BMKCloud Log in
条形banner-03

ข่าว

วิวัฒนาการของจีโนม

จีโนมเดอโนโว
การประกอบ|การกำหนดเพศ งานหาลำดับทั้งหมดและบริการชีวสารสนเทศบางส่วนจัดทำโดย Biomarker Techonologies

เชิงนามธรรม

ฟีโนไทป์อันเป็นเอกลักษณ์ของมังกรทะเลประกอบด้วยอวัยวะที่มีลักษณะคล้ายใบไม้ ปากท่อที่ไม่มีฟัน และการตั้งครรภ์ของผู้ชายที่เกี่ยวข้องกับการฟักไข่ที่ปฏิสนธิบน “แผ่นกก” ที่เปิดอยู่เราได้ทำการจัดเรียงจีโนมชายและหญิงของมังกรทะเลทั่วไป (Phyllopteryx taeniolatus) และสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดของมัน นั่นคือ ปลาจระเข้จระเข้ (Syngnathoides biaculeatus)โปรไฟล์การถอดความจากความแปลกใหม่เชิงวิวัฒนาการ ส่วนต่อที่คล้ายใบไม้ แสดงให้เห็นว่าชุดของยีนที่มักเกี่ยวข้องกับการพัฒนาครีบได้รับการคัดเลือกร่วมกัน เช่นเดียวกับการเพิ่มประสิทธิภาพของสคริปต์ tran สำหรับการซ่อมแซมเนื้อเยื่อและยีนป้องกันภูมิคุ้มกันพบว่าปลาเซบีริชกลายพันธุ์สำหรับ scpp5 ซึ่งหายไปในซินกนาธิดทั้งหมด พบว่าไม่มีหรือมีฟันคอหอยผิดรูป ซึ่งสนับสนุนสมมติฐานที่ว่าการสูญเสีย scpp5 มีส่วนทำให้สูญเสียฟันในซินกนาธิดมีการระบุสถานที่กำหนดเพศโดยสมมุติซึ่งเข้ารหัสยีน amhr2y เฉพาะตัวผู้ซึ่งมีการแบ่งปันโดยปลามังกรทะเลและปลาปากจระเข้ทั่วไป 

วัสดุและวิธีการ:

วัสดุ

Fมังกรทะเลทั่วไปของเรา (P. taeniolatus) และปลาปากจระเข้สองตัว (S. biaculeatus) ตัวอย่างมังกรทะเลทั่วไปสองตัว (ตัวผู้หนึ่งตัวและตัวเมียหนึ่งตัว) และปลาปิเปฟิชจระเข้สองตัว (ตัวผู้หนึ่งตัวและตัวเมียหนึ่งตัว) ถูกนำมาใช้ในการหาลำดับจีโนมทั้งหมด และมังกรทะเลทั่วไปตัวผู้อีกสองตัวถูกนำมาใช้ในการจัดลำดับจีโนมใหม่

กลยุทธ์การจัดลำดับจีโนม

2ไลบรารี 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (ภาคต่อ) หรือ Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000) การจัดลำดับ และบุคคล Seadragon ทั่วไปตัวผู้อีกสองตัวถูกนำมาใช้สำหรับการจัดลำดับจีโนมใหม่

ลำดับการถอดเสียง

Fหรือมังกรทะเลทั่วไป สมอง ตา เหงือก ตับ หัวใจ ไต น้ำเหลือง ลำไส้ กล้ามเนื้อ ครีบ ผิวหนัง อวัยวะที่มีลักษณะคล้ายใบ อัณฑะ และรังไข่

กลยุทธ์การประกอบจีโนมเดอโนโว

Canu (แก้ไข) + WTDBG2 (ชุดประกอบ) + Pilon(โปแลนด์) + Lachesis (Hi-C)

ผลลัพธ์หลัก

รูปที่-1.-ลักษณะเด่นของมังกรทะเลทั่วไป-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S

รูปที่ 1 ลักษณะสำคัญของมังกรทะเลทั่วไป (P. taeniolatus) และปลาปากจระเข้ (S. biaculeatus) และตำแหน่งทางสายวิวัฒนาการ

รูปที่-2.-สัณฐานวิทยาและพันธุกรรม-ส่วนประกอบของใบ-คล้ายมังกรทะเล-P

ภาพที่ 2 สัณฐานวิทยาและการสร้างพันธุกรรมของอวัยวะที่มีลักษณะคล้ายใบในมังกรทะเลทั่วไป (P. taeniolatus)

รูปที่-3.-สมมุติ-เพศกำหนด-ยีน-ใน-ทั่วไป-มังกรทะเล-P.-taeniolatus-และ-จระเข้-pipefish-S.-biaculeatus

ภาพที่ 3 ยีนกำหนดเพศสมมุติในปลามังกรทะเลทั่วไป (P. taeniolatus) และปลาปากจระเข้ (S. biaculeatus)

รูปที่-4

รูปที่ 4 ฟีโนไทป์ของฟันคอหอยในสัตว์กลายพันธุ์แบบโฮโมไซกัสของเซบีริช scpp5


เวลาโพสต์: Jan-08-2022

ส่งข้อความของคุณถึงเรา: