การประกอบจีโนมโดยใช้ Hi-C
Hi-C เป็นวิธีการที่ออกแบบมาเพื่อจับภาพการจัดเรียงตัวของโครโมโซมโดยการรวมปฏิสัมพันธ์แบบอาศัยความใกล้เคียงและการจัดลำดับแบบความเร็วสูง เชื่อกันว่าความเข้มของปฏิสัมพันธ์เหล่านี้มีความสัมพันธ์เชิงลบกับระยะทางทางกายภาพบนโครโมโซม ดังนั้น ข้อมูล Hi-C จึงถูกนำมาใช้เพื่อเป็นแนวทางในการจัดกลุ่ม เรียงลำดับ และกำหนดทิศทางของลำดับที่ประกอบขึ้นในจีโนมฉบับร่าง และยึดตรึงลำดับเหล่านั้นไว้บนโครโมโซมจำนวนหนึ่ง เทคโนโลยีนี้ช่วยให้สามารถประกอบจีโนมในระดับโครโมโซมได้แม้ไม่มีแผนที่พันธุกรรมระดับประชากร จีโนมทุกตัวจำเป็นต้องมีข้อมูล Hi-C
คุณสมบัติของบริการ
● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเครื่อง Illumina NovaSeq โดยใช้ PE150
● บริการนี้ต้องการตัวอย่างเนื้อเยื่อ แทนที่จะใช้กรดนิวคลีอิกที่สกัดออกมา เพื่อทำการเชื่อมโยงกับฟอร์มาลดีไฮด์และรักษาปฏิสัมพันธ์ระหว่าง DNA กับโปรตีนไว้
● การทดลอง Hi-C เกี่ยวข้องกับการตัดและซ่อมแซมปลายเหนียวด้วยไบโอติน ตามด้วยการสร้างวงกลมของปลายทู่ที่เกิดขึ้นโดยยังคงรักษาปฏิสัมพันธ์ไว้ จากนั้นจึงดึง DNA ลงมาด้วยลูกปัดสเตรปตาไวดีนและทำให้บริสุทธิ์เพื่อเตรียมไลบรารีต่อไป
ข้อดีของการบริการ
ภาพรวมของ Hi-C
(ลิเบอร์แมน-เอเดน อี และคณะ)ศาสตร์(2009)
●ขจัดความจำเป็นในการใช้ข้อมูลทางพันธุกรรมของประชากร:Hi-C แทนที่ข้อมูลสำคัญที่จำเป็นสำหรับการยึดตรึงคอนติ๊ก (contig anchoring)
●ความหนาแน่นของเครื่องหมายสูง:ส่งผลให้มีอัตราส่วนการยึดเกาะของคอนติ๊กสูงกว่า 90%
●มีความเชี่ยวชาญและผลงานตีพิมพ์มากมาย:BMKGene มีประสบการณ์มากมายในการประกอบจีโนมด้วยเทคนิค Hi-C มากกว่า 2,000 กรณี จากสิ่งมีชีวิตกว่า 1,000 ชนิด และมีสิทธิบัตรต่างๆ มากมาย โดยมีผลงานตีพิมพ์มากกว่า 200 กรณี ซึ่งมีค่า Impact Factor สะสมมากกว่า 2,000
●ทีมงานด้านชีวสารสนเทศที่มีทักษะสูง:ด้วยสิทธิบัตรภายในองค์กรและลิขสิทธิ์ซอฟต์แวร์สำหรับการทดลอง Hi-C และการวิเคราะห์ข้อมูล ซอฟต์แวร์แสดงภาพข้อมูลที่พัฒนาขึ้นเองนี้ช่วยให้สามารถเคลื่อนย้าย ย้อนกลับ เพิกถอน และทำซ้ำบล็อกได้ด้วยตนเอง
●บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
●คำอธิบายประกอบที่ครอบคลุมเราใช้ฐานข้อมูลหลายแห่งเพื่อระบุหน้าที่การทำงานของยีนที่มีการเปลี่ยนแปลงที่ตรวจพบ และทำการวิเคราะห์การเสริมคุณค่าที่เกี่ยวข้อง ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกสำหรับโครงการวิจัยหลายโครงการ
ข้อกำหนดบริการ
| การจัดเตรียมห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำสำหรับการส่งออก | การควบคุมคุณภาพ |
| ไลบรารี Hi-C | อิลลูมินา โนวาเซค พีอี150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
ตัวอย่างข้อกำหนด
| เนื้อเยื่อ | จำนวนเงินที่ต้องการ |
| เครื่องในสัตว์ | ≥ 2 กรัม |
| กล้ามเนื้อสัตว์ | |
| เลือดของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม | ≥ 2 มล. |
| เลือดสัตว์ปีก/ปลา | |
| พืช - ใบไม้สด | ≥ 3 กรัม |
| เซลล์เพาะเลี้ยง | ≥ 1x107 |
| แมลง | ≥ 2 กรัม |
ขั้นตอนการให้บริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1) การตรวจสอบคุณภาพข้อมูลดิบ
2) การควบคุมคุณภาพของไลบรารี Hi-C: การประเมินปฏิสัมพันธ์ Hi-C ที่ถูกต้อง
3) การประกอบลำดับดีเอ็นเอแบบ Hi-C: การจัดกลุ่มคอนติ๊กเป็นกลุ่มๆ ตามด้วยการเรียงลำดับคอนติ๊กภายในแต่ละกลุ่ม และการกำหนดทิศทางของคอนติ๊ก
4) การประเมิน Hi-C
การตรวจสอบคุณภาพของไลบรารี Hi-C – การประเมินคู่ปฏิสัมพันธ์ที่ถูกต้องของ Hi-C
สถิติการประกอบ Hi-C
การประเมินผลหลังการประกอบ – แผนภูมิแสดงความเข้มของสัญญาณระหว่างช่วงข้อมูล
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการประกอบชิ้นส่วน Hi-C ของ BMKGene ผ่านชุดเอกสารเผยแพร่ที่คัดสรรมาอย่างดี
Tian, T. และคณะ (2023) 'การประกอบจีโนมและการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของเชื้อพันธุ์ข้าวโพดทนแล้งที่โดดเด่น' Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), หน้า 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y
Wang, ZL และคณะ (2020) 'การประกอบจีโนมผึ้งเอเชีย Apis cerana ในระดับโครโมโซม' Frontiers in Genetics, 11, หน้า 524-140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. และคณะ (2023) 'การเปิดเผยวิวัฒนาการของการสังเคราะห์อัลคาลอยด์โทรเพนโดยการวิเคราะห์จีโนมสองชุดในวงศ์ Solanaceae' Nature Communications 2023 14:1, 14(1), หน้า 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4
Zhang, X. และคณะ (2020) 'จีโนมของต้นไทรและแตนผสมเกสรให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการวิวัฒนาการร่วมกันของมะเดื่อและแตน' Cell, 183(4), หน้า 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
