สินค้า

ลำดับ mRNA-Illumina ที่ไม่อ้างอิง

รูปภาพเด่นของลำดับ mRNA-Illumina แบบไม่อิงการอ้างอิง

การจัดลำดับ mRNA ใช้เทคนิคการจัดลำดับยุคถัดไป (NGS) เพื่อจับตัวรับสาร RNA (mRNA) ในรูปแบบยูคาริโอตในช่วงเวลาที่กำหนดซึ่งมีการเปิดใช้งานฟังก์ชันพิเศษบางอย่างการต่อเทปที่ยาวที่สุดเรียกว่า 'Unigene' และใช้เป็นลำดับอ้างอิงสำหรับการวิเคราะห์ในภายหลัง ซึ่งเป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพในการศึกษากลไกระดับโมเลกุลและเครือข่ายกฎระเบียบของสปีชีส์โดยไม่ต้องอ้างอิง

หลังจากแอสเซมบลีข้อมูลการถอดเสียงและคำอธิบายประกอบการทำงานของยีนเดียว

(1) การวิเคราะห์ SSR การทำนาย CDS และโครงสร้างยีนจะถูกจัดทำขึ้นล่วงหน้า

(2) จะดำเนินการหาปริมาณของการแสดงออกของยีนในแต่ละตัวอย่าง

(3) ยูนิยีนที่แสดงความแตกต่างระหว่างตัวอย่าง (หรือกลุ่ม) จะถูกค้นพบโดยอิงจากการแสดงออกของยีนเดียว

(4) การทำคลัสเตอร์ คำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชัน และการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของยูนิยีนที่แสดงออกแตกต่างกันจะถูกดำเนินการ

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ชีวสารสนเทศศาสตร์

ผลการสาธิต

กรณีศึกษา

คุณสมบัติ

● เป็นอิสระจากจีโนมอ้างอิงใดๆ

● ข้อมูลนี้สามารถนำไปใช้ในการวิเคราะห์โครงสร้างและการแสดงออกของข้อความถอดเสียง

● ระบุไซต์การตัดตัวแปร

ข้อดีของการบริการ

● การส่งมอบผลลัพธ์ตาม BMKCloud: ผลลัพธ์จะถูกส่งเป็นไฟล์ข้อมูลและรายงานเชิงโต้ตอบผ่านแพลตฟอร์ม BMKCloud ซึ่งช่วยให้อ่านผลลัพธ์การวิเคราะห์ที่ซับซ้อนและการขุดข้อมูลแบบกำหนดเองได้อย่างง่ายดายบนพื้นฐานของการวิเคราะห์ชีวสารสนเทศศาสตร์มาตรฐาน

● บริการหลังการขาย: บริการหลังการขายจะมีอายุการใช้งาน 3 เดือนเมื่อโครงการเสร็จสิ้น รวมถึงการติดตามโครงการ การแก้ไขปัญหา การถามตอบผลลัพธ์ ฯลฯ

ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง

ข้อกำหนดตัวอย่าง:

นิวคลีโอไทด์:

ความเข้มข้น(ng/μl)

ปริมาณ (ไมโครกรัม)

ความบริสุทธิ์

ความซื่อสัตย์

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

โอดี260/230=0.5-2.5

มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล

สำหรับพืช: RIN≥6.5;

สำหรับสัตว์: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

ระดับความสูงพื้นฐานที่จำกัดหรือไม่มีเลย

เนื้อเยื่อ: น้ำหนัก(แห้ง): ≥1 g
*สำหรับเนื้อเยื่อที่มีขนาดเล็กกว่า 5 มก. เราแนะนำให้ส่งตัวอย่างเนื้อเยื่อแช่แข็งแบบแฟลช (ในไนโตรเจนเหลว)

การระงับเซลล์: จำนวนเซลล์ = 3 × 10⁷
*เราแนะนำให้จัดส่งไลเซทเซลล์แช่แข็งในกรณีที่เซลล์นั้นนับน้อยกว่า 5×10⁵แนะนำให้ใช้แฟลชแช่แข็งในไนโตรเจนเหลว

ตัวอย่างเลือด:
PA ×ยีนBloodRNATube;
เลือด 6 มล.ไตรโซล และ 2 มล.(ไตรโซล:เลือด=3:1)

การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ

คอนเทนเนอร์:
หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม+ทำซ้ำ เช่น A1, A2, A3;บี1 บี2 บี3......

