สินค้า

ปฏิสัมพันธ์ของโครมาตินตาม Hi-C

ภาพประกอบแสดงปฏิสัมพันธ์ของโครมาตินโดยใช้ Hi-C

Hi-C เป็นวิธีการที่ออกแบบมาเพื่อจับภาพโครงสร้างทางพันธุกรรมโดยการผสมผสานปฏิสัมพันธ์แบบอาศัยความใกล้เคียงและการลำดับดีเอ็นเอความเร็วสูง วิธีการนี้ใช้หลักการเชื่อมโยงโครมาตินด้วยฟอร์มาลดีไฮด์ ตามด้วยการย่อยและการเชื่อมต่อใหม่ในลักษณะที่ว่าเฉพาะชิ้นส่วนที่เชื่อมต่อกันด้วยพันธะโควาเลนต์เท่านั้นที่จะสร้างผลิตภัณฑ์การเชื่อมต่อได้ โดยการลำดับผลิตภัณฑ์การเชื่อมต่อเหล่านี้ ทำให้สามารถศึกษาโครงสร้างสามมิติของจีโนมได้ Hi-C ช่วยให้สามารถศึกษาการกระจายตัวของส่วนต่างๆ ของจีโนมที่มีความหนาแน่นต่ำ (ส่วน A, ยูโครมาติน) และมีแนวโน้มที่จะมีการถอดรหัสทางพันธุกรรมสูง และบริเวณที่มีความหนาแน่นสูงกว่า (ส่วน B, เฮเทอโรโครมาติน) นอกจากนี้ Hi-C ยังสามารถใช้เพื่อระบุโดเมนที่เชื่อมโยงกันทางโครงสร้าง (TADs) ซึ่งเป็นบริเวณของจีโนมที่มีโครงสร้างพับและมีแนวโน้มที่จะมีรูปแบบการแสดงออกที่คล้ายคลึงกัน และเพื่อระบุลูปโครมาติน ซึ่งเป็นบริเวณดีเอ็นเอที่ยึดติดกันด้วยโปรตีนและมักอุดมไปด้วยองค์ประกอบควบคุม บริการจัดลำดับดีเอ็นเอ Hi-C ของ BMKGene ช่วยให้นักวิจัยสามารถสำรวจมิติเชิงพื้นที่ของจีโนมิกส์ เปิดโอกาสใหม่ ๆ ในการทำความเข้าใจการควบคุมจีโนมและผลกระทบต่อสุขภาพและโรคภัยไข้เจ็บ

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ชีวสารสนเทศ

ผลลัพธ์การสาธิต

สิ่งพิมพ์เด่น

คุณสมบัติของบริการ

● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเครื่อง Illumina NovaSeq โดยใช้ PE150

● บริการนี้ต้องการตัวอย่างเนื้อเยื่อ แทนที่จะใช้กรดนิวคลีอิกที่สกัดออกมา เพื่อทำการเชื่อมโยงด้วยฟอร์มาลดีไฮด์และรักษาปฏิสัมพันธ์ระหว่าง DNA กับโปรตีนไว้

● การทดลอง Hi-C เกี่ยวข้องกับการจำกัดและการซ่อมแซมปลายเหนียวด้วยไบโอติน ตามด้วยการสร้างวงกลมของปลายทู่ที่เกิดขึ้นโดยยังคงรักษาปฏิสัมพันธ์ไว้ จากนั้น DNA จะถูกดึงลงมาด้วยลูกปัดสเตรปตาไวดีนและทำให้บริสุทธิ์เพื่อเตรียมไลบรารีต่อไป

ข้อดีของการบริการ

●การออกแบบเอนไซม์ตัดจำเพาะที่เหมาะสมที่สุดเพื่อให้มั่นใจได้ว่าประสิทธิภาพของ Hi-C อยู่ในระดับสูงกับสิ่งมีชีวิตหลากหลายชนิด โดยมีคู่ปฏิสัมพันธ์ที่ถูกต้องมากถึง 93%

●มีความเชี่ยวชาญและผลงานตีพิมพ์มากมาย:BMKGene มีประสบการณ์มากมายในการดำเนินโครงการลำดับดีเอ็นเอแบบ Hi-C มากกว่า 2,000 โครงการ จากสิ่งมีชีวิตกว่า 800 ชนิด และมีสิทธิบัตรต่างๆ มากมาย รวมถึงกรณีศึกษาที่ตีพิมพ์แล้วกว่า 100 เรื่อง โดยมีค่า Impact Factor สะสมมากกว่า 900

