ลำดับเมเทจโนมิก-นาโนพอร์
ข้อดีของการบริการ
● การประกอบคุณภาพสูง-เพิ่มความแม่นยำในการระบุชนิดพันธุ์และการทำนายยีนเชิงฟังก์ชัน
● การแยกจีโนมของแบคทีเรียแบบปิด
● การใช้งานที่ทรงพลังและเชื่อถือได้มากขึ้นในด้านต่างๆ เช่น การตรวจหาจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคหรือยีนที่เกี่ยวข้องกับการดื้อยาปฏิชีวนะ
● การวิเคราะห์เมตาจีโนมเชิงเปรียบเทียบ
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| แพลตฟอร์ม | การเรียงลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | เวลาตอบสนอง |
| นาโนพอร์ | สธ | 6 ก./10 ก | 65 วันทำการ |
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การประกอบเมตาจีโนม
● ชุดยีนที่ไม่ซ้ำซ้อนและคำอธิบายประกอบ
● การวิเคราะห์ความหลากหลายของชนิดพันธุ์
● การวิเคราะห์ความหลากหลายของฟังก์ชันทางพันธุกรรม
● การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
● การวิเคราะห์การเชื่อมโยงกับปัจจัยทดลอง
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
สำหรับสารสกัดจากดีเอ็นเอ: :
| ประเภทตัวอย่าง | จำนวน | ความเข้มข้น | ความบริสุทธิ์ |
| สารสกัดจากดีเอ็นเอ | 1-1.5 มก | > 20 นาโนกรัม/ไมโครลิตร | โอดี260/280= 1.6-2.5 |
สำหรับตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อม:
| ประเภทตัวอย่าง | ขั้นตอนการสุ่มตัวอย่างที่แนะนำ |
| ดิน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;สารที่เหี่ยวเฉาที่เหลืออยู่จะต้องถูกกำจัดออกจากพื้นผิวบดเป็นชิ้นใหญ่แล้วผ่านตัวกรองขนาด 2 มม.แบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือไซโรทูบที่ปลอดเชื้อเพื่อการจอง |
| อุจจาระ | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| เนื้อหาในลำไส้ | ตัวอย่างจะต้องได้รับการประมวลผลภายใต้สภาวะปลอดเชื้อล้างเนื้อเยื่อที่รวบรวมด้วย PBSปั่นแยก PBS และรวบรวมตะกอนในหลอด EP |
| ตะกอน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างตะกอนในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| แหล่งน้ำ | สำหรับตัวอย่างที่มีจุลินทรีย์ในปริมาณจำกัด เช่น น้ำประปา น้ำบาดาล ฯลฯ ให้รวบรวมน้ำอย่างน้อย 1 ลิตรแล้วผ่านตัวกรองขนาด 0.22 μm เพื่อเพิ่มจุลินทรีย์บนเมมเบรนเก็บเมมเบรนไว้ในหลอดปลอดเชื้อ |
| ผิว | ขูดพื้นผิวอย่างระมัดระวังด้วยสำลีก้านหรือใบมีดผ่าตัด แล้ววางลงในหลอดปลอดเชื้อ |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บในไนโตรเจนเหลวหรือ -80 องศา เพื่อสำรองระยะยาวจำเป็นต้องจัดส่งตัวอย่างด้วยน้ำแข็งแห้ง
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1.Heatmap: การจัดกลุ่มความสมบูรณ์ของชนิด
2. ยีนเชิงหน้าที่มีหมายเหตุประกอบอยู่ในวิถีเมแทบอลิซึมของ KEGG
3.เครือข่ายความสัมพันธ์สปีชีส์
4.Circos ของยีนต้านทานยาปฏิชีวนะ CARD
คดีบีเอ็มเค
เมทาโนมิกส์ของนาโนพอร์ช่วยให้สามารถวินิจฉัยการติดเชื้อทางเดินหายใจส่วนล่างจากแบคทีเรียได้อย่างรวดเร็ว
ที่ตีพิมพ์:เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ, 2562
จุดเด่นทางเทคนิค
ลำดับ: Nanopore Minion
ชีวสารสนเทศศาสตร์เชิงเมเทโนมิกส์ทางคลินิก: การสูญเสีย DNA ของโฮสต์ การวิเคราะห์ WIMP และ ARMA
การตรวจจับอย่างรวดเร็ว: 6 ชั่วโมง
ความไวสูง: 96.6%
ผลลัพธ์ที่สำคัญ
ในปี พ.ศ. 2549 การติดเชื้อทางเดินหายใจส่วนล่าง (LR) ทำให้มีผู้เสียชีวิต 3 ล้านคนทั่วโลกวิธีการทั่วไปในการตรวจหาเชื้อก่อโรค LR1 คือการเพาะเลี้ยงซึ่งมีความไวต่ำ ใช้เวลานาน และขาดแนวทางในการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะในระยะเริ่มแรกการวินิจฉัยเชื้อจุลินทรีย์ที่รวดเร็วและแม่นยำถือเป็นความจำเป็นเร่งด่วนมานานแล้วดร. จัสตินจากมหาวิทยาลัยอีสต์แองเกลียและพันธมิตรของเขาประสบความสำเร็จในการพัฒนาวิธีการเมทาโนมิกที่ใช้นาโนพอร์สำหรับการตรวจหาเชื้อโรคตามขั้นตอนการทำงาน 99.99% ของ DNA ของโฮสต์สามารถหมดลงได้การตรวจหาเชื้อโรคและยีนดื้อยาปฏิชีวนะสามารถทำได้ภายใน 6 ชั่วโมง
อ้างอิง
ชาราแลมปัส, ที. , เคย์, GL , ริชาร์ดสัน, เอช. , อายดิน, เอ. , & โอกราดี, เจ. .(2019)เมทาเจโนมิกส์ของ Nanopore ช่วยให้สามารถวินิจฉัยทางคลินิกเกี่ยวกับการติดเชื้อทางเดินหายใจส่วนล่างจากแบคทีเรียได้อย่างรวดเร็วเทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ, 37(7), 1.
