mRNA-seq (NGS) – การวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ใหม่

การจัดลำดับ mRNA ช่วยให้สามารถวิเคราะห์โปรไฟล์ของ mRNA ทั้งหมดในเซลล์ภายใต้สภาวะเฉพาะ และเป็นเทคโนโลยีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในงานวิจัยหลากหลายสาขา ไปป์ไลน์ BMKCloud De novo mRNA-seq ถูกออกแบบมาเพื่อวิเคราะห์ไลบรารีการจัดลำดับที่มี poly-A สูง เมื่อไม่มีจีโนมอ้างอิง ไปป์ไลน์เริ่มต้นด้วยการควบคุมคุณภาพ ตามด้วยเดอ โนโวการประกอบทรานสคริปต์และการคัดเลือกชุดยีนเดี่ยว การวิเคราะห์โครงสร้างยีนเดี่ยวทำนายลำดับการเข้ารหัส (CDS) และลำดับซ้ำแบบง่าย (SSR) จากนั้น การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกันจะค้นหายีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs) ในสภาวะที่ทดสอบ ตามด้วยการระบุหน้าที่และการเพิ่มจำนวนของ DEGs เพื่อดึงข้อมูลเชิงชีววิทยา