพื่อลดเสียงรบกวนในพื้นหลังการทำนายภูมิภาคของผู้สมัครตามการกลายพันธุ์ที่ไม่มีความหมายเหมือนกัน
● การวิเคราะห์ที่ครอบคลุม: คำอธิบายประกอบฟังก์ชันยีนผู้สมัครเชิงลึก รวมถึง NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG ฯลฯ
● ระยะเวลาดำเนินการที่เร็วขึ้น: การแปลยีนอย่างรวดเร็วภายใน 45 วันทำการ
● ประสบการณ์ที่กว้างขวาง: BMK มีส่วนร่วมในการแปลลักษณะเฉพาะนับพันรายการ ครอบคลุมสายพันธุ์ที่หลากหลาย เช่น พืชผล ผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำ ป่าไม้ ดอกไม้ ผลไม้ ฯลฯ
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
ประชากร:
การแยกลูกหลานของพ่อแม่ที่มีฟีโนไทป์ตรงกันข้าม
เช่น ลูกหลาน F2, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line (RIL)
สระผสม
สำหรับลักษณะเชิงคุณภาพ: 30 ถึง 50 ตัว (ขั้นต่ำ 20)/กลุ่ม
สำหรับ Tratis เชิงปริมาณ: บุคคล 5% ถึง 10% อันดับแรกที่มีฟีโนไทป์ที่รุนแรงอย่างใดอย่างหนึ่งในประชากรทั้งหมด (ขั้นต่ำ 30+30)
ความลึกของลำดับที่แนะนำ
อย่างน้อย 20X/ผู้ปกครอง และ 1X/ลูกหลาน (เช่น สำหรับกลุ่มลูกผสม 30+30 คน ความลึกของลำดับจะอยู่ที่ 30X ต่อกลุ่ม)
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
● การจัดลำดับจีโนมทั้งหมด
● การประมวลผลข้อมูล
● การโทร SNP/Indel
● การคัดกรองภูมิภาคของผู้สมัคร
● คำอธิบายประกอบการทำงานของยีนผู้สมัคร
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
นิวคลีโอไทด์:
| ตัวอย่างจีดีเอ็นเอ | ตัวอย่างเนื้อเยื่อ |
| ความเข้มข้น: ≥30ng/μl | พืช: 1-2 ก |
| ปริมาณ: ≥2 μg (ปริมาตร ≥15 μl) | สัตว์: 0.5-1 ก |
| ความบริสุทธิ์: OD260/280= 1.6-2.5 | เลือดครบส่วน: 1.5 มล |
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัดอาร์เอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1. การวิเคราะห์การเชื่อมโยงตามระยะทางแบบยุคลิด (ED) เพื่อระบุภูมิภาคของผู้สมัครในรูปต่อไปนี้
แกน X: หมายเลขโครโมโซม;แต่ละจุดแสดงถึงค่า ED ของ SNPเส้นสีดำสอดคล้องกับค่า ED ที่พอดีค่า ED ที่สูงกว่าบ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ที่มีนัยสำคัญมากขึ้นระหว่างไซต์และฟีโนไทป์เส้นประสีแดงแสดงถึงเกณฑ์การเชื่อมโยงที่มีนัยสำคัญ
2. การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ที่ไม่มีดัชนี SNP
แกน X: หมายเลขโครโมโซม;แต่ละจุดแสดงถึงค่าดัชนี SNPเส้นสีดำหมายถึงค่าดัชนี SNP ที่ติดตั้งไว้ยิ่งค่ามากขึ้น การเชื่อมโยงก็จะยิ่งมีนัยสำคัญมากขึ้น
คดีบีเอ็มเค
ลักษณะเชิงปริมาณที่มีผลกระทบที่สำคัญโลคัส Fnl7.1 เข้ารหัสโปรตีนที่มีความอุดมสมบูรณ์ของตัวอ่อนในช่วงปลายที่เกี่ยวข้องกับความยาวคอผลไม้ในแตงกวา
ที่ตีพิมพ์: วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 2020
กลยุทธ์การจัดลำดับ:
ผู้ปกครอง (Jin5-508, YN): การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดสำหรับ 34 × และ 20 ×
พูล DNA (คอยาว 50 ตัวและคอสั้น 50 ตัว): การจัดลำดับใหม่สำหรับ 61 × และ 52 ×
ผลลัพธ์ที่สำคัญ
ในการศึกษานี้ การแยกประชากร (F2 และ F2:3) ถูกสร้างขึ้นโดยการข้ามเส้นแตงกวาคอยาว Jin5-508 และ YN คอสั้นสระ DNA สองแห่งถูกสร้างขึ้นโดยบุคคลคอยาวมาก 50 คน และบุคคลคอสั้นมาก 50 คนQTL ที่มีผลกระทบหลักถูกระบุบน Chr07 โดยการวิเคราะห์ BSA และการทำแผนที่ QTL แบบดั้งเดิมขอบเขตของผู้สมัครถูกจำกัดให้แคบลงเพิ่มเติมโดยการทำแผนที่อย่างละเอียด ปริมาณการแสดงออกของยีน และการทดลองแปลงพันธุ์ ซึ่งเปิดเผยยีนสำคัญในการควบคุมความยาวคอ CsFnl7.1นอกจากนี้พบว่าความหลากหลายในภูมิภาคโปรโมเตอร์ CsFnl7.1 มีความสัมพันธ์กับการแสดงออกที่สอดคล้องกันการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการเพิ่มเติมชี้ให้เห็นว่า Fnl7.1 locus มีแนวโน้มที่จะมีต้นกำเนิดมาจากอินเดีย
 การทำแผนที่ QTL ในการวิเคราะห์ BSA เพื่อระบุบริเวณผู้สมัครที่เกี่ยวข้องกับความยาวคอแตงกวา |  โปรไฟล์ LOD ของ QTL ที่มีความยาวคอแตงกวา ที่ระบุใน Chr07 |
Xu, X. และคณะ“ลักษณะเชิงปริมาณที่มีผลกระทบหลัก Fnl7.1 เข้ารหัสโปรตีนที่มีการเจริญเติบโตของตัวอ่อนในช่วงปลายที่เกี่ยวข้องกับความยาวคอผลไม้ในแตงกวา”วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช 18.7(2020)
