การจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว - นาโนพอเร
คุณสมบัติ
● การจับ mRNA ที่มีสาย poly-A ตามด้วยการสังเคราะห์ cDNA และการเตรียมไลบรารี
● การจัดลำดับของทรานสคริปต์แบบเต็มความยาว
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศโดยอิงจากการจัดเรียงลำดับให้ตรงกับจีโนมอ้างอิง
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศไม่เพียงแต่รวมถึงการแสดงออกในระดับยีนและไอโซฟอร์มเท่านั้น แต่ยังรวมถึงการวิเคราะห์ lncRNA, การรวมตัวของยีน, การเติมหมู่โพลีอะดีนีน และโครงสร้างของยีนด้วย
ข้อดีของการบริการ
●การหาปริมาณการแสดงออกในระดับไอโซฟอร์ม: ช่วยให้สามารถวิเคราะห์การแสดงออกของยีนได้อย่างละเอียดและแม่นยำ เผยให้เห็นการเปลี่ยนแปลงที่อาจถูกบดบังเมื่อวิเคราะห์การแสดงออกของยีนโดยรวม
●ลดปริมาณการใช้ข้อมูล:เมื่อเปรียบเทียบกับการจัดลำดับดีเอ็นเอรุ่นใหม่ (Next-Generation Sequencing หรือ NGS) การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเทคโนโลยีนาโนพอเร (Nanopore sequencing) ต้องการข้อมูลน้อยกว่า ทำให้สามารถวัดปริมาณการแสดงออกของยีนได้อย่างแม่นยำในระดับเดียวกันโดยใช้ข้อมูลน้อยกว่า
●การวัดปริมาณการแสดงออกที่แม่นยำยิ่งขึ้น: ทั้งในระดับยีนและระดับไอโซฟอร์ม
●การระบุข้อมูลทรานสคริปโตมิกเพิ่มเติม: การเติมหมู่โพลีอะดีนีนแบบทางเลือก ยีนลูกผสม และ lcnRNA รวมถึงยีนเป้าหมายของพวกมัน
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางทีมงานของเรานำประสบการณ์มากมายมาสู่ทุกโครงการ โดยได้ดำเนินการโครงการวิเคราะห์จีโนมแบบเต็มรูปแบบด้วยเทคโนโลยี Nanopore มาแล้วกว่า 850 โครงการ และประมวลผลตัวอย่างไปแล้วกว่า 8,000 ตัวอย่าง
●บริการหลังการขายความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่เพียงการเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามผลโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และจัดช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดและวิธีการจัดส่งตัวอย่าง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| อุดมด้วยโพลีเอ | นาโนพอเร โพรเมทไอออน 48 | 6/12 GB | คะแนนคุณภาพเฉลี่ย: Q10 |
ตัวอย่างข้อกำหนด:
นิวคลีโอไทด์:
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ไม่พบการปนเปื้อนของโปรตีนหรือดีเอ็นเอในเจล หรือพบเพียงเล็กน้อย | สำหรับพืช: RIN≥7.0; สำหรับสัตว์: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานจำกัดหรือไม่มีเลย |
● พืช:
ราก ลำต้น หรือกลีบดอก: 450 มก.
ใบหรือเมล็ด: 300 มก.
ผลไม้: 1.2 กรัม
● สัตว์:
หัวใจหรือลำไส้: 300 มก.
อวัยวะภายในหรือสมอง: 240 มก.
กล้ามเนื้อ: 450 มก.
กระดูก เส้นผม หรือผิวหนัง: 1 กรัม
● สัตว์ขาปล้อง:
แมลง: 6 กรัม
กุ้งและปู: 300 มก.
● เลือดครบส่วน: 1 หลอด
● เซลล์: 106 เซลล์
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
ภาชนะ: หลอดเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์อลูมิเนียม)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม + ตัวอย่างซ้ำ เช่น A1, A2, A3; B1, B2, B3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างต้องบรรจุในถุงและฝังไว้ในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอดเก็บรักษา RNA: สามารถนำตัวอย่าง RNA ไปอบแห้งในหลอดเก็บรักษา RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งที่อุณหภูมิห้องได้
ขั้นตอนการให้บริการ
นิวคลีโอไทด์:
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ขั้นตอนการให้บริการ
เนื้อเยื่อ:
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัด RNA
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
● การประมวลผลข้อมูลดิบ
● การระบุเอกสารการถอดเสียง
● การตัดต่อทางเลือก
● การหาปริมาณการแสดงออกในระดับยีนและระดับไอโซฟอร์ม
● การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน
● การระบุหน้าที่และการวิเคราะห์เสริม (ยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน และ ET ที่แสดงออกแตกต่างกัน)
การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือก
การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชันทางเลือก (APA)
การทำนาย lncRNA
การระบุยีนใหม่
การจัดกลุ่มของ DETs
เครือข่ายโปรตีน-โปรตีนในยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs)
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาวด้วยเทคโนโลยี Nanopore ของ BMKGene ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Gong, B. และคณะ (2023) 'การกระตุ้นทางเอพิเจเนติกและการถอดรหัสของไคเนสที่หลั่ง FAM20C ในฐานะยีนก่อมะเร็งในเนื้องอกสมอง' วารสารพันธุศาสตร์และจีโนมิกส์ 50(6), หน้า 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008
He, Z. และคณะ (2023) 'การจัดลำดับจีโนมแบบเต็มความยาวของลิมโฟไซต์ที่ตอบสนองต่อ IFN-γ เผยให้เห็นการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่เอนเอียงไปทาง Th1 ในปลาลิ้นหมา (Paralichthys olivaceus)' Fish & Shellfish Immunology, 134, หน้า 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636
Ma, Y. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์เปรียบเทียบวิธีการจัดลำดับ RNA ของ PacBio และ ONT สำหรับการระบุพิษงู Nemopilema Nomurai' Genomics, 115(6), หน้า 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709
Yu, D. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์ Nano-seq เผยให้เห็นแนวโน้มการทำงานที่แตกต่างกันระหว่างเอ็กโซโซมและไมโครเวสิเคิลที่ได้จาก hUMSC' Stem Cell Research and Therapy, 14(1), หน้า 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6
