นาโนพอร์ ทรานสคริปโตมแบบเต็มความยาว

การจัดลำดับจีโนมด้วยนาโนพอเร (Nanopore transcriptome sequencing) เป็นวิธีการที่มีประสิทธิภาพสูงในการจัดลำดับ cDNA แบบเต็มความยาว ระบุและวัดปริมาณไอโซฟอร์มของทรานสคริปต์ได้อย่างแม่นยำ BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline ถูกออกแบบมาเพื่อวิเคราะห์ข้อมูล RNA-Seq ที่สร้างขึ้นบนแพลตฟอร์มนาโนพอเรเทียบกับจีโนมอ้างอิงคุณภาพสูงที่มีการระบุรายละเอียดอย่างดี ซึ่งให้การวิเคราะห์เชิงคุณภาพและเชิงปริมาณทั้งในระดับยีนและทรานสคริปต์ หลังจากควบคุมคุณภาพแล้ว จะได้ลำดับแบบเต็มความยาวที่ไม่ใช่ไคเมอริก (FLNC) และลำดับคอนเซนซัสจะถูกแมปไปยังจีโนมอ้างอิงเพื่อกำจัดทรานสคริปต์ที่ซ้ำซ้อน จากชุดทรานสคริปต์นี้ จะทำการวัดปริมาณการแสดงออกและระบุยีนและทรานสคริปต์ที่มีการแสดงออกแตกต่างกัน พร้อมทั้งระบุหน้าที่การทำงาน กระบวนการนี้ยังรวมถึงการวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชันทางเลือก (APA), การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือก, การวิเคราะห์ลำดับซ้ำแบบง่าย (SSR), การทำนาย lncRNA และเป้าหมายที่เกี่ยวข้อง, การทำนายลำดับการเข้ารหัส (CDS), การวิเคราะห์ตระกูลยีน, การวิเคราะห์ปัจจัยการถอดรหัส, การทำนายยีนใหม่ และการระบุหน้าที่ของทรานสคริปต์