สินค้า

ลำดับแบบไม่เข้ารหัสแบบยาว - อิลลูมินา

การเรียงลำดับแบบไม่เข้ารหัสแบบยาว - รูปภาพเด่นของ Illumina

RNA แบบไม่เข้ารหัสแบบยาว (lncRNAs) เป็นโมเลกุล RNA ชนิดหนึ่งที่มีความยาวเกิน 200 nt ซึ่งมีศักยภาพในการเข้ารหัสต่ำมากLncRNA เป็นสมาชิกสำคัญใน RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัส ส่วนใหญ่พบในนิวเคลียสและพลาสมาการพัฒนาเทคโนโลยีการหาลำดับและชีวสารสนเทศช่วยให้สามารถระบุ lncRNA ใหม่ๆ จำนวนมากและเชื่อมโยงกับหน้าที่ทางชีววิทยาหลักฐานสะสมชี้ให้เห็นว่า lncRNA เกี่ยวข้องอย่างกว้างขวางในการควบคุม epigenetic การควบคุมการถอดรหัส และการควบคุมหลังการถอดความ

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ชีวสารสนเทศศาสตร์

ผลการสาธิต

กรณีศึกษา

ข้อดีของการบริการ

● ข้อดีของบริการ

● เฉพาะเซลล์และเนื้อเยื่อ

● ขั้นตอนเฉพาะเป็นการแสดงออกและนำเสนอการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกแบบไดนามิก

● รูปแบบการแสดงออกของเวลาและพื้นที่ที่แม่นยำ

● การวิเคราะห์ร่วมกับข้อมูล mRNA

● การส่งมอบผลลัพธ์ตาม BMKCloud: การทำเหมืองข้อมูลแบบกำหนดเองพร้อมใช้งานบนแพลตฟอร์ม

● บริการหลังการขายจะมีอายุการใช้งาน 3 เดือนเมื่อโครงการเสร็จสิ้น

ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง

ห้องสมุด	แพลตฟอร์ม	ข้อมูลที่แนะนำ	การควบคุมคุณภาพข้อมูล
การสูญเสีย rRNA	อิลลูมิน่า พีอี150	10 กิกะไบต์	Q30≥85%

ความเข้มข้น(ng/μl)

ปริมาณ (ไมโครกรัม)

ความบริสุทธิ์

ความซื่อสัตย์

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

โอดี260/230=0.5-2.5

มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล

สำหรับพืช: RIN≥6.5;

สำหรับสัตว์: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

ระดับความสูงพื้นฐานที่จำกัดหรือไม่มีเลย

นิวคลีโอไทด์:

เนื้อเยื่อ: น้ำหนัก(แห้ง): ≥1 g

*สำหรับเนื้อเยื่อที่มีขนาดเล็กกว่า 5 มก. เราแนะนำให้ส่งตัวอย่างเนื้อเยื่อแช่แข็งแบบแฟลช (ในไนโตรเจนเหลว)

การระงับเซลล์: จำนวนเซลล์ = 3 × 10⁷
*เราแนะนำให้จัดส่งไลเซทเซลล์แช่แข็งในกรณีที่เซลล์นั้นนับน้อยกว่า 5×10⁵แนะนำให้ใช้แฟลชแช่แข็งในไนโตรเจนเหลว

ตัวอย่างเลือด:
PA ×ยีนBloodRNATube;
เลือด 6 มล.ไตรโซล และ 2 มล.(ไตรโซล:เลือด=3:1)

การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม+ทำซ้ำ เช่น A1, A2, A3;บี1 บี2 บี3......

การจัดส่ง:
1.น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงและฝังในน้ำแข็งแห้ง
2.หลอด RNAstable: ตัวอย่าง RNA สามารถทำให้แห้งในหลอดรักษาเสถียรภาพ RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งในอุณหภูมิห้อง

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การออกแบบการทดลอง

การจัดส่งตัวอย่าง

การสกัดอาร์เอ็นเอ

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: ลำดับ RNA ขนาดเล็ก - อิลลูมินา

ต่อไป: ลำดับ mRNA-Illumina ที่ไม่อ้างอิง

ชีวสารสนเทศศาสตร์

1.การจำแนกประเภท LncRNA

LncRNA ที่ทำนายโดยซอฟต์แวร์ทั้งสี่ด้านบนนั้นแบ่งออกเป็น 4 ประเภท: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;ความรู้สึก-LncRNAการจำแนกประเภท LncRNA แสดงอยู่ในฮิสโตแกรมด้านล่าง

