Pacbio ทรานสคริปโตมแบบเต็มความยาว

การจัดลำดับจีโนมแบบเต็มความยาวของ PacBio หรือ Isoseq ช่วยให้สามารถระบุไอโซฟอร์มของทรานสคริปต์ได้อย่างแม่นยำ ทำให้เข้าใจถึงการเติมหมู่โพลีอะดีนีนและการตัดต่อแบบทางเลือก และนำไปสู่การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่แม่นยำยิ่งขึ้น ไปป์ไลน์ BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome ออกแบบมาเพื่อวิเคราะห์ไลบรารี cDNA ที่จัดลำดับในโหมด Circular Consensus Sequencing (CCS) และระบุลำดับ Full-Length Non-Chimeric (FLNC) ซึ่งจะถูกจัดกลุ่มเป็นทรานสคริปต์ที่ไม่ซ้ำกัน จากนั้นการวิเคราะห์ BUSCO จะประเมินความสมบูรณ์ของการประกอบทรานสคริปต์ จากการประกอบทรานสคริปต์ จะมีการวิเคราะห์หลายอย่าง ได้แก่ การตัดต่อแบบทางเลือก ลำดับซ้ำแบบง่าย (SSR) การทำนาย lncRNA และยีนเป้าหมายที่เกี่ยวข้อง การทำนายยีนใหม่ การวิเคราะห์ตระกูลยีน การวิเคราะห์ปัจจัยการถอดรหัส และการระบุหน้าที่ของทรานสคริปต์