●ทีมผู้เชี่ยวชาญด้านชีวสารสนเทศที่มีทักษะสูง:โดยมีสิทธิบัตรภายในองค์กรและลิขสิทธิ์ซอฟต์แวร์สำหรับการทดลอง Hi-C และการวิเคราะห์ข้อมูล รวมถึงซอฟต์แวร์แสดงภาพข้อมูลที่พัฒนาขึ้นเอง

●บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์

●คำอธิบายประกอบที่ครอบคลุมเราใช้ฐานข้อมูลหลายแห่งเพื่อระบุหน้าที่การทำงานของยีนที่มีการเปลี่ยนแปลงที่พบ และทำการวิเคราะห์การเสริมคุณค่าที่เกี่ยวข้อง ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกสำหรับโครงการวิจัยหลายโครงการ

ข้อกำหนดบริการ

ห้องสมุด

กลยุทธ์การจัดลำดับ

ข้อมูลที่แนะนำสำหรับการส่งออก

ความละเอียดสัญญาณ Hi-C

ไลบรารี Hi-C

อิลลูมินา พีอี150

โครมาตินลูป: 150x

TAD: 50x

ลูปโครมาติน: 10 กิโลเบส

TAD: 40 กิโลไบต์

ข้อกำหนดในการให้บริการ

ตัวอย่างประเภท	จำนวนเงินที่ต้องการ
เนื้อเยื่อสัตว์	≥2 กรัม
เลือดครบส่วน	≥2 มล.
เชื้อรา	≥1 กรัม
เนื้อเยื่ออ่อนของพืช	1 กรัมต่อส่วน แนะนำให้แบ่งเป็น 2-4 ส่วน
เซลล์เพาะเลี้ยง	≥1x10⁷

ก่อนหน้า: ชุดตรวจ DNA พืชแบบแม่เหล็กอัจฉริยะ TGuide

ต่อไป: ไลบรารีสำเร็จรูปของ DNBSEQ

ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:

● การตรวจสอบคุณภาพข้อมูลดิบ;

● การทำแผนที่และการตรวจสอบคุณภาพไลบรารี Hi-C: คู่ปฏิสัมพันธ์ที่ถูกต้องและเลขชี้กำลังการลดลงของปฏิสัมพันธ์ (IDEs)

● การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม: การวิเคราะห์แบบ cis/trans และแผนที่ปฏิสัมพันธ์ Hi-C;

● การวิเคราะห์การกระจายตัวของช่อง A/B;

● การระบุ TADs และลูปโครมาติน;

● การวิเคราะห์ความแตกต่างขององค์ประกอบโครงสร้างโครมาตินสามมิติระหว่างตัวอย่าง และการระบุหน้าที่การทำงานของยีนที่เกี่ยวข้อง

การกระจายสัดส่วนซิสและทรานส์

แผนภูมิแสดงความสัมพันธ์เชิงความร้อนของปฏิสัมพันธ์ระหว่างโครโมโซมในตัวอย่างต่างๆ

การกระจายตัวของส่วนประกอบ A/B ทั่วทั้งจีโนม

การกระจายตัวของลูปโครมาตินทั่วทั้งจีโนม

การแสดงภาพของ TADs

สำรวจความก้าวหน้าทางการวิจัยที่เกิดขึ้นจากบริการจัดลำดับดีเอ็นเอ Hi-C ของ BMKGene ผ่านชุดบทความตีพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี

Meng, T. et al. (2021) 'การวิเคราะห์แบบบูรณาการเชิงเปรียบเทียบหลายโอไมซ์ระบุว่า CA2 เป็นเป้าหมายใหม่สำหรับคอร์ดโดมา'เนื้องอกประสาท, 23(10), หน้า 1709–1722. ดอย: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. และคณะ (2021) 'การจัดระเบียบและจัดเรียงจีโนมใหม่แบบ 3 มิติให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการเกิดโรค NAFLD โดยการบูรณาการ Hi-C, Nanopore และการจัดลำดับ RNA'แอคตา ฟาร์มาซูติกา ซินิกา บี, 11(10), หน้า 3150–3164. ดอย: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.