-
การจัดลำดับเมตาจีโนมิก (NGS)
เมตาจีโนมหมายถึงชุดของสารพันธุกรรมทั้งหมดของชุมชนสิ่งมีชีวิตแบบผสม เช่น เมตาจีโนมสิ่งแวดล้อม เมตาจีโนมของมนุษย์ ฯลฯ ประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่ปลูกได้และไม่สามารถเพาะปลูกได้การจัดลำดับเมตาจีโนมิกเป็นเครื่องมือระดับโมเลกุลที่ใช้ในการวิเคราะห์วัสดุจีโนมผสมที่สกัดจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ซึ่งให้ข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายและความสมบูรณ์ของสายพันธุ์ โครงสร้างประชากร ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ยีนเชิงหน้าที่ และเครือข่ายสหสัมพันธ์กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม
แพลตฟอร์ม:อิลลูมิน่า โนวาซีค6000
-
Metagenomic Sequencing-นาโนพอร์
Metagenomics เป็นเครื่องมือระดับโมเลกุลที่ใช้ในการวิเคราะห์วัสดุจีโนมผสมที่สกัดจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ซึ่งให้ข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายและความสมบูรณ์ของสายพันธุ์ โครงสร้างประชากร ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ยีนทำงาน และเครือข่ายสหสัมพันธ์กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม เป็นต้น แพลตฟอร์มการจัดลำดับ Nanopore เพิ่งเปิดตัว ในการศึกษาเมทาโนมิกประสิทธิภาพที่โดดเด่นในด้านความยาวในการอ่านได้ปรับปรุงการวิเคราะห์เมทาโนมิกแบบดาวน์สตรีมเป็นส่วนใหญ่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการประกอบเมตาจีโนมการศึกษาเมตาเจโนมิกบน Nanopore ใช้ประโยชน์จากความยาวในการอ่าน ทำให้สามารถประกอบได้อย่างต่อเนื่องมากขึ้นเมื่อเปรียบเทียบกับเมตาเจโนมิกส์ของปืนลูกซองได้รับการตีพิมพ์ว่า metagenomics ที่ใช้ Nanopore ประสบความสำเร็จในการสร้างจีโนมของแบคทีเรียที่สมบูรณ์และปิดจาก microbiomes (Moss, EL, et. al,เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ, 2020)
แพลตฟอร์ม:นาโนพอร์ โพรเมชั่น P48
-
16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio
หน่วยย่อยบน 16S และ 18S rRNA ที่มีทั้งบริเวณที่มีการอนุรักษ์สูงและแปรผันสูงเป็นลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สมบูรณ์แบบสำหรับการระบุสิ่งมีชีวิตที่เป็นโปรคาริโอตและยูคาริโอตการใช้ประโยชน์จากการจัดลำดับ แอมพลิคอนเหล่านี้สามารถกำหนดเป้าหมายได้ตามชิ้นส่วนที่อนุรักษ์ไว้ และสามารถระบุขอบเขตที่แปรผันได้สูงเพื่อระบุจุลินทรีย์ที่มีส่วนร่วมในการศึกษาที่ครอบคลุมการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์ อนุกรมวิธาน วิวัฒนาการสายวิวัฒนาการ ฯลฯ ) การจัดลำดับของแพลตฟอร์ม PacBio ช่วยให้สามารถอ่านค่าแบบยาวได้อย่างแม่นยำ ซึ่งสามารถครอบคลุมแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวได้ (ประมาณ 1.5 Kb)มุมมองที่กว้างขึ้นของขอบเขตพันธุกรรมช่วยปรับปรุงความละเอียดในคำอธิบายประกอบของสปีชีส์ในชุมชนแบคทีเรียหรือเชื้อราได้อย่างมาก
