การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม
ขั้นตอนการทำงาน
ข้อดีของการบริการ
●มีความเชี่ยวชาญและผลงานตีพิมพ์มากมายด้วยประสบการณ์ที่สั่งสมมาในด้าน GWAS (Genetic Web Analysis) BMKGene ได้ดำเนินการโครงการวิจัย GWAS ระดับประชากรในหลายร้อยสายพันธุ์ ช่วยเหลือนักวิจัยในการตีพิมพ์บทความมากกว่า 100 บทความ และมีค่า Impact Factor รวมสูงถึง 500
● การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุมขั้นตอนการทำงานประกอบด้วยการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่าง SNP กับลักษณะทางพันธุกรรม โดยให้ผลลัพธ์เป็นชุดยีนเป้าหมายและคำอธิบายหน้าที่การทำงานที่เกี่ยวข้อง
●ทีมชีวสารสนเทศที่มีทักษะสูงและวงจรการวิเคราะห์ที่สั้นด้วยประสบการณ์อันยาวนานในการวิเคราะห์จีโนมขั้นสูง ทีมงานของ BMKGene จึงสามารถนำเสนอการวิเคราะห์ที่ครอบคลุมและรวดเร็ว
●บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดและเงื่อนไขการให้บริการ
| ประเภทของการจัดลำดับ | ขนาดประชากรที่แนะนำ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ความต้องการนิวคลีโอไทด์ |
| การจัดลำดับจีโนมทั้งหมด | ตัวอย่าง 200 ชิ้น | 10x | ความเข้มข้น: ≥ 1 นาโนกรัม/ไมโครลิตร ปริมาณรวม ≥ 30 นาโนกรัม การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนมีน้อยหรือไม่มีเลย |
| ชิ้นส่วนที่ขยายด้วยตำแหน่งเฉพาะ (SLAF) | ความลึกของแท็ก: 10x จำนวนแท็ก: < 400 Mb: แนะนำให้ใช้ WGS < 1GB: 100,000 แท็ก 1GB > 2GB: 300,000 แท็ก แท็กสูงสุด 500,000 แท็ก | ความเข้มข้น ≥ 5 นาโนกรัม/ไมโครลิตร ปริมาณรวม ≥ 80 นาโนกรัม Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5 เจลอะกาโรส: ไม่มีการเสื่อมสภาพหรือปนเปื้อน หรือมีการเสื่อมสภาพหรือปนเปื้อนน้อยมาก
|
การเลือกวัสดุ
พันธุ์ต่าง ๆ สายพันธุ์ย่อย พันธุ์พื้นเมือง/ธนาคารยีน/วงศ์ผสม/ทรัพยากรป่า
พันธุ์ต่าง ๆ สายพันธุ์ย่อย พันธุ์พื้นเมือง
ครอบครัวพี่น้องต่างพ่อต่างแม่/ครอบครัวพี่น้องร่วมพ่อร่วมแม่/ทรัพยากรธรรมชาติ
ขั้นตอนการให้บริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัด RNA
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
- การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม: โมเดล LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- การระบุหน้าที่ของยีนเป้าหมาย
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่าง SNP กับลักษณะทางพันธุกรรม – แผนภาพแมนฮัตตัน
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่าง SNP กับลักษณะทางพันธุกรรม – แผนภาพ QQ
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการ de GWAS ของ BMKGene ผ่านชุดเอกสารเผยแพร่ที่คัดสรรมาอย่างดี:
Lv, L. และคณะ (2023) 'ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับพื้นฐานทางพันธุกรรมของความทนทานต่อแอมโมเนียในหอยมีดโกน Sinonovacula constricta โดยการศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม'การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ569, หน้า 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. และคณะ (2022) 'การวิเคราะห์มัลติโอมิกส์ของข้าวฟ่างหางสุนัข 398 สายพันธุ์ เผยให้เห็นบริเวณจีโนมที่เกี่ยวข้องกับการปรับปรุงพันธุ์ คุณลักษณะของเมตาโบไลต์ และผลต้านการอักเสบ'พืชโมเลกุล, 15(8), หน้า 1367–1383. ดอย: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. และคณะ (2022) 'การทำแผนที่ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนมของลักษณะข้าวบาร์เลย์ไร้เปลือกในสภาพแวดล้อมแห้งแล้ง'ขอบเขตในวิทยาศาสตร์พืช, 13, หน้า 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. และคณะ (2021) 'GmST1 ซึ่งเข้ารหัสซัลโฟทรานสเฟอเรส ให้ความต้านทานต่อสายพันธุ์ไวรัสโมเสกถั่วเหลือง G2 และ G3'พืช เซลล์ และสิ่งแวดล้อม, 44(8), หน้า 2777–2792. ดอย: 10.1111/PCE.14066.
