สินค้า

การหาลำดับ DNA/RNA - PacBio Sequencer

การจัดลำดับ DNA/RNA -PacBio Sequencer รูปภาพเด่น

แพลตฟอร์มการจัดลำดับ PacBio เป็นแพลตฟอร์มการจัดลำดับแบบอ่านมานาน ซึ่งเป็นที่รู้จักว่าเป็นหนึ่งในเทคโนโลยี Third-Generation Sequencing (TGS)เทคโนโลยีหลักแบบเรียลไทม์โมเลกุลเดี่ยว (SMRT) ช่วยให้การสร้างการอ่านที่มีความยาวหลายสิบกิโลเบสบนพื้นฐานของ "การจัดลำดับโดยการสังเคราะห์" ความละเอียดของนิวคลีโอไทด์เดี่ยวทำได้โดยท่อนำคลื่นแบบโหมดศูนย์ (ZMW) ซึ่งมีการส่องสว่างเพียงปริมาตรที่จำกัดที่ด้านล่าง (บริเวณของการสังเคราะห์โมเลกุล)นอกจากนี้ การจัดลำดับ SMRT ส่วนใหญ่จะหลีกเลี่ยงอคติเฉพาะลำดับในระบบ NGS โดยที่ขั้นตอนการขยาย PCR ส่วนใหญ่ไม่จำเป็นในกระบวนการสร้างห้องสมุด

แพลตฟอร์ม: ภาคต่อ II, Revio

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ผลการสาธิต

คุณสมบัติ

โหมดการจัดลำดับสองโหมดบนซีเควนเซอร์ PacBio: การอ่านแบบต่อเนื่องแบบยาว (CLR) และการอ่านแบบสอดคล้องแบบวงกลม (CCS)

โหมดลำดับ

ขนาดห้องสมุด

ข้อมูลทางทฤษฎีอัตราผลตอบแทน (ต่อเซลล์)

ฐานเดี่ยวความแม่นยำ

การใช้งาน

ซีแอลอาร์

20Kb, 30Kb เป็นต้น

80GB ถึง 130GB

ประมาณ85%

เดโนโว, การโทร SV ฯลฯ

ซีซีเอส

15-20 กิโลไบต์

14 ถึง 40 Gb/เซลล์ (ภาคต่อ II)

70 ถึง 110 Gb/เซลล์ (Revio)

ขึ้นอยู่กับตัวอย่าง

ประมาณ99%

เดโนโว, การโทร SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

เปรียบเทียบประสิทธิภาพและฟีเจอร์ของ Revio และ Sequel II

เงื่อนไข	ระบบภาคต่อ II	ระบบรีวิโอ	เพิ่มขึ้น
ความหนาแน่นสูงขึ้น	8 ล้าน ZMW	25 ล้าน ZMW	3x
ขั้นตอนที่เป็นอิสระ	1	4	4x
ระยะเวลาดำเนินการสั้นลง	30 ชม	24 ชั่วโมง	1.25x
จีโนมมนุษย์ไฮไฟ 30 เท่า/ปี	88	1,300	15x โดยรวม

ข้อดีของการบริการ

● ประสบการณ์กว่า 8 ปีบนแพลตฟอร์มการจัดลำดับ PacBio กับโครงการที่ปิดไปแล้วหลายพันโครงการในหลากหลายสายพันธุ์

● มีการติดตั้งแพลตฟอร์ม PacBio Sequencing ล่าสุดอย่างครบครัน Revio เพื่อรับประกันปริมาณงานในการเรียงลำดับที่เพียงพอ

● เวลาดำเนินการเร็วขึ้น ปริมาณข้อมูลที่สูงขึ้น และข้อมูลที่แม่นยำยิ่งขึ้น

● มีส่วนร่วมในสิ่งพิมพ์ PacBio ที่มีผลกระทบสูงหลายร้อยรายการ

ข้อกำหนดตัวอย่าง

ประเภทตัวอย่าง

จำนวน

ความเข้มข้น (Qubit®)

ปริมาณ

ความบริสุทธิ์

คนอื่น

จีโนมดีเอ็นเอ

ขึ้นอยู่กับความต้องการข้อมูล

≥50 นาโนกรัม/ไมโครลิตร

≥15ไมโครลิตร

โอดี260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
ชัดเจนสูงสุดที่ 260 นาโนเมตร，ไม่มีการปนเปื้อน

ความเข้มข้นต้องวัดโดย Qubit และ Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

อาร์เอ็นเอทั้งหมด

≥1.2ไมโครกรัม

≥120 นาโนกรัม/ไมโครลิตร

≥15ไมโครลิตร

โอดี260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;ไม่มีการปนเปื้อน

ค่าริน ≥7.5

5≥28S/18S≥1

ขั้นตอนการบริการ

การจัดเตรียมตัวอย่าง

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

การส่งมอบโครงการ

ก่อนหน้า: บริการลำดับ Mrna ผู้ผลิต OEM - ลำดับแบบไม่เข้ารหัสแบบยาว - อิลลูมินา - ไบโอมาร์คเกอร์

ต่อไป: อิลลูมินาและบีจีไอ

1. ผลผลิตข้อมูลภายในองค์กร

ข้อมูลที่สร้างจากเซลล์ CCS 63 เซลล์ (จาก 26 สปีชีส์)

ข้อมูล-PacBio-CCS-15 กิโลไบต์	เฉลี่ย	สูงสุด	นาที	ค่ามัธยฐาน
อัตราผลตอบแทน - อ่านย่อย (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
ยิลเลด - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
โพลีเมอเรส N50	145,651	175,430	118,118	144,689
อ่านย่อย N50	17,509	23,924	12,485	17,584
ซีซีเอส N50	14,490	19,034	9,876	14,747
ความยาวเฉลี่ย-พอลิเมอเรส	67,995	89,379	49,664	66,433
ความยาวเฉลี่ย-การอ่านย่อย	15,866	21,036	11,657	16,012
ความยาวเฉลี่ย-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

ข้อมูลที่สร้างจากเซลล์ CLR 16 เซลล์ (จาก 76 สปีชีส์)

ข้อมูล-PacBio-CLR-30Kb	เฉลี่ย	สูงสุด	นาที	ค่ามัธยฐาน
อัตราผลตอบแทน - อ่านย่อย (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
โพลีเมอเรส N50	39,456	121,191	15,389	35,231
อ่านย่อย N50	28,490	41,012	14,430	29,063
ความยาวเฉลี่ย-พอลิเมอเรส	22,063	48,886	8,747	21,555
ความยาวเฉลี่ย-การอ่านย่อย	17,720	27,225	8,293	17,779

2.การควบคุมคุณภาพข้อมูล – การสาธิตสถิติผลผลิตข้อมูล

ตัวอย่าง	ccs อ่านหมายเลข	ฐานซีซีเอสทั้งหมด (bp)	ซีซีเอสอ่าน N50 (bp)	ซีซีเอส ความยาวเฉลี่ย (bp)	ccs อ่านยาวที่สุด (bp)	ฐานอ่านย่อย (bp)	อัตราซีซีเอส (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27