การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของพืช/สัตว์
คุณสมบัติของบริการ
เดอ โนโว
เทคนิคนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับจีโนมที่ซับซ้อน เช่น จีโนมที่มีความแตกต่างทางพันธุกรรมสูง บริเวณที่มีลำดับซ้ำ จีโนมโพลีโพลอยด์ หรือจีโนมที่มีปริมาณ CG ผิดปกติ เป็นต้น
โซลูชันแบบครบวงจรของเราให้บริการการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบบูรณาการและการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศที่ให้จีโนมที่ประกอบขึ้นใหม่คุณภาพสูง การสำรวจจีโนมเบื้องต้นด้วย Illumina ให้ค่าประมาณขนาดและความซับซ้อนของจีโนม และข้อมูลนี้จะถูกนำไปใช้เป็นแนวทางในการดำเนินการขั้นตอนต่อไปคือการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านยาวด้วย PacBio HiFi ตามด้วยเดอ โนโวการประกอบคอนติ๊ก การใช้การประกอบแบบ HiC ในขั้นตอนต่อมาช่วยให้สามารถยึดคอนติ๊กเข้ากับจีโนม ทำให้ได้การประกอบในระดับโครโมโซม สุดท้าย จีโนมจะได้รับการระบุรายละเอียดโดยการทำนายยีนและโดยการลำดับยีนที่แสดงออก โดยอาศัยทรานสคริปโตมที่มีทั้งลำดับสั้นและลำดับยาว
-- การบูรณาการบริการลำดับดีเอ็นเอและชีวสารสนเทศหลายประเภทเข้าไว้ในโซลูชันเดียวบริการที่เหมาะสมสำหรับการสร้างนวนิยาย
-- จีโนม หรือการปรับปรุงจีโนมอ้างอิงที่มีอยู่แล้วสำหรับสายพันธุ์ที่สนใจ
การจัดลำดับใหม่
-- การเตรียมไลบรารีสามารถทำได้ทั้งแบบมาตรฐานหรือแบบไม่ต้องใช้ PCR
-- มีให้เลือกใช้ใน 4 แพลตฟอร์มการจัดลำดับดีเอ็นเอ: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 หรือ PacBio Revio
-- การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศที่เน้นการระบุความแปรผันทางพันธุกรรม: SNP, InDel, SV และ CNV
ข้อดีของการบริการ
●มีความเชี่ยวชาญและผลงานตีพิมพ์มากมาย: สำหรับเดอ โนโวด้วยบริการของเรา เราได้สั่งสมประสบการณ์มากมายในการประกอบจีโนมคุณภาพสูงของสิ่งมีชีวิตหลากหลายชนิด รวมถึงจีโนมแบบดิพลอยด์และจีโนมที่ซับซ้อนสูงของสิ่งมีชีวิตแบบโพลีพลอยด์และอัลโลโพลีพลอยด์ ตั้งแต่ปี 2018 เราได้มีส่วนร่วมในสิ่งพิมพ์ที่มีผลกระทบสูงกว่า 300 ฉบับ และมากกว่า 20 ฉบับได้รับการตีพิมพ์ในวารสาร Nature Genetics จากการจัดลำดับจีโนมใหม่ เราได้รวบรวมข้อมูลมากกว่า 1,000 สปีชีส์ ซึ่งส่งผลให้มีการตีพิมพ์ผลงานวิจัยมากกว่า 1,000 เรื่อง โดยมีค่าดัชนีผลกระทบสะสมมากกว่า 5,000
●โซลูชันแบบครบวงจร: บนเดอ โนโวด้วยวิธีการแบบบูรณาการของเรา เราจึงนำเทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอหลายประเภทและการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศมาผสานรวมกันเป็นขั้นตอนการทำงานที่สอดคล้องกัน ส่งผลให้ได้จีโนมที่ประกอบขึ้นอย่างมีคุณภาพสูง
●ปรับแต่งให้เหมาะกับความต้องการของคุณกระบวนการทำงานบริการของเราสามารถปรับแต่งได้ ทำให้สามารถปรับใช้กับจีโนมที่มีลักษณะหลากหลายและความต้องการวิจัยเฉพาะด้านได้