แพลตฟอร์ม:PacBio ภาคต่อ II
-
ลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS-NGS
การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS มุ่งเป้าไปที่การเปิดเผยลำดับสายวิวัฒนาการ อนุกรมวิธาน และความอุดมสมบูรณ์ของสปีชีส์ในชุมชนจุลินทรีย์โดยการตรวจสอบผลิตภัณฑ์ PCR ของเครื่องหมายพันธุกรรมการดูแลทำความสะอาดที่มีทั้งส่วนที่ขัดแย้งกันสูงและส่วนที่เปลี่ยนแปลงได้สูงการแนะนำลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สมบูรณ์แบบเหล่านี้โดย Woeses et al, (1977) ช่วยให้การทำโปรไฟล์ไมโครไบโอมที่ปราศจากการแยกตัวการจัดลำดับของ 16S (แบคทีเรีย), 18S (เชื้อรา) และตัวเว้นวรรคที่ถอดเสียงภายใน (ITS, เชื้อรา) ช่วยให้สามารถระบุได้ทั้งชนิดพันธุ์ที่มีอยู่มากและชนิดที่หายากและไม่ปรากฏชื่อเทคโนโลยีนี้ได้กลายเป็นเครื่องมือที่ใช้กันอย่างแพร่หลายและสำคัญในการระบุองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในสภาพแวดล้อมต่างๆ เช่น ปาก ลำไส้ อุจจาระของมนุษย์ เป็นต้น
แพลตฟอร์ม:อิลลูมิน่า โนวาซีค6000
-
การจัดลำดับจีโนมทั้งแบคทีเรียและเชื้อรา
การจัดลำดับจีโนมใหม่ของแบคทีเรียและเชื้อราเป็นเครื่องมือสำคัญในการสร้างจีโนมของแบคทีเรียและเชื้อราที่รู้จักให้สมบูรณ์ รวมทั้งเพื่อเปรียบเทียบจีโนมหลายตัวหรือทำแผนที่จีโนมของสิ่งมีชีวิตใหม่การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของแบคทีเรียและเชื้อรามีความสำคัญอย่างยิ่ง เพื่อสร้างจีโนมอ้างอิงที่ถูกต้อง ระบุจุลินทรีย์ และการศึกษาจีโนมเปรียบเทียบอื่นๆ
แพลตฟอร์ม:Illumina NovaSeq 6000
-
จีโนมของเชื้อรา
เทคโนโลยีไบโอมาร์คเกอร์ให้การสำรวจจีโนม จีโนมที่ดี และจีโนมที่สมบูรณ์ของเชื้อราขึ้นอยู่กับเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจงการจัดลำดับจีโนม การประกอบ และคำอธิบายประกอบการทำงานสามารถทำได้โดยการรวมการจัดลำดับรุ่นถัดไป + การจัดลำดับรุ่นที่สามเพื่อให้เกิดการประกอบจีโนมในระดับสูงนอกจากนี้ยังสามารถใช้เทคโนโลยี Hi-C เพื่ออำนวยความสะดวกในการประกอบจีโนมในระดับโครโมโซม
แพลตฟอร์ม:PacBio ภาคต่อ II
นาโนพอร์ โพรเมชั่น P48
อิลลูมิน่า NovaSeq 6000
-
แบคทีเรียที่สมบูรณ์จีโนม
Biomarker Technologies ให้บริการจัดลำดับการสร้างจีโนมของแบคทีเรียที่สมบูรณ์โดยไม่มีช่องว่างเวิร์กโฟลว์หลักของการสร้างจีโนมที่สมบูรณ์ของแบคทีเรีย ได้แก่ การจัดลำดับรุ่นที่สาม การประกอบ คำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชัน และการวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวสารสนเทศขั้นสูงที่บรรลุเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจงการทำโปรไฟล์ของจีโนมแบคทีเรียที่ครอบคลุมมากขึ้นช่วยให้สามารถเปิดเผยกลไกพื้นฐานที่อยู่ภายใต้กระบวนการทางชีววิทยาของพวกมัน ซึ่งอาจให้การอ้างอิงที่มีคุณค่าสำหรับการวิจัยจีโนมในสปีชีส์ยูคาริโอตที่สูงขึ้น
แพลตฟอร์ม:นาโนพอร์ PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio ภาคต่อ II
