สินค้า

เมตาจีโนมคือชุดของสารพันธุกรรมจากชุมชนสิ่งมีชีวิตผสม เช่น เมตาจีโนมของสิ่งแวดล้อมและมนุษย์ มันประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่เพาะเลี้ยงได้และเพาะเลี้ยงไม่ได้ การจัดลำดับเมตาจีโนมช่วยให้สามารถศึกษาภูมิทัศน์ทางจีโนมที่ซับซ้อนเหล่านี้ซึ่งฝังอยู่ในตัวอย่างทางนิเวศวิทยาได้ โดยให้ข้อมูลมากกว่าแค่การจำแนกทางอนุกรมวิธาน นอกจากนี้ยังให้มุมมองทางจีโนมิกส์เชิงหน้าที่โดยการสำรวจยีนที่เข้ารหัสและบทบาทที่คาดการณ์ได้ในกระบวนการทางสิ่งแวดล้อม ในขณะที่วิธีการจัดลำดับแบบช็อตกัน (shotgun) แบบดั้งเดิมด้วยการจัดลำดับของ Illumina ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาเมตาจีโนม การเกิดขึ้นของเทคโนโลยีการจัดลำดับแบบอ่านยาว Nanopore และ PacBio ได้เปลี่ยนแปลงวงการนี้ไป เทคโนโลยี Nanopore และ PacBio ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศในขั้นตอนต่อไป โดยเฉพาะอย่างยิ่งการประกอบเมตาจีโนม ทำให้มั่นใจได้ว่าการประกอบมีความต่อเนื่องมากขึ้น รายงานระบุว่า เมตาจีโนมิกส์ที่ใช้เทคโนโลยี Nanopore และ PacBio ประสบความสำเร็จในการสร้างจีโนมแบคทีเรียที่สมบูรณ์และปิดสนิทจากไมโครไบโอมที่ซับซ้อน (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020) การผสานรวมข้อมูลจาก Nanopore กับข้อมูลจาก Illumina เป็นแนวทางเชิงกลยุทธ์สำหรับการแก้ไขข้อผิดพลาด ช่วยลดความแม่นยำที่ต่ำโดยธรรมชาติของ Nanopore การผสมผสานที่ลงตัวนี้ใช้ประโยชน์จากจุดแข็งของแต่ละแพลตฟอร์มการจัดลำดับดีเอ็นเอ ทำให้เกิดโซลูชันที่แข็งแกร่งเพื่อเอาชนะข้อจำกัดที่อาจเกิดขึ้น และเพิ่มความแม่นยำและความน่าเชื่อถือของการวิเคราะห์เมตาจีโนมิกส์

แพลตฟอร์ม: Nanopore PromethION 48, Illumia และ PacBio Revio