●ทีมงานผู้เชี่ยวชาญด้านชีวสารสนเทศและห้องปฏิบัติการที่มีทักษะสูงไม่ว่าจะเป็นเพื่ออะไรก็ตามเดอ โนโวไม่ว่าจะเป็นการจัดลำดับดีเอ็นเอใหม่หรือการจัดลำดับซ้ำ ทีมงานของเรามีเครื่องมือและองค์ความรู้ที่เชี่ยวชาญเพื่อรับประกันความสำเร็จของโครงการ ซึ่งสามารถยืนยันได้จากสิทธิบัตรและลิขสิทธิ์ซอฟต์แวร์จำนวนมากที่พวกเขาได้พัฒนาขึ้น
● บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่เพียงการเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และจัดช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
●การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุมรวมถึงการเรียกใช้ฟังก์ชันแบบต่างๆ และการระบุฟังก์ชัน
●คำอธิบายประกอบที่ครอบคลุมสำหรับการจัดลำดับเราใช้ฐานข้อมูลหลายแห่งเพื่อระบุหน้าที่การทำงานของยีนที่มีการเปลี่ยนแปลง และทำการวิเคราะห์การเสริมคุณค่าที่เกี่ยวข้อง ซึ่งจะช่วยให้ได้ข้อมูลเชิงลึกสำหรับโครงการวิจัยของคุณ
ข้อกำหนดบริการ
| ตัวแปรที่จะต้องระบุ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ความลึกที่แนะนำ |
| SNP และ InDel | อิลลูมินา โนวาเซค พีอี150 หรือ MGI T7 | 10x |
| SV และ CNV (ความแม่นยำน้อยกว่า) | 30x | |
| SV และ CNV (แม่นยำกว่า) | นาโนพอร์ พรอม พี48 | 20x |
| SNP, Indel, SV และ CNV | ปาคไบโอ เรวิโอ | 10x |
ตัวอย่างข้อกำหนด
| เนื้อเยื่อหรือกรดนิวคลีอิกที่สกัดแล้ว | อิลลูมินา/เอ็มจีไอ | Nanopore (ไลบรารีขนาด 8 กิโลไบต์) | PacBio (คลังข้อมูลขนาด 15 KB)
| ||
| เครื่องในสัตว์ | ≥ 0.2 กรัม | ≥ 0.5 กรัม | ≥ 1 กรัม
| ||
| กล้ามเนื้อสัตว์ | |||||
| เลือดของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม | ≥ 0.3 มล. | ≥ 0.5 มล.
| ≥ 1 มล.
| ||
| เลือดสัตว์ปีก/ปลา | ≥ 0.05 มล. | ≥ 0.1 มล.
| ≥ 0.1 มล.
| ||
| พืช - ใบไม้สด | ≥ 0.5 กรัม | ≥ 1 กรัม
| ≥ 2 กรัม
| ||
| เซลล์เพาะเลี้ยง | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| เนื้อเยื่ออ่อนของแมลง/แต่ละตัว | ≥ 0.2 กรัม | ≥ 0.3 กรัม
| ≥ 1 กรัม
| ||
| สิ่งมีชีวิตในน้ำ - เนื้อเยื่อกล้ามเนื้อ | ≥ 0.3 กรัม | ≥ 1 กรัม | ≥ 1.5 กรัม | ||
| สิ่งมีชีวิตในน้ำ - สาหร่าย | ≥ 0.5 กรัม | ≥ 1.5 กรัม | ≥ 3 กรัม | ||
| ดีเอ็นเอที่สกัดแล้ว
| ความเข้มข้น: ≥ 1 นาโนกรัม/ไมโครลิตร ปริมาณ: ≥ 30 นาโนกรัม การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนมีน้อยหรือไม่มีเลย
| ความเข้มข้น จำนวน
OD260/280
OD260/230
การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนมีน้อยหรือไม่มีเลย
| ≥ 40 นาโนกรัม/ไมโครลิตร 2 ไมโครกรัม/เซลล์ไหล/ตัวอย่าง
1.7 - 2.2
1.5 - 3.0 | ความเข้มข้น จำนวน
OD260/280
OD260/230
การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนมีน้อยหรือไม่มีเลย | ≥ 50 นาโนกรัม/ไมโครลิตร 8 ไมโครกรัม/เซลล์ไหล/ตัวอย่าง
