PacBio 2+3 สารละลาย mRNA ความยาวเต็ม
คุณสมบัติ
● การออกแบบการศึกษา:
ตัวอย่างรวมถูกจัดลำดับด้วย PacBio เพื่อระบุไอโซฟอร์มของทรานสคริปต์
ตัวอย่างแยกกัน (ตัวอย่างซ้ำและเงื่อนไขที่จะทดสอบ) ที่ได้รับการจัดลำดับด้วยNGS เพื่อหาปริมาณการแสดงออกของยีน
● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเทคโนโลยี PacBio ในโหมด CCS สร้างข้อมูลการอ่านที่มีความละเอียดสูง (HiFi reads)
● การจัดลำดับนิวคลีโอไทด์ของทรานสคริปต์แบบเต็มความยาว
● การวิเคราะห์ไม่จำเป็นต้องใช้จีโนมอ้างอิง แต่ก็สามารถนำมาใช้ได้
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศไม่เพียงแต่รวมถึงการแสดงออกในระดับยีนและไอโซฟอร์มเท่านั้น แต่ยังรวมถึงการวิเคราะห์ lncRNA, การรวมตัวของยีน, การเติมหมู่โพลีอะดีนีน และโครงสร้างของยีนด้วย
ข้อดี
● ความแม่นยำสูง: HiFi อ่านข้อมูลด้วยความแม่นยำ >99.9% (Q30) เทียบเท่ากับ NGS
● การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือกการจัดลำดับนิวคลีโอไทด์ของทรานสคริปต์ทั้งหมดช่วยให้สามารถระบุและจำแนกลักษณะของไอโซฟอร์มได้
● การผสานจุดแข็งของ PacBio และ NGS เข้าด้วยกัน: วิธีนี้ช่วยให้สามารถวัดปริมาณการแสดงออกในระดับไอโซฟอร์มได้ ซึ่งเผยให้เห็นการเปลี่ยนแปลงที่อาจถูกบดบังเมื่อวิเคราะห์การแสดงออกของยีนทั้งหมด
● ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางเราได้ดำเนินการวิเคราะห์ตัวอย่างมาแล้วกว่า 2,300 ตัวอย่าง ทีมงานของเรามีประสบการณ์มากมายในทุกโครงการ
● บริการหลังการขายความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่เพียงการเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และจัดช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดและวิธีการจัดส่งตัวอย่าง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ไลบรารี CCS mRNA ที่อุดมด้วย PolyA | PacBio Sequel II ปาคไบโอ เรวิโอ | 20/40 GB 5/10 ม. ซีซีเอส | Q30≥85% |
| อุดมด้วยโพลีเอ | อิลลูมินา พีอี150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
นิวคลีโอไทด์
|
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ห้องสมุดอิลลูมินา | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ไม่พบการปนเปื้อนของโปรตีนหรือดีเอ็นเอในเจล หรือพบเพียงเล็กน้อย | สำหรับพืช: RIN≥4.0; สำหรับสัตว์: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานจำกัดหรือไม่มีเลย |
| ห้องสมุด PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ไม่พบการปนเปื้อนของโปรตีนหรือดีเอ็นเอในเจล หรือพบเพียงเล็กน้อย | พืช: RIN≥7.5 สัตว์: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานจำกัดหรือไม่มีเลย |
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
ภาชนะ: หลอดเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์อลูมิเนียม)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม + ตัวอย่างซ้ำ เช่น A1, A2, A3; B1, B2, B3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง:ตัวอย่างต้องบรรจุในถุงและฝังไว้ในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอดเก็บรักษา RNA: สามารถนำตัวอย่าง RNA ไปอบแห้งในหลอดเก็บรักษา RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งที่อุณหภูมิห้องได้
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
- ข้อมูลดิบ
- การควบคุมคุณภาพ
- การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชันทางเลือก (APA)
- การวิเคราะห์ทรานสคริปต์ฟิวชั่น
- การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือก
- การวิเคราะห์มาตรฐาน Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
- การวิเคราะห์ทรานสคริปต์แบบใหม่: การทำนายลำดับการเข้ารหัส (CDS) และการระบุหน้าที่การทำงาน
- การวิเคราะห์ lncRNA: การทำนาย lncRNA และเป้าหมาย
- การระบุด้วยไมโครดาวเทียม (SSR)
- การวิเคราะห์ทรานสคริปต์ที่แสดงออกแตกต่างกัน (DETs)
- การวิเคราะห์ยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs)
- การระบุหน้าที่ของยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs) และทรานสคริปต์ที่แสดงออกแตกต่างกัน (DETs)
การวิเคราะห์ BUSCO
การวิเคราะห์การตัดต่อทางเลือก
การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชันทางเลือก (APA)
การวิเคราะห์ยีนและทรานสคริปต์ที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs และ DETs9)
เครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนของ DETs และ DEGs
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากเทคโนโลยีการจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว PacBio 2+3 ของ BMKGene ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Chao, Q. และคณะ (2019) 'พลวัตการพัฒนาของทรานสคริปโตมลำต้นของ Populus'วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 17(1), หน้า 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. และคณะ (2022) 'การเปลี่ยนแปลงแบบไดนามิกของปริมาณกรดแอสคอร์บิกในระหว่างการพัฒนาและการสุกของผลไม้ Actinidia latifolia (พืชผลไม้ที่มีแอสคอร์เบตสูง) และกลไกโมเลกุลที่เกี่ยวข้อง'วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ, 23(10), น. 5808. ดอย: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. และคณะ (2022) 'การทำนายที่มีประสิทธิภาพของยีนเส้นทางการสังเคราะห์ทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับโพลีฟิลลินที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพใน Paris polyphylla'ชีววิทยาการสื่อสาร2022 5:1, 5(1), หน้า 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์ทรานสคริปโตมและยีนไซโตโครม P450 ของ Tuta absoluta (Meyrick) โดยใช้ PacBio Iso-Seq และ Illumina RNA-Seq ร่วมกัน'แมลง, 14(4), หน้า 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun และคณะ (2019) 'การสำรวจความซับซ้อนของทรานสคริปโตมโดยใช้การวิเคราะห์แบบเรียลไทม์ระดับโมเลกุลเดี่ยว PacBio ร่วมกับการจัดลำดับ RNA ของ Illumina เพื่อความเข้าใจที่ดีขึ้นเกี่ยวกับการสังเคราะห์กรดริซิโนเลอิกใน Ricinus communis'บีเอ็มซี จีโนมิกส์, 20(1), หน้า 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
