●แพลตฟอร์ม:Illumina NovaSeq 6000 และ NovaSeq X Plus
●โหมดการจัดลำดับ:PE150 และ PE250
●การตรวจสอบคุณภาพของไลบรารีก่อนการจัดลำดับดีเอ็นเอ
●การตรวจสอบคุณภาพและการส่งมอบข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ:ส่งมอบรายงาน QC และข้อมูลดิบในรูปแบบ fastq หลังจากการแยกข้อมูลและการกรองข้อมูล Q30 แล้ว
●ความหลากหลายของบริการการจัดลำดับดีเอ็นเอ:ลูกค้าสามารถเลือกจัดลำดับตามเลน เซลล์การไหล หรือตามปริมาณข้อมูลที่ต้องการ (การจัดลำดับเลนบางส่วน) ได้
●มีประสบการณ์มากมายในการใช้แพลตฟอร์มการจัดลำดับดีเอ็นเอของ Illumina:โดยมีโครงการที่ปิดไปแล้วหลายพันโครงการซึ่งเกี่ยวข้องกับสัตว์หลากหลายชนิด
●การส่งมอบรายงาน QC การจัดลำดับดีเอ็นเอ:โดยพิจารณาจากตัวชี้วัดคุณภาพ ความถูกต้องของข้อมูล และประสิทธิภาพโดยรวมของโครงการลำดับดีเอ็นเอ
●กระบวนการจัดลำดับดีเอ็นเอที่สมบูรณ์:ด้วยระยะเวลาดำเนินการที่สั้น
●การควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวดเราใช้มาตรการควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวดเพื่อรับประกันว่าผลลัพธ์ที่ได้จะมีคุณภาพสูงอย่างสม่ำเสมอ
| แพลตฟอร์ม | เซลล์ไหล | โหมดการจัดลำดับ | หน่วย | ผลผลิตที่คาดการณ์ไว้ |
| โนวาสคิว เอ็กซ์ | 10B (8 เลน) | พีอี150 | เลนเดียว เลนบางส่วน | 375GB / เลน |
| 25B (8 เลน) | พีอี150 | เลนเดียว เลนบางส่วน | 1000 Gb/เลน | |
| โนวาเซค 6000 | เซลล์ไหล SP (2 เลน) | พีอี250 | เซลล์ไหล เลนเดียว เลนบางส่วน | จำนวนการอ่าน 325-400 ล้านครั้งต่อเลน |
| S4 เซลล์ไหล (4 เลน) | พีอี150 | เซลล์ไหล เลนเดียว เลนบางส่วน | ~800 GB ต่อเลน |
| ปริมาณข้อมูล (X) | ความเข้มข้น (qPCR/nM) | ปริมาณ | |
| การจัดลำดับเลนบางส่วน
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 นาโนโมลาร์ | ≥ 25 ไมโครลิตร |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 นาโนโมลาร์ | ≥ 25 ไมโครลิตร | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 นาโนโมลาร์ | ≥ 25 ไมโครลิตร | |
| X > 100 GB | ≥ 4 นาโนโมลาร์ | ≥ 25 ไมโครลิตร | |
| การจัดลำดับเลน | ต่อเลน | ≥ 1.5 nM / กลุ่มตัวอย่างในคลัง | ≥ 25 ไมโครลิตร / กลุ่มตัวอย่างในคลังข้อมูล |
นอกเหนือจากความเข้มข้นและปริมาณรวมแล้ว ยังจำเป็นต้องมีรูปแบบพีคที่เหมาะสมด้วย
หมายเหตุ: การจัดลำดับเลนของไลบรารีที่มีความหลากหลายต่ำจำเป็นต้องใช้ PhiX spike-in เพื่อให้มั่นใจได้ว่าการระบุเบสมีความแม่นยำ
เราแนะนำให้ส่งไลบรารีที่รวมกลุ่มไว้ล่วงหน้าเป็นตัวอย่าง หากคุณต้องการให้ BMKGENE ทำการรวมกลุ่มไลบรารี โปรดดูที่...
ข้อกำหนดของห้องสมุดสำหรับการจัดลำดับเลนบางส่วน
จุดสูงสุดหลักควรอยู่ระหว่าง 300-450 bp
ไลบรารีควรมีพีคหลักเพียงพีคเดียว ไม่มีการปนเปื้อนของอะแดปเตอร์ และไม่มีไพรเมอร์ไดเมอร์
ก่อนทำการจัดลำดับดีเอ็นเอ จะมีการจัดทำรายงานเกี่ยวกับคุณภาพของไลบรารี โดยประเมินปริมาณไลบรารีและการแตกตัวของดีเอ็นเอ
ตารางที่ 1. สถิติข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ
| รหัสตัวอย่าง | บีเอ็มคิด | อ่านแบบดิบๆ | ข้อมูลดิบ (bp) | อ่านได้สะอาด (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| ซี_01 | บีเอ็มเค_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| ซี_02 | บีเอ็มเค_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
รูปที่ 1 การกระจายคุณภาพตามแนวการอ่านในแต่ละตัวอย่าง
รูปที่ 2 การกระจายเนื้อหาพื้นฐาน
รูปที่ 3 การกระจายตัวของเนื้อหาที่อ่านได้ในข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