-
PacBio - การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS แบบเต็มความยาว
แพลตฟอร์ม Amplicon (16S/18S/ITS) พัฒนาขึ้นจากประสบการณ์หลายปีในการวิเคราะห์โครงการความหลากหลายทางจุลชีวิทยา ซึ่งประกอบด้วยการวิเคราะห์พื้นฐานแบบมาตรฐานและการวิเคราะห์แบบเฉพาะบุคคล: การวิเคราะห์พื้นฐานครอบคลุมเนื้อหาการวิเคราะห์หลักของการวิจัยจุลชีวิทยาในปัจจุบัน เนื้อหาการวิเคราะห์มีความหลากหลายและครอบคลุม และผลการวิเคราะห์จะนำเสนอในรูปแบบของรายงานโครงการ; ส่วนการวิเคราะห์แบบเฉพาะบุคคลนั้นมีเนื้อหาที่หลากหลาย สามารถเลือกตัวอย่างและตั้งค่าพารามิเตอร์ได้อย่างยืดหยุ่นตามรายงานการวิเคราะห์พื้นฐานและวัตถุประสงค์การวิจัย เพื่อตอบสนองความต้องการเฉพาะบุคคล ระบบปฏิบัติการ Windows ใช้งานง่ายและรวดเร็ว
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Non-Reference)
แอปพลิเคชันนี้ใช้ข้อมูลการจัดลำดับไอโซฟอร์มของ Pacific Biosciences (PacBio) เป็นอินพุต เพื่อระบุลำดับทรานสคริปต์แบบเต็มความยาว (โดยไม่ต้องประกอบ) โดยการแมปข้อมูลลำดับแบบเต็มความยาวกับจีโนมอ้างอิง ทรานสคริปต์สามารถปรับให้เหมาะสมโดยใช้ยีน ทรานสคริปต์ บริเวณการเข้ารหัส ฯลฯ ที่รู้จัก ในกรณีนี้ จะสามารถระบุโครงสร้าง mRNA ได้แม่นยำยิ่งขึ้น เช่น การตัดต่อทางเลือก ฯลฯ การวิเคราะห์ร่วมกับข้อมูลการจัดลำดับทรานสคริปต์แบบ NGS ช่วยให้การระบุรายละเอียดที่ครอบคลุมมากขึ้นและการวัดปริมาณการแสดงออกในระดับทรานสคริปต์แม่นยำยิ่งขึ้น ซึ่งเป็นประโยชน์อย่างมากต่อการวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกันและการวิเคราะห์การทำงานในขั้นตอนต่อไป
-
ชุดเครื่องมือ
BMKCloud เป็นแพลตฟอร์มชีวสารสนเทศชั้นนำที่ให้บริการแบบครบวงจรสำหรับโครงการด้านจีโนมิกส์ ซึ่งได้รับความไว้วางใจอย่างกว้างขวางจากนักวิจัยในหลากหลายสาขา รวมถึงการแพทย์ การเกษตร สิ่งแวดล้อม ฯลฯ BMKCloud มุ่งมั่นที่จะให้บริการแบบบูรณาการ เชื่อถือได้ และมีประสิทธิภาพ รวมถึงแพลตฟอร์มและเครื่องมือวิเคราะห์ชีวสารสนเทศ ทรัพยากรการคำนวณ ฐานข้อมูลสาธารณะ หลักสูตรชีวสารสนเทศออนไลน์ ฯลฯ BMKCloud มีเครื่องมือชีวสารสนเทศที่ใช้บ่อยหลากหลายประเภท เช่น การระบุตำแหน่งยีน เครื่องมือพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ ncRNA การควบคุมคุณภาพข้อมูล การประกอบ การจัดเรียงลำดับ การสกัดข้อมูล การกลายพันธุ์ สถิติ การสร้างภาพ การวิเคราะห์ลำดับ ฯลฯ
-
อาร์เอ็นเอขนาดเล็ก
RNA ขนาดเล็กเป็น RNA ชนิดสั้นที่ไม่เข้ารหัส มีความยาวเฉลี่ย 18-30 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งรวมถึง miRNA, siRNA และ piRNA มีการรายงานอย่างแพร่หลายว่า RNA ขนาดเล็กเหล่านี้มีส่วนเกี่ยวข้องในกระบวนการทางชีวภาพต่างๆ เช่น การย่อยสลาย mRNA การยับยั้งการแปล การสร้างเฮเทอโรโครมาติน เป็นต้น การวิเคราะห์ลำดับ RNA ขนาดเล็กถูกนำไปประยุกต์ใช้อย่างกว้างขวางในการศึกษาเกี่ยวกับการพัฒนาของสัตว์/พืช โรค ไวรัส และอื่นๆ แพลตฟอร์มการวิเคราะห์ลำดับ RNA ขนาดเล็กประกอบด้วยการวิเคราะห์มาตรฐานและการขุดค้นข้อมูลขั้นสูง บนพื้นฐานของข้อมูล RNA-seq การวิเคราะห์มาตรฐานสามารถระบุและทำนาย miRNA ทำนายยีนเป้าหมายของ miRNA การระบุคำอธิบายประกอบ และการวิเคราะห์การแสดงออก การวิเคราะห์ขั้นสูงช่วยให้สามารถค้นหาและสกัด miRNA ที่กำหนดเอง การสร้างแผนภาพเวนน์ การสร้างเครือข่าย miRNA และยีนเป้าหมายได้
