การจัดลำดับเมตาทรานสคริปโตม
คุณสมบัติของบริการ
● การกำจัด rRNA ตามด้วยการเตรียมไลบรารี mRNA แบบกำหนดทิศทาง
● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเครื่อง Illumina NovaSeq
ข้อดีของการบริการ
●ศึกษาการเปลี่ยนแปลงของชุมชนจุลินทรีย์ที่ซับซ้อน:กระบวนการนี้เกิดขึ้นในระดับการถอดรหัส และเป็นการสำรวจยีนใหม่ที่มีศักยภาพ
●อธิบายปฏิสัมพันธ์ของชุมชนจุลินทรีย์กับโฮสต์หรือสิ่งแวดล้อม
●การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุม: ข้อมูลนี้ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับองค์ประกอบทางอนุกรมวิธานและหน้าที่การทำงานของชุมชน รวมถึงการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน
●การระบุรายละเอียดทางพันธุกรรมอย่างครอบคลุม:ใช้ฐานข้อมูลหน้าที่ของยีนที่ทันสมัยเพื่อให้ได้ข้อมูลการแสดงออกของยีนที่มีประโยชน์ในชุมชนจุลินทรีย์
●บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดบริการ
| แพลตฟอร์มการจัดลำดับ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพข้อมูล |
| อิลลูมินา โนวาสเคว | พีอี150 | 12GB | Q30≥85% |
ตัวอย่างข้อกำหนด
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (ไมโครกรัม) | ปริมาตร (µL) | OD260/280 | OD260/230 | ริน |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6.5 |
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ
● การประกอบเอกสารถอดเสียง
● การระบุอนุกรมวิธานและความอุดมสมบูรณ์
● การระบุหน้าที่และความอุดมสมบูรณ์
● การหาปริมาณการแสดงออกและการวิเคราะห์ความแตกต่าง
การจำแนกทางอนุกรมวิธานของแต่ละตัวอย่าง:
การวิเคราะห์ความหลากหลายเบต้า: UPGMA
การระบุหน้าที่การทำงาน – ความอุดมสมบูรณ์ของ GO
ความอุดมสมบูรณ์ของอนุกรมวิธานที่แตกต่างกัน – LEFSE
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการจัดลำดับจีโนมแบบเมตาของ BMKGene ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Lu, Z. และคณะ (2023) 'ความทนทานต่อกรดของแบคทีเรียที่ใช้แลคเตทในอันดับ Bacteroidales มีส่วนช่วยในการป้องกันภาวะกรดในกระเพาะอาหารของแพะที่ปรับตัวให้เข้ากับอาหารที่มีความเข้มข้นสูง'โภชนาการสัตว์, 14, หน้า 130–140. ดอย: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. และคณะ (2017) 'การไขปริศนาจุลินทรีย์หลักที่ทำหน้าที่ในกระบวนการหมักแบบของแข็งแบบดั้งเดิมด้วยแอมพลิคอนความเร็วสูงและการจัดลำดับเมตาทรานสคริปโตมิกส์'ขอบเขตในจุลชีววิทยา, 8(ก.ค.). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. และคณะ (2022) 'ค้นพบไมโคไวรัสชนิดใหม่จากการสำรวจเมตาแทรนสคริปโตมิกส์ของเชื้อรา Alternaria ที่ก่อโรคในพืช'ไวรัส, 14(11), หน้า 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. และคณะ (2022) 'การวิเคราะห์เมตาแทรนสคริปโตมแบบขนานเผยให้เห็นการย่อยสลายสารเมตาบอไลต์ทุติยภูมิของพืชโดยด้วงและจุลินทรีย์ร่วมอาศัยในลำไส้ของพวกมัน'โมเลกุล นิเวศวิทยา, 31(15), หน้า 3999–4016. ดอย: 10.1111/MEC.16557.
