จีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบ
ข้อดีของการบริการ
●มีความเชี่ยวชาญและผลงานตีพิมพ์มากมายด้วยผลงานที่สะสมมา BMKGene ได้ดำเนินการโครงการด้านจีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบไปแล้วกว่า 90 โครงการ โดยมีค่า Impact Factor สะสมสูงถึง 900
●การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุมชุดโปรแกรมวิเคราะห์นี้ประกอบด้วยการวิเคราะห์ที่ใช้กันทั่วไปมากที่สุด 8 รายการ พร้อมด้วยภาพประกอบที่ออกแบบมาอย่างดีพร้อมสำหรับการเผยแพร่ และช่วยให้ตีความผลลัพธ์ได้ง่าย
●ทีมชีวสารสนเทศที่มีทักษะสูงและวงจรการวิเคราะห์ที่สั้นด้วยประสบการณ์อันยาวนานในการวิเคราะห์จีโนมเปรียบเทียบ ทีมงานของ BMKGene สามารถตอบสนองความต้องการการวิเคราะห์เฉพาะบุคคลที่หลากหลายได้อย่างรวดเร็ว
●บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดบริการ
| ระยะเวลาดำเนินการโดยประมาณ | จำนวนชนิดพันธุ์ | การวิเคราะห์ |
| 30 วันทำการ | 6 - 12 | การจัดกลุ่มตระกูลยีน การขยายและการหดตัวของกลุ่มยีน การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ การประมาณเวลาการแยกสายวิวัฒนาการ (ต้องใช้การปรับเทียบจากฟอสซิล) ระยะเวลาการแทรก LTR (สำหรับพืช) การเพิ่มจำนวนจีโนมทั้งหมด (สำหรับพืช) แรงกดดันแบบเลือกสรร การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม |
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
● ตระกูลยีน
● วิวัฒนาการทางสายพันธุ์
● เวลาเบี่ยงเบน
● แรงดันแบบเลือกสรร
● การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม
ข้อกำหนดและวิธีการจัดส่งตัวอย่าง
ตัวอย่างข้อกำหนด:
เนื้อเยื่อหรือดีเอ็นเอสำหรับการจัดลำดับและประกอบจีโนม
สำหรับเนื้อเยื่อ
| สายพันธุ์ | เนื้อเยื่อ | สำรวจ | แพคไบโอ ซีซีเอส |
| สัตว์ | เนื้อเยื่ออวัยวะภายใน | 0.5 ~ 1 กรัม | ≥ 3.5 กรัม |
| เนื้อเยื่อกล้ามเนื้อ | |||
| ≥ 5.0 กรัม | |||
| ≥ 5.0 มล. | |||
| เลือดของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม | |||
| ≥ 0.5 มล. | |||
| เลือดสัตว์ปีก/ปลา | |||
| ปลูก | ใบไม้สด | 1 ~ 2 กรัม | ≥ 5.0 กรัม |
| กลีบดอก/ก้านดอก | 1 ~ 2 กรัม | ≥ 10.0 กรัม | |
| ราก/เมล็ด | 1 ~ 2 กรัม | ≥ 20.0 กรัม | |
| เซลล์ | เซลล์เพาะเลี้ยง | - | ≥ 1 x 108 |
ข้อมูล
ไฟล์ลำดับจีโนม (.fasta) และไฟล์คำอธิบายประกอบ (.gff3) ของสายพันธุ์ที่ใกล้เคียงกัน
ขั้นตอนการให้บริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
*ผลลัพธ์ตัวอย่างที่แสดงในที่นี้มาจากจีโนมที่เผยแพร่โดย Biomarker Technologies ทั้งหมด
1. การประมาณเวลาการแทรก LTR: ภาพแสดงให้เห็นการกระจายแบบสองยอดที่ไม่เหมือนใครในเวลาการแทรก LTR-RT ในจีโนมข้าวไรย์เหวนหนิง เมื่อเปรียบเทียบกับสายพันธุ์อื่นๆ ยอดล่าสุดปรากฏขึ้นเมื่อประมาณ 0.5 ล้านปีก่อน
หลี่ กวง และคณะพันธุกรรมธรรมชาติ2021
2. การวิเคราะห์วิวัฒนาการและตระกูลยีนของมะระ (Sechium edule): จากการวิเคราะห์มะระและพืชอีก 13 ชนิดที่เกี่ยวข้องในตระกูลยีน พบว่ามะระมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดที่สุดกับบวบงู (Trichosanthes anguina) มะระวิวัฒนาการมาจากบวบงูเมื่อประมาณ 27-45 ล้านปีก่อน และพบการเพิ่มจำนวนจีโนมทั้งหมด (WGD) ในมะระเมื่อ 25±4 ล้านปีก่อน ซึ่งเป็นการเพิ่มจำนวนจีโนมทั้งหมดครั้งที่สามในวงศ์แตงกวา