-
NGS-WGS (อิลลูมินา/บีจีไอ)
NGS-WGS เป็นแพลตฟอร์มวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอทั้งจีโนม ซึ่งพัฒนาขึ้นจากประสบการณ์อันยาวนานในด้านเทคโนโลยีไบโอมาร์กเกอร์ แพลตฟอร์มที่ใช้งานง่ายนี้ช่วยให้สามารถส่งเวิร์กโฟลว์การวิเคราะห์แบบบูรณาการได้อย่างรวดเร็วโดยการตั้งค่าพารามิเตอร์พื้นฐานเพียงไม่กี่อย่าง ซึ่งเหมาะสำหรับข้อมูลลำดับดีเอ็นเอที่สร้างจากทั้งแพลตฟอร์ม Illumina และแพลตฟอร์ม BGI แพลตฟอร์มนี้ทำงานบนเซิร์ฟเวอร์ประมวลผลประสิทธิภาพสูง ซึ่งช่วยให้การวิเคราะห์ข้อมูลมีประสิทธิภาพสูงในเวลาอันจำกัด การค้นหาข้อมูลส่วนบุคคลสามารถทำได้บนพื้นฐานของการวิเคราะห์มาตรฐาน รวมถึงการค้นหายีนกลายพันธุ์ การออกแบบไพรเมอร์ PCR เป็นต้น
-
เอ็มอาร์เอ็นเอ (อ้างอิง)
ทรานสคริปโทมคือการเชื่อมโยงระหว่างข้อมูลทางพันธุกรรมในจีโนมและโปรตีโอมของหน้าที่ทางชีวภาพ การควบคุมระดับการถอดรหัสเป็นรูปแบบการควบคุมที่สำคัญที่สุดและได้รับการศึกษาอย่างกว้างขวางที่สุดในสิ่งมีชีวิต การจัดลำดับทรานสคริปโทมสามารถจัดลำดับทรานสคริปโทมได้ทุกช่วงเวลาหรือภายใต้สภาวะใดๆ ด้วยความละเอียดแม่นยำถึงระดับนิวคลีโอไทด์เดียว สามารถสะท้อนระดับการถอดรหัสยีนแบบไดนามิก ระบุและวัดปริมาณทรานสคริปต์ที่หายากและปกติได้พร้อมกัน และให้ข้อมูลโครงสร้างของทรานสคริปต์เฉพาะตัวอย่าง
ในปัจจุบัน เทคโนโลยีการจัดลำดับจีโนม (transcriptome sequencing) ได้ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในด้านการเกษตร การแพทย์ และสาขาการวิจัยอื่นๆ รวมถึงการควบคุมการเจริญเติบโตของสัตว์และพืช การปรับตัวเข้ากับสิ่งแวดล้อม ปฏิสัมพันธ์ของระบบภูมิคุ้มกัน การระบุตำแหน่งยีน วิวัฒนาการทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิต และการตรวจหาเนื้องอกและโรคทางพันธุกรรม
-
เมตาจีโนมิกส์ (NGS)
แพลตฟอร์มการวิเคราะห์นี้ได้รับการออกแบบมาสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลเมตาจีโนมิกส์แบบช็อตกัน โดยอาศัยประสบการณ์หลายปี ประกอบด้วยเวิร์กโฟลว์แบบบูรณาการที่ครอบคลุมการวิเคราะห์เมตาจีโนมิกส์ที่จำเป็นทั่วไปหลากหลายประเภท รวมถึงการประมวลผลข้อมูล การศึกษาในระดับสายพันธุ์ การศึกษาในระดับหน้าที่ของยีน การจัดกลุ่มเมตาจีโนม ฯลฯ นอกจากนี้ ยังมีเครื่องมือการขุดค้นข้อมูลที่ปรับแต่งได้ตามเวิร์กโฟลว์การวิเคราะห์มาตรฐาน รวมถึงการค้นหายีนและสายพันธุ์ การตั้งค่าพารามิเตอร์ การสร้างภาพประกอบเฉพาะบุคคล ฯลฯ
-
แอลเอ็นซีอาร์เอ็นเอ
