-
ลำดับจีโนมพืช/สัตว์
เดอ โนโวการหาลำดับหมายถึงการสร้างจีโนมทั้งหมดของสปีชีส์โดยใช้เทคโนโลยีการจัดลำดับ เช่น PacBio, Nanopore, NGS เป็นต้น โดยที่ไม่มีจีโนมอ้างอิงการปรับปรุงที่โดดเด่นในด้านความยาวในการอ่านของเทคโนโลยีการจัดลำดับรุ่นที่สามได้นำมาซึ่งโอกาสใหม่ๆ ในการรวบรวมจีโนมที่ซับซ้อน เช่น จีโนมที่มีความต่างกันสูง อัตราส่วนของบริเวณที่เกิดซ้ำสูง โพลิพลอยด์ ฯลฯ ด้วยความยาวในการอ่านที่ระดับสิบกิโลเบส การอ่านหาลำดับเหล่านี้ช่วยให้ การแก้ไของค์ประกอบที่ซ้ำซ้อน บริเวณที่มีเนื้อหา GC ผิดปกติ และบริเวณที่มีความซับซ้อนสูงอื่นๆ
แพลตฟอร์ม： PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
การประกอบจีโนมตาม Hi-C
Hi-C เป็นวิธีการที่ออกแบบมาเพื่อจับภาพการกำหนดค่าโครโมโซมโดยการรวมการโต้ตอบตามระยะโพรบและการจัดลำดับปริมาณงานสูงความเข้มข้นของปฏิสัมพันธ์เหล่านี้เชื่อกันว่ามีความสัมพันธ์เชิงลบกับระยะห่างทางกายภาพบนโครโมโซมดังนั้นข้อมูล Hi-C จึงสามารถแนะนำการจัดกลุ่ม การจัดลำดับ และการวางแนวของลำดับที่ประกอบเข้าด้วยกันในจีโนมแบบร่างและยึดไว้กับโครโมโซมจำนวนหนึ่งเทคโนโลยีนี้ช่วยให้สามารถประกอบจีโนมระดับโครโมโซมได้ในกรณีที่ไม่มีแผนที่พันธุกรรมตามประชากรทุกจีโนมต้องการ Hi-C
แพลตฟอร์ม：Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ
พันธุศาสตร์วิวัฒนาการเป็นบริการจัดลำดับแบบอัดแน่นที่ออกแบบมาเพื่อให้การตีความที่ครอบคลุมเกี่ยวกับข้อมูลวิวัฒนาการของวัสดุที่กำหนดโดยพิจารณาจากความผันแปรทางพันธุกรรม ซึ่งรวมถึง SNP, InDels, SV และ CNVโดยให้การวิเคราะห์พื้นฐานทั้งหมดที่จำเป็นสำหรับการอธิบายการเปลี่ยนแปลงทางวิวัฒนาการและลักษณะทางพันธุกรรมของประชากร เช่น โครงสร้างประชากร ความหลากหลายทางพันธุกรรม ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ฯลฯ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับการไหลของยีน ซึ่งช่วยให้สามารถประมาณขนาดประชากรที่มีประสิทธิผล เวลาที่แตกต่างกัน
-
จีโนมเปรียบเทียบ
จีโนมเปรียบเทียบหมายถึงการเปรียบเทียบลำดับจีโนมที่สมบูรณ์และโครงสร้างของสปีชีส์ต่างๆสาขาวิชานี้มีจุดมุ่งหมายเพื่อเปิดเผยวิวัฒนาการของสปีชีส์ หน้าที่ของยีน กลไกการควบคุมยีนที่ระดับจีโนมโดยการระบุโครงสร้างลำดับและองค์ประกอบที่อนุรักษ์หรือแยกความแตกต่างระหว่างสปีชีส์ต่างๆการศึกษาจีโนมเปรียบเทียบทั่วไปรวมถึงการวิเคราะห์ในตระกูลยีน การพัฒนาเชิงวิวัฒนาการ การจำลองจีโนมทั้งหมด แรงกดดันในการคัดเลือก ฯลฯ
-
การวิเคราะห์ Segregant จำนวนมาก
การวิเคราะห์การแบ่งแยกแบบกลุ่ม (BSA) เป็นเทคนิคที่ใช้ในการระบุตัวบ่งชี้ทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับฟีโนไทป์อย่างรวดเร็วเวิร์กโฟลว์หลักของ BSA ประกอบด้วยการเลือกบุคคลสองกลุ่มที่มีฟีโนไทป์ที่ตรงข้ามกันอย่างมาก การรวม DNA ของบุคคลทั้งหมดเพื่อสร้าง DNA สองกลุ่ม โดยระบุลำดับเชิงอนุพันธ์ระหว่างสองกลุ่มเทคนิคนี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการระบุตัวบ่งชี้ทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องอย่างยิ่งโดยยีนเป้าหมายในจีโนมพืช/สัตว์