ฟู เอ และคณะการวิจัยด้านพืชสวน2021
3. การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม: พบยีนบางส่วนที่เกี่ยวข้องกับฮอร์โมนพืชในการพัฒนาผลในมะระ บวบ และฟักทอง ความสัมพันธ์ระหว่างมะระและฟักทองสูงกว่าความสัมพันธ์ระหว่างมะระและบวบเล็กน้อย
ฟู เอ และคณะการวิจัยด้านพืชสวน2021
4. การวิเคราะห์ตระกูลยีน: การวิเคราะห์ KEGG enrichment เกี่ยวกับการขยายตัวและการหดตัวของตระกูลยีนในจีโนมของ G.thurberi และ G.davidsonii แสดงให้เห็นว่ายีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์สเตียรอยด์และการสังเคราะห์บราสซิโนสเตียรอยด์มีการขยายตัว
หยาง ซี และคณะบีเอ็มซี ชีววิทยา2021
5. การวิเคราะห์การเพิ่มจำนวนจีโนมทั้งหมด: การวิเคราะห์การกระจายตัวของ 4DTV และ Ks แสดงให้เห็นถึงเหตุการณ์การเพิ่มจำนวนจีโนมทั้งหมด จุดสูงสุดของการเพิ่มจำนวนภายในสายพันธุ์เดียวกันแสดงให้เห็นถึงเหตุการณ์การเพิ่มจำนวน จุดสูงสุดของการเพิ่มจำนวนระหว่างสายพันธุ์แสดงให้เห็นถึงเหตุการณ์การเกิดสายพันธุ์ใหม่ การวิเคราะห์ชี้ให้เห็นว่าเมื่อเปรียบเทียบกับสายพันธุ์ที่ใกล้เคียงกันอีกสามสายพันธุ์ O. europaea มีการเพิ่มจำนวนยีนในระดับใหญ่เมื่อไม่นานมานี้
ราโอ จี และคณะการวิจัยด้านพืชสวน2021
คดี BMK
กุหลาบไร้หนาม: ข้อมูลเชิงลึกทางพันธุกรรมที่เชื่อมโยงกับการปรับตัวให้เข้ากับความชื้น
ที่ตีพิมพ์: บทวิจารณ์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ2021
กลยุทธ์การจัดลำดับ:
'ของเบซี่'ไม่มีหนาม' (ร.วิชูไรนันจีโนม:
ประมาณ 93 X PacBio + ประมาณ 90 X Nanopore + 267 X Illumina
ผลลัพธ์สำคัญ
1. จีโนม R.wichuraiana คุณภาพสูงถูกสร้างขึ้นโดยใช้เทคนิคการจัดลำดับแบบอ่านยาว ซึ่งได้ผลลัพธ์เป็นจีโนมขนาด 530.07 เมกะเบส (ขนาดจีโนมโดยประมาณอยู่ที่ 525.9 เมกะเบสโดยวิธีโฟลว์ไซโตเมทรี และ 525.5 เมกะเบสโดยการสำรวจจีโนม ความเป็นเฮเทอโรไซโกตอยู่ที่ประมาณ 1.03%) คะแนน BUSCO ที่ประเมินได้คือ 93.9% เมื่อเปรียบเทียบกับ “Old blush” (haploOB) คุณภาพและความสมบูรณ์ของจีโนมนี้ได้รับการยืนยันโดยความแม่นยำของเบสเดี่ยวและดัชนีการประกอบ LTR (LAI=20.03) จีโนม R.wichuraiana ประกอบด้วยยีนที่เข้ารหัสโปรตีน 32,674 ยีน
2. การวิเคราะห์ร่วมแบบมัลติโอมิกส์ ซึ่งประกอบด้วยจีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบ ทรานสคริปโตมิกส์ และการวิเคราะห์ QTL ของประชากรทางพันธุกรรม เผยให้เห็นถึงการแยกสายพันธุ์ที่สำคัญระหว่าง R. wichuraiana และ Rosa chinensis นอกจากนี้ ความแปรผันของการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องใน QTL มีแนวโน้มที่จะเกี่ยวข้องกับรูปแบบหนามบนลำต้น
การวิเคราะห์จีโนมเปรียบเทียบระหว่างกุหลาบไร้หนาม Basye และ Rosa chinensis รวมถึงการวิเคราะห์ซินเทนี การจัดกลุ่มตระกูลยีน การขยายตัวและการหดตัว เผยให้เห็นความแปรผันจำนวนมาก ซึ่งเกี่ยวข้องกับลักษณะสำคัญในกุหลาบ การขยายตัวที่เฉพาะเจาะจงในตระกูลยีน NAC และ FAR1/FRS มีแนวโน้มสูงที่จะเกี่ยวข้องกับความต้านทานต่อโรคจุดดำ
การวิเคราะห์จีโนมเปรียบเทียบระหว่างจีโนม BT และ haploOB
จง, ม. และคณะ “กุหลาบไร้หนาม: ข้อมูลเชิงลึกทางพันธุกรรมที่เชื่อมโยงกับการปรับตัวต่อความชื้น”บทวิจารณ์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ, 2021;, nwab092.