RNA ที่ไม่เข้ารหัสโปรตีนสายยาว (lncRNA) เป็นทรานสคริปต์ชนิดหนึ่งที่มีความยาวมากกว่า 200 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งไม่สามารถเข้ารหัสโปรตีนได้ หลักฐานที่สะสมมาบ่งชี้ว่า lncRNA ส่วนใหญ่มีแนวโน้มที่จะมีหน้าที่การทำงาน เทคโนโลยีการจัดลำดับแบบความเร็วสูงและเครื่องมือวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศช่วยให้เราสามารถเปิดเผยลำดับและข้อมูลตำแหน่งของ lncRNA ได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น และนำไปสู่การค้นพบ lncRNA ที่มีหน้าที่ควบคุมที่สำคัญ BMKCloud ภูมิใจที่ได้นำเสนอแพลตฟอร์มการวิเคราะห์ลำดับ lncRNA แก่ลูกค้าของเรา เพื่อให้การวิเคราะห์ lncRNA เป็นไปอย่างรวดเร็ว เชื่อถือได้ และยืดหยุ่น
-
จีดับบลิวเอส
การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (Genome-wide association study หรือ GWAS) มีเป้าหมายเพื่อระบุตัวแปรทางพันธุกรรม (จีโนไทป์) ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะเฉพาะ (ฟีโนไทป์) การศึกษา GWAS ตรวจสอบเครื่องหมายทางพันธุกรรมทั่วทั้งจีโนมของกลุ่มตัวอย่างจำนวนมาก และทำนายความสัมพันธ์ระหว่างจีโนไทป์และฟีโนไทป์โดยการวิเคราะห์ทางสถิติในระดับประชากร การจัดลำดับจีโนมใหม่ทั้งหมดมีศักยภาพในการค้นพบตัวแปรทางพันธุกรรมทั้งหมด เมื่อรวมกับข้อมูลฟีโนไทป์ การศึกษา GWAS สามารถประมวลผลเพื่อระบุ SNP, QTL และยีนเป้าหมายที่เกี่ยวข้องกับฟีโนไทป์ ซึ่งสนับสนุนการปรับปรุงพันธุ์สัตว์/พืชสมัยใหม่ได้อย่างมาก SLAF เป็นกลยุทธ์การจัดลำดับจีโนมแบบง่ายที่พัฒนาขึ้นเอง ซึ่งค้นพบเครื่องหมายที่กระจายอยู่ทั่วทั้งจีโนม เช่น SNP SNP เหล่านี้ ในฐานะเครื่องหมายทางพันธุกรรมระดับโมเลกุล สามารถนำมาประมวลผลเพื่อการศึกษาความสัมพันธ์กับลักษณะเป้าหมายได้ เป็นกลยุทธ์ที่คุ้มค่าในการระบุความแปรผันทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่ซับซ้อน
-
นาโนพอเร ทรานสคริปโตมิกส์แบบเต็มความยาว
ไอโซฟอร์มทางเลือกที่ซับซ้อนและแปรผันได้ในสิ่งมีชีวิตเป็นกลไกทางพันธุกรรมที่สำคัญในการควบคุมการแสดงออกของยีนและความหลากหลายของโปรตีน การระบุโครงสร้างของทรานสคริปต์อย่างแม่นยำเป็นพื้นฐานสำหรับการศึกษาเชิงลึกเกี่ยวกับรูปแบบการควบคุมการแสดงออกของยีน แพลตฟอร์มการจัดลำดับนาโนพอเรประสบความสำเร็จในการนำการศึกษาทรานสคริปโตมิกส์ไปสู่ระดับไอโซฟอร์ม แพลตฟอร์มการวิเคราะห์นี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อวิเคราะห์ข้อมูล RNA-Seq ที่สร้างขึ้นบนแพลตฟอร์มนาโนพอเรบนพื้นฐานของจีโนมอ้างอิง ซึ่งทำให้ได้การวิเคราะห์เชิงคุณภาพและเชิงปริมาณทั้งในระดับยีนและระดับทรานสคริปต์
-
เซอร์ค-อาร์เอ็นเอ
อาร์เอ็นเอวงกลม (circRNA) เป็นอาร์เอ็นเอชนิดหนึ่งที่ไม่เข้ารหัส ซึ่งเพิ่งถูกค้นพบว่ามีบทบาทสำคัญในเครือข่ายควบคุมที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนา การต้านทานต่อสิ่งแวดล้อม และอื่นๆ แตกต่างจากโมเลกุลอาร์เอ็นเอเชิงเส้น เช่น mRNA, lncRNA ปลาย 3′ และ 5′ ของ circRNA จะเชื่อมต่อกันเป็นโครงสร้างวงกลม ซึ่งช่วยป้องกันการย่อยสลายโดยเอนไซม์เอ็กโซนิวคลีเอสและมีความเสถียรมากกว่าอาร์เอ็นเอเชิงเส้