การจำแนกประเภท LncRNA

2. ยีนเป้าหมาย Cis ของการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า DE-lncRNA

ClusterProfiler ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า GO บนยีนเป้าหมายที่ถูกต้องของ lncRNA (DE-lncRNA) ที่แสดงออกแตกต่างกัน ในแง่ของกระบวนการทางชีววิทยา หน้าที่ของโมเลกุล และส่วนประกอบของเซลล์การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า GO เป็นกระบวนการในการระบุคำศัพท์ GO ที่ได้รับการเสริมสมรรถนะอย่างมีนัยสำคัญซึ่งกำกับโดย DEG เมื่อเปรียบเทียบกับจีโนมทั้งหมดคำศัพท์ที่ได้รับการเสริมสมรรถนะถูกนำเสนอในฮิสโตแกรม แผนภูมิฟอง ฯลฯ ดังที่แสดงด้านล่าง

Cis-targeted-genes-of-DE-lncRNA-enrichment-analysis--Bubble-chart ยีนที่กำหนดเป้าหมาย Cis ของการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า DE-lncRNA - แผนภูมิบับเบิ้ล

3. ด้วยการเปรียบเทียบความยาว หมายเลขเอ็กซอน ORF และจำนวนการแสดงออกของ mRNA และ lncRNA เราสามารถเข้าใจความแตกต่างในโครงสร้าง ลำดับ และอื่นๆ ระหว่างสิ่งเหล่านั้น และยังตรวจสอบว่า lncRNA นวนิยายที่เราทำนายไว้นั้นสอดคล้องกับลักษณะทั่วไปหรือไม่

คดีบีเอ็มเค

โปรไฟล์การแสดงออก lncRNA ที่ไม่ได้รับการควบคุมใน adenocarcinomas ของหนูเมาส์ด้วยการกลายพันธุ์ KRAS-G12D และการทำให้ล้มลง P53

ที่ตีพิมพ์:วารสารการแพทย์ระดับเซลล์และโมเลกุล，2019

กลยุทธ์การจัดลำดับ

อิลลูมินา

การเก็บตัวอย่าง

ได้รับเซลล์ NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) และเซลล์ควบคุมเชิงลบ (sh-Scr) ในวันที่ 6 ของการติดเชื้อไวรัสโดยเฉพาะ

ผลลัพธ์ที่สำคัญ

การศึกษานี้ตรวจสอบ lncRNAs ที่แสดงออกอย่างผิดปกติในมะเร็งของต่อมในปอดของหนูโดยมีค่า P53 ที่น่าพิศวงและการกลายพันธุ์ของ KrasG12D
1.6424 lncRNAs มีการแสดงออกที่แตกต่างกัน (≥ การเปลี่ยนแปลง 2 เท่า, P <0.05)
2. ในบรรดาทั้งหมด 210 lncRNAs (FC≥8) การแสดงออกของ 11 lncRNAs ถูกควบคุมโดย P53, 33 lncRNAs โดย KRAS และ 13 lncRNAs โดยภาวะขาดออกซิเจนในเซลล์ KP หลักตามลำดับ
3.NOMMUT015812 ซึ่งได้รับการควบคุมอย่างน่าทึ่งในมะเร็งของต่อมในปอดของหนู และควบคุมเชิงลบโดยการแสดงออกใหม่ของ P53 ถูกตรวจพบเพื่อวิเคราะห์การทำงานของเซลล์
4. การล้มลงของ NONMMUT015812 โดย shRNAs ลดการแพร่กระจายและความสามารถในการย้ายของเซลล์ KPNONMMUT015812 เป็นยีนที่มีศักยภาพ

การวิเคราะห์วิถี KEGG ของยีนที่แสดงออกแตกต่างกันในเซลล์ KP NONMMUT015812-knockdown

การวิเคราะห์ยีนอภิปรัชญาของยีนที่แสดงออกแตกต่างกันในเซลล์ KP NONMMUT015812-knockdown

อ้างอิง

โปรไฟล์การแสดงออก lncRNA ที่ยกเลิกการควบคุมใน adenocarcinomas ของหนูเมาส์ด้วยการกลายพันธุ์ KRAS-G12D และการทำให้ล้มลง P53 [J]วารสารการแพทย์ระดับเซลล์และโมเลกุล, 2019, 23(10)ดอย： 10.1111/jcmm.14584