1.7 - 2.2
1.8 - 2.5 |
| การเตรียมไลบรารีโดยไม่ต้องใช้ PCR: ความเข้มข้น ≥ 40 นาโนกรัม/ไมโครลิตร ปริมาณ ≥ 500 นาโนกรัม | |||||
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัดดีเอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
การส่งข้อมูล
เดอ โนโวท่อส่งข้อมูลชีวสารสนเทศ
หากคุณต้องการดูภาพรวมของกระบวนการประกอบชิ้นส่วนต่างๆ ของเรา:
การวิเคราะห์ข้อมูลชีวภาพอย่างครบถ้วน แบ่งออกเป็น 4 ขั้นตอน:
1. การสำรวจจีโนมโดยใช้การวิเคราะห์ k-mer จากข้อมูล NGSมันจะให้ข้อมูลเกี่ยวกับ:
- การประมาณขนาดจีโนม
- การประมาณค่าเฮเทอโรไซโกซิตี
- การประมาณพื้นที่ซ้ำซ้อน
2. การประกอบจีโนมด้วย PacBio HiFiการใช้บทความอ่านยาวจะทำให้เราได้ผลลัพธ์ดังนี้:
- เดอ โนโวการประกอบ
- การประเมินการประกอบจีโนม: รวมถึงการวิเคราะห์ BUSCO เพื่อตรวจสอบความสมบูรณ์ของจีโนมและการจับคู่ข้อมูล NGS และ PacBio HiFi กลับคืนมา
3. การประกอบ Hi-Cเมื่อเราได้ลำดับจีโนมแล้ว การมีข้อมูลเกี่ยวกับโครงสร้างสามมิติของจีโนมจะช่วยเพิ่มพูนความรู้และเสริมคุณค่าให้กับจีโนมอ้างอิงที่เรากำลังสร้างขึ้น
- การตรวจสอบคุณภาพไลบรารี Hi-C เพื่อประเมินปฏิสัมพันธ์ Hi-C ที่ถูกต้อง
- การประกอบลำดับดีเอ็นเอด้วยวิธี Hi-C เราจะทำการจัดกลุ่มคอนติ๊กเป็นกลุ่มๆ จากนั้นจึงจัดลำดับคอนติ๊กภายในแต่ละกลุ่มและกำหนดทิศทางของคอนติ๊ก
- การประเมิน Hi-C
4. การระบุตำแหน่งยีนในจีโนม:
- การทำนาย RNA ที่ไม่เข้ารหัส
- การระบุลำดับซ้ำ (ทรานสโพซอนและลำดับซ้ำแบบเรียงต่อกัน)
- การทำนายยีน
- เดอ โนโวอัลกอริทึมแบบ ab initio
- โดยอิงตามความคล้ายคลึงกัน
- อ้างอิงจากทรานสคริปโตม โดยใช้ลำดับการอ่านแบบยาวและสั้น: ลำดับการอ่านคือเดอ โนโวประกอบหรือแมปเข้ากับร่างจีโนม
- การระบุคำอธิบายประกอบของยีนที่คาดการณ์ไว้โดยใช้ฐานข้อมูลหลายแห่ง
การจัดลำดับใหม่ท่อส่งข้อมูลชีวสารสนเทศ
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
- การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
- สถิติการจัดเรียงเทียบกับจีโนมอ้างอิง
- การระบุความแปรผัน: SNP, InDel, SV และ CNV
- การระบุหน้าที่ของตัวแปรทางพันธุกรรม
สถิติการจัดเรียงเทียบกับจีโนมอ้างอิง – การกระจายความลึกของการลำดับดีเอ็นเอ
การระบุ SNP ในตัวอย่างหลายตัวอย่าง
การระบุ InDel – สถิติความยาวของ InDel ในบริเวณ CDS และบริเวณทั่วทั้งจีโนม
การกระจายตัวของตัวแปรต่างๆ ทั่วทั้งจีโนม – แผนภาพเซอร์โคส
การระบุหน้าที่ของยีนที่มีการกลายพันธุ์ที่ตรวจพบ – ออนโทโลยีของยีน
