การจัดลำดับ CircRNA - Illumina
คุณสมบัติ
● การกำจัด rRNA ตามด้วยการเตรียมไลบรารีแบบกำหนดทิศทาง ทำให้ได้ข้อมูลการจัดลำดับแบบจำเพาะสาย
● กระบวนการทำงานทางชีวสารสนเทศช่วยให้สามารถทำนายและวัดปริมาณการแสดงออกของ circRNA ได้
ข้อดีของการบริการ
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางเราได้ดำเนินการวิเคราะห์ตัวอย่างมาแล้วกว่า 20,000 ตัวอย่าง ครอบคลุมตัวอย่างหลากหลายประเภท และเรานำความเชี่ยวชาญมากมายมาใช้ในทุกโครงการ
●การควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวดเราใช้มาตรการควบคุมหลักในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การเตรียมตัวอย่าง การเตรียมไลบรารี การจัดลำดับดีเอ็นเอ และชีวสารสนเทศ การตรวจสอบอย่างพิถีพิถันของเราช่วยให้มั่นใจได้ว่าผลลัพธ์ที่ได้มีคุณภาพสูงอย่างสม่ำเสมอ
●คลังข้อมูล RNA ที่ครอบคลุมมากยิ่งขึ้น:เราใช้วิธีการกำจัด rRNA แทนการกำจัด RNA แบบเส้นตรงในการเตรียมไลบรารีเบื้องต้น เพื่อให้แน่ใจว่าข้อมูลการจัดลำดับไม่เพียงแต่มี circRNA เท่านั้น แต่ยังรวมถึง mRNA และ lncRNA ด้วย ทำให้สามารถวิเคราะห์ชุดข้อมูลเหล่านี้ร่วมกันได้
●การวิเคราะห์เพิ่มเติมของเครือข่าย RNA ภายในเซลล์ที่แข่งขันกัน (ceRNA): ให้ข้อมูลเชิงลึกที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นเกี่ยวกับกลไกการควบคุมระดับเซลล์
● บริการหลังการขายเราเข้าใจดีว่าการอยู่เคียงข้างลูกค้ามีความสำคัญเพียงใด นั่นคือเหตุผลที่ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่เพียงการเสร็จสิ้นโครงการ แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และจัดช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดและวิธีการจัดส่งตัวอย่าง
| ห้องสมุด | แพลตฟอร์ม | ข้อมูลที่แนะนำ | การตรวจสอบคุณภาพข้อมูล |
| ไลบรารีทิศทางที่ขาด rRNA | อิลลูมินา พีอี150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
ตัวอย่างข้อกำหนด:
นิวคลีโอไทด์:
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ไม่พบการปนเปื้อนของโปรตีนหรือดีเอ็นเอในเจล หรือพบเพียงเล็กน้อย | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานจำกัดหรือไม่มีเลย |
● พืช:
ราก ลำต้น หรือกลีบดอก: 450 มก.
ใบหรือเมล็ด: 300 มก.
ผลไม้: 1.2 กรัม
● สัตว์:
หัวใจหรือลำไส้: 450 มก.
อวัยวะภายในหรือสมอง: 240 มก.
กล้ามเนื้อ: 600 มก.
กระดูก เส้นผม หรือผิวหนัง: 1.5 กรัม
● สัตว์ขาปล้อง:
แมลง: 9 กรัม
กุ้งและปู: 450 มก.
● เลือดครบส่วน:2 หลอด
● เซลล์: 106 เซลล์
● เซรั่มและพลาสมา: 6 มล.
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
ภาชนะ: หลอดเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์อลูมิเนียม)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม + ตัวอย่างซ้ำ เช่น A1, A2, A3; B1, B2, B3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างต้องบรรจุในถุงและฝังไว้ในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอดเก็บรักษา RNA: สามารถนำตัวอย่าง RNA ไปอบแห้งในหลอดเก็บรักษา RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งที่อุณหภูมิห้องได้
ขั้นตอนการให้บริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัด RNA
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ชีวสารสนเทศ
- การตรวจสอบคุณภาพข้อมูล
- การจัดเรียงจีโนม
- การระบุ CircRNA
- การแสดงออกของ CircRNA
- การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกัน
การทำนาย circRNA: การกระจายตัวบนโครโมโซม
circRNA ที่มีการแสดงออกแตกต่างกัน – แผนภูมิภูเขาไฟ
circRNA ที่แสดงออกแตกต่างกัน – การจัดกลุ่มแบบลำดับชั้น
การเสริมสร้างการทำงานของยีนโฮสต์ของ circRNA
สำรวจความก้าวหน้าทางการวิจัยที่ได้รับการสนับสนุนจากบริการจัดลำดับ circRNA ของ BMKGene ผ่านชุดบทความตีพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี
Wang, X. และคณะ (2021) 'CPSF4 ควบคุมการก่อตัวของ circRNA และการปิดกั้นยีนโดย microRNA ในมะเร็งตับ'ยีนมะเร็ง2021 40:25, 40(25), หน้า 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. และคณะ (2023) 'ทรานสคริปโตมที่ตอบสนองต่อ Xoo เผยให้เห็นบทบาทของ RNA วงกลม 133 ในการต้านทานโรคโดยการควบคุมการแสดงออกของ OsARAB ในข้าว'การวิจัยโรคพืช, 5(1), หน้า 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. และคณะ (2023) 'CPSF3 ปรับสมดุลของทรานสคริปต์แบบวงกลมและแบบเส้นตรงในมะเร็งตับ' doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1
Zhang, Y. และคณะ (2023) 'การประเมิน circRNA อย่างครอบคลุมในโรคกล้ามเนื้อหัวใจที่เกิดจากตับแข็งก่อนและหลังการปลูกถ่ายตับ'เภสัชวิทยาภูมิคุ้มกันระหว่างประเทศ, 114, น. 109495. ดอย: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