การจัดส่ง:
1.น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงและฝังในน้ำแข็งแห้ง
2.หลอด RNAstable: ตัวอย่าง RNA สามารถทำให้แห้งในหลอดรักษาเสถียรภาพ RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งในอุณหภูมิห้อง

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การออกแบบการทดลอง

การจัดส่งตัวอย่าง

การสกัดอาร์เอ็นเอ

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: ลำดับแบบไม่เข้ารหัสแบบยาว - อิลลูมินา

ต่อไป: ลำดับยูคาริโอต mRNA-อิลลูมินา

ชีวสารสนเทศศาสตร์

1.mRNA (denovo) หลักการประกอบ

โดย Trinity การอ่านจะถูกแบ่งออกเป็นชิ้นเล็กๆ ที่เรียกว่า K-merจากนั้น K-mers เหล่านี้จะถูกใช้เป็นเมล็ดพืชเพื่อขยายไปยัง contigs และส่วนประกอบตามการทับซ้อนกันของ contigในที่สุด De Bruijn ก็ถูกนำมาใช้ที่นี่เพื่อจดจำการถอดเสียงในส่วนประกอบต่างๆ

mRNA- (เดอโนโว) - ภาพรวมของทรินิตี้

mRNA (เดอโนโว) ภาพรวมของ Trinity

2.mRNA (เดอโนโว) การกระจายตัวของระดับการแสดงออกของยีน

RNA-Seq สามารถประมาณค่าการแสดงออกของยีนที่มีความไวสูงได้โดยปกติ ช่วงที่ตรวจพบได้ของนิพจน์การถอดเสียง FPKM จะอยู่ในช่วงตั้งแต่ 10^-2 ถึง 10^6

mRNA- (เดอโนโว) - การกระจายตัวของ FPKM- ความหนาแน่นในแต่ละตัวอย่าง

mRNA (เดอโนโว) การกระจายความหนาแน่นของ FPKM ในแต่ละตัวอย่าง

3.mRNA (เดอโนโว) GO การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของ DEG

ฐานข้อมูล GO (Gene Ontology) เป็นระบบคำอธิบายประกอบทางชีวภาพที่มีโครงสร้างซึ่งประกอบด้วยคำศัพท์มาตรฐานเกี่ยวกับการทำงานของยีนและผลิตภัณฑ์ยีนประกอบด้วยหลายระดับ โดยยิ่งระดับต่ำ ฟังก์ชันก็จะมีความเฉพาะเจาะจงมากขึ้นเท่านั้น

mRNA- (เดอโนโว) -GO-การจำแนกประเภทของ DEGs ที่ระดับที่สอง

การจำแนกประเภท mRNA (เดอโนโว) GO ของ DEG ในระดับที่สอง

คดีบีเอ็มเค

การวิเคราะห์การถอดเสียงของการเผาผลาญซูโครสระหว่างการบวมของกระเปาะและการพัฒนาในหัวหอม (Allium cepa L.)

ที่ตีพิมพ์: พรมแดนด้านพืชศาสตร์,2016

กลยุทธ์การจัดลำดับ

อิลลูมินา HiSeq2500

การเก็บตัวอย่าง

การศึกษานี้ใช้พันธุ์ Utah Yellow Sweet Spain “Y1351”จำนวนตัวอย่างที่เก็บได้คือ
วันที่ 15 หลังจากการบวม (DAS) ของกระเปาะ (เส้นผ่านศูนย์กลาง 2 ซม. และน้ำหนัก 3–4 กรัม), DAS ครั้งที่ 30 (เส้นผ่านศูนย์กลาง 5 ซม. และน้ำหนัก 100–110 กรัม) และ ∼3 บน DAS ที่ 40 (เส้นผ่านศูนย์กลาง 7 ซม. และ 260–300 กรัม)

ผลลัพธ์ที่สำคัญ

1. ในแผนภาพเวนน์ ตรวจพบ DEG ทั้งหมด 146 DEG ตลอดระยะการพัฒนาทั้งสามคู่
2. “การขนส่งคาร์โบไฮเดรตและเมแทบอลิซึม” มีเพียง 585 ยูนิยีนเท่านั้น (เช่น 7% ของ COG ที่มีคำอธิบายประกอบ)
3.Unigenes ประสบความสำเร็จในการใส่คำอธิบายประกอบลงในฐานข้อมูล GO ถูกแบ่งออกเป็นสามประเภทหลักสำหรับสามขั้นตอนที่แตกต่างกันของการพัฒนาหลอดไฟส่วนใหญ่ที่อยู่ในหมวดหมู่หลัก "กระบวนการทางชีวภาพ" คือ "กระบวนการเมตาบอลิซึม" ตามด้วย "กระบวนการเซลล์"ในหมวดหมู่หลักของ "ฟังก์ชันโมเลกุล" สองหมวดหมู่ที่แสดงมากที่สุดคือ "การจับ" และ "กิจกรรมการเร่งปฏิกิริยา"

ฮิสโตแกรมของการจำแนกกลุ่มของกลุ่มออร์โธโลจีส (COG)

ฮิสโตแกรมของการจำแนกยีนภววิทยา (GO) สำหรับยูนิยีนที่ได้มาจากหลอดไฟในสามขั้นตอนการพัฒนา

แผนภาพเวนน์แสดงยีนที่แสดงออกอย่างแตกต่างในการพัฒนาหัวหัวหอมในสองขั้นตอนใดๆ

อ้างอิง

จางซี, จางเอช, จางซี, และคณะการวิเคราะห์การถอดเสียงของการเผาผลาญซูโครสระหว่างการบวมของกระเปาะและการพัฒนาในหัวหอม (Allium cepa L.)[J]พรมแดนทางพืชศาสตร์, 2016, 7:1425-ดอย: 10.3389/fpls.2016.01425