การจัดลำดับ mRNA โดยไม่อ้างอิง (Non-Reference based mRNA Sequencing-NGS)
คุณสมบัติ
● การดักจับโพลีเอ็มอาร์เอ็นเอ ก่อนการเตรียมไลบรารี
● ไม่ขึ้นอยู่กับจีโนมอ้างอิงใดๆ: สร้างขึ้นจากการประกอบทรานสคริปต์แบบ de novo และสร้างรายการยีนเดี่ยวที่มีคำอธิบายประกอบจากฐานข้อมูลหลายแห่ง (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุมเกี่ยวกับการแสดงออกของยีนและโครงสร้างของทรานสคริปต์
ข้อดีของการบริการ
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางด้วยประสบการณ์ในการประมวลผลตัวอย่างกว่า 600,000 ตัวอย่างที่ BMKGENE ครอบคลุมตัวอย่างหลากหลายประเภท เช่น เซลล์เพาะเลี้ยง เนื้อเยื่อ และของเหลวในร่างกาย ทีมงานของเราจึงนำประสบการณ์มากมายมาสู่ทุกโครงการ เราประสบความสำเร็จในการปิดโครงการ mRNA-Seq กว่า 100,000 โครงการในสาขาการวิจัยต่างๆ
●การควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวดเราใช้จุดควบคุมหลักในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การเตรียมตัวอย่างและไลบรารี ไปจนถึงการจัดลำดับดีเอ็นเอและการวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวสารสนเทศ การตรวจสอบอย่างพิถีพิถันนี้ช่วยให้มั่นใจได้ว่าผลลัพธ์ที่ได้จะมีคุณภาพสูงอย่างสม่ำเสมอ
● คำอธิบายประกอบอย่างครอบคลุมเราใช้ฐานข้อมูลหลายแห่งเพื่อระบุหน้าที่การทำงานของยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs) และทำการวิเคราะห์การเสริมคุณค่าที่เกี่ยวข้อง ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับกระบวนการระดับเซลล์และโมเลกุลที่อยู่เบื้องหลังการตอบสนองของทรานสคริปโตม
●บริการหลังการขายความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่เพียงการเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และจัดช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดและวิธีการจัดส่งตัวอย่าง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| อุดมด้วยโพลีเอ | อิลลูมินา พีอี150 ดีเอ็นบีเอสคิว-ที7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
ตัวอย่างข้อกำหนด:
นิวคลีโอไทด์:
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ไม่พบการปนเปื้อนของโปรตีนหรือดีเอ็นเอในเจล หรือพบเพียงเล็กน้อย | สำหรับพืช: RIN≥4.0; สำหรับสัตว์: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานจำกัดหรือไม่มีเลย |
● พืช:
ราก ลำต้น หรือกลีบดอก: 450 มก.
ใบหรือเมล็ด: 300 มก.
ผลไม้: 1.2 กรัม
● สัตว์:
หัวใจหรือลำไส้: 300 มก.
อวัยวะภายในหรือสมอง: 240 มก.
กล้ามเนื้อ: 450 มก.
กระดูก เส้นผม หรือผิวหนัง: 1 กรัม
● สัตว์ขาปล้อง:
แมลง: 6 กรัม
กุ้งและปู: 300 มก.
● เลือดครบส่วน: 1 หลอด
● เซลล์: 106 เซลล์
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
ภาชนะ: หลอดเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์อลูมิเนียม)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม + ตัวอย่างซ้ำ เช่น A1, A2, A3; B1, B2, B3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างต้องบรรจุในถุงและฝังไว้ในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอดเก็บรักษา RNA: สามารถนำตัวอย่าง RNA ไปอบแห้งในหลอดเก็บรักษา RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งที่อุณหภูมิห้องได้
ขั้นตอนการให้บริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัด RNA
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ชีวสารสนเทศ
การประกอบทรานสคริปโตมและการคัดเลือกยีนเดี่ยว
การระบุยีนเดี่ยว
การหาความสัมพันธ์ของตัวอย่างและการประเมินตัวอย่างซ้ำทางชีวภาพ
ยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกัน (DEGs)
การระบุหน้าที่ของยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs)
การเสริมคุณค่าเชิงหน้าที่ของยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการการจัดลำดับ mRNA ด้วยเทคโนโลยี NGS ของยูคาริโอตจาก BMKGene ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Shen, F. และคณะ (2020) 'การประกอบทรานสคริปโตมแบบ de novo และการแสดงออกของยีนที่ลำเอียงตามเพศในอวัยวะสืบพันธุ์ของปลาแคทฟิชอะมูร์ (Silurus asotus)' Genomics, 112(3), หน้า 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026
Zhang, C. และคณะ (2016) 'การวิเคราะห์ทรานสคริปโตมของการเผาผลาญซูโครสระหว่างการบวมและการพัฒนาของหัวหอม (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(กันยายน), หน้า 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. และคณะ (2017) 'การประกอบแบบ de novo การกำหนดลักษณะและการระบุคำอธิบายประกอบสำหรับทรานสคริปโตมของ Sarcocheilichthys sinensis' PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966
Zou, L. และคณะ (2021) 'การวิเคราะห์ทรานสคริปโตมแบบ de novo ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความทนทานต่อเกลือของ Podocarpus macrophyllus ภายใต้ความเครียดจากความเค็ม' BMC Plant Biology, 21(1), หน้า 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9