Chai, Q. และคณะ (2023) 'กลูตาไธโอน เอส-ทรานสเฟอเรส GhTT19 กำหนดการสร้างเม็ดสีกลีบดอกไม้โดยการควบคุมการสะสมแอนโทไซยานินในฝ้าย'วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 21(2), น. 433. ดอย: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'จีโนมระดับโครโมโซมของยางพาราป่า Hevea brasiliensis ให้เครื่องมือใหม่สำหรับการปรับปรุงพันธุ์โดยใช้จีโนมและตำแหน่งทางพันธุกรรมที่มีค่าเพื่อเพิ่มผลผลิตยางพารา'วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 21(5), หน้า 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. และคณะ (2021) 'ลำดับจีโนมเผยเส้นทางการแพร่กระจายทั่วโลกและชี้ให้เห็นถึงการปรับตัวทางพันธุกรรมแบบบรรจบกันในวิวัฒนาการของม้าน้ำ'การสื่อสารธรรมชาติ, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. และคณะ (2023) 'การเปลี่ยนแปลงโครโมโซมขนาดใหญ่ส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกในระดับจีโนม การปรับตัวเข้ากับสิ่งแวดล้อม และการเกิดสปีชีส์ใหม่ใน Gayal (Bos frontalis)'ชีววิทยาโมเลกุลและวิวัฒนาการ, 40(1). ดอย: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. และคณะ (2023) 'การประกอบจีโนมและการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของเชื้อพันธุ์ข้าวโพดทนแล้งที่โดดเด่น'วารสาร Nature Genetics ปี 202355:3, 55(3), หน้า 496–506. ดอย: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. และคณะ (2023) 'การเปิดเผยวิวัฒนาการของการสังเคราะห์สารอัลคาลอยด์โทรเพนโดยการวิเคราะห์จีโนมสองชุดในวงศ์ Solanaceae'การสื่อสารธรรมชาติ2023 14:1, 14(1), หน้า 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. และคณะ (2022) 'การวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงของจีโนมและการเมทิลเลชั่นในไก่พื้นเมืองของจีนเมื่อเวลาผ่านไปให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการอนุรักษ์สายพันธุ์'ชีววิทยาการสื่อสาร, 5(1), หน้า 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
กรณีศึกษาที่ท้าทาย:
การประกอบเทโลเมียร์ต่อเทโลเมียร์:Fu, A. และคณะ (2023) 'การประกอบจีโนมจากเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ของมะระ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) เผยให้เห็นลักษณะทางพันธุกรรมของการพัฒนาผล องค์ประกอบ และการสุกงอม'การวิจัยด้านพืชสวน, 10(1). ดอย: 10.1093/HR/UHAC228.
การประกอบแฮปโลไทป์:Hu, W. และคณะ (2021) 'จีโนมที่กำหนดโดยอัลลีลเผยให้เห็นความแตกต่างแบบไบอัลลีลระหว่างวิวัฒนาการของมันสำปะหลัง'พืชโมเลกุล, 14(6), หน้า 851–854. ดอย: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
การประกอบจีโนมขนาดใหญ่:หยวน, เจ. และคณะ (2022) 'พื้นฐานทางจีโนมของโครโมโซมขนาดใหญ่และจีโนมขนาดใหญ่ของไม้โบตั๋น Paeonia ostii'การสื่อสารธรรมชาติ2022 13:1, 13(1), หน้า 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
การประกอบจีโนมโพลีพลอยด์:Zhang, Q. และคณะ (2022) 'ข้อมูลเชิงลึกทางจีโนมเกี่ยวกับการลดจำนวนโครโมโซมล่าสุดของอ้อยออโตโพลีพลอยด์ Saccharum spontaneum'วารสาร Nature Genetics ปี 202254:6, 54(6), หน้า 885–896. ดอย: 10.1038/s41588-022-01084-1.
