การจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว - PacBio
คุณสมบัติ
● การสังเคราะห์ cDNA จาก mRNA ที่มีสาย poly-A ตามด้วยการเตรียมไลบรารี
● การจัดลำดับดีเอ็นเอในโหมด CCS เพื่อสร้างข้อมูลการอ่านที่มีความละเอียดสูง (HiFi reads)
● การจัดลำดับนิวคลีโอไทด์ของทรานสคริปต์แบบเต็มความยาว
● การวิเคราะห์ไม่จำเป็นต้องใช้จีโนมอ้างอิง อย่างไรก็ตาม อาจใช้จีโนมอ้างอิงได้
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศช่วยให้สามารถวิเคราะห์ทรานสคริปต์ ไอโซฟอร์ม lncRNA การรวมตัวของยีน การเติมหมู่โพลีอะดีนีน และโครงสร้างของยีนได้
ข้อดีของการบริการ
●ความแม่นยำสูง: HiFi อ่านข้อมูลด้วยความแม่นยำ >99.9% (Q30) เทียบเท่ากับ NGS
● การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือกการจัดลำดับของทรานสคริปต์ทั้งหมดทำให้สามารถระบุและจำแนกลักษณะของไอโซฟอร์มได้
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางด้วยประสบการณ์ที่สั่งสมมาในการดำเนินโครงการวิเคราะห์จีโนมแบบเต็มรูปแบบด้วยเทคโนโลยี PacBio มากกว่า 1,100 โครงการ และประมวลผลตัวอย่างมากกว่า 2,300 ตัวอย่าง ทีมงานของเราจึงนำประสบการณ์อันล้ำค่ามาสู่ทุกโครงการ
●บริการหลังการขายความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่เพียงการเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และจัดช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดและวิธีการจัดส่งตัวอย่าง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ไลบรารี CCS mRNA ที่อุดมด้วย PolyA | PacBio Sequel II ปาคไบโอ เรวิโอ | 20/40 GB 5/10 ม. ซีซีเอส | Q30≥85% |
ตัวอย่างข้อกำหนด:
นิวคลีโอไทด์:
● พืช:
ราก ลำต้น หรือกลีบดอก: 450 มก.
ใบหรือเมล็ด: 300 มก.
ผลไม้: 1.2 กรัม
● สัตว์:
หัวใจหรือลำไส้: 300 มก.
อวัยวะภายในหรือสมอง: 240 มก.
กล้ามเนื้อ: 450 มก.
กระดูก เส้นผม หรือผิวหนัง: 1 กรัม
● สัตว์ขาปล้อง:
แมลง: 6 กรัม
กุ้งและปู: 300 มก.
● เลือดครบส่วน: 1 หลอด
● เซลล์: 106 เซลล์
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ไม่พบการปนเปื้อนของโปรตีนหรือดีเอ็นเอในเจล หรือพบเพียงเล็กน้อย | สำหรับพืช: RIN≥7.5; สำหรับสัตว์: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานจำกัดหรือไม่มีเลย |
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
คอนเทนเนอร์: หลอดเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์อลูมิเนียม)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม + ตัวอย่างซ้ำ เช่น A1, A2, A3; B1, B2, B3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างต้องบรรจุในถุงและฝังไว้ในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอดเก็บรักษา RNA: สามารถนำตัวอย่าง RNA ไปอบแห้งในหลอดเก็บรักษา RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งที่อุณหภูมิห้องได้
ขั้นตอนการให้บริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัด RNA
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชันทางเลือก (APA)
● การวิเคราะห์ทรานสคริปต์ฟิวชั่น
● การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือก
● การวิเคราะห์มาตรฐาน Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
● การวิเคราะห์ทรานสคริปต์แบบใหม่: การทำนายลำดับการเข้ารหัส (CDS) และการระบุหน้าที่การทำงาน
● การวิเคราะห์ lncRNA: การทำนาย lncRNA และเป้าหมาย
● การระบุตัวตนด้วยไมโครดาวเทียม (SSR)
การวิเคราะห์ BUSCO
การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือก
การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชันทางเลือก (APA)
การระบุหน้าที่การทำงานของยีนในทรานสคริปต์ใหม่
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการการจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาวด้วยเทคโนโลยี Nanopore ของ BMKGene ในบทความพิเศษนี้
Ma, Y. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์เปรียบเทียบวิธีการจัดลำดับ RNA ของ PacBio และ ONT สำหรับการระบุพิษงู Nemopilema Nomurai' Genomics, 115(6), หน้า 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709
Chao, Q. และคณะ (2019) 'พลวัตการพัฒนาของทรานสคริปโตมลำต้นของ Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), หน้า 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958
Deng, H. และคณะ (2022) 'การเปลี่ยนแปลงแบบไดนามิกของปริมาณกรดแอสคอร์บิกในระหว่างการพัฒนาและการสุกของผลไม้ Actinidia latifolia (พืชผลไม้ที่มีแอสคอร์เบตสูง) และกลไกโมเลกุลที่เกี่ยวข้อง' วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ 23(10), หน้า 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1
Hua, X. และคณะ (2022) 'การทำนายที่มีประสิทธิภาพของยีนเส้นทางชีวสังเคราะห์ที่เกี่ยวข้องกับโพลีฟิลลินที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพใน Paris polyphylla' Communications Biology 2022 5:1, 5(1), หน้า 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z
Liu, M. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์ทรานสคริปโตมและยีนไซโตโครม P450 ของ Tuta absoluta (Meyrick) โดยใช้ PacBio Iso-Seq และ Illumina RNA-Seq ร่วมกัน' Insects, 14(4), หน้า 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1
Wang, Lijun และคณะ (2019) 'การสำรวจความซับซ้อนของทรานสคริปโตมโดยใช้การวิเคราะห์แบบเรียลไทม์ระดับโมเลกุลเดี่ยว PacBio ร่วมกับการจัดลำดับ RNA ของ Illumina เพื่อความเข้าใจที่ดีขึ้นเกี่ยวกับการสังเคราะห์กรดริซิโนเลอิกใน Ricinus communis' BMC Genomics, 20(1), หน้า 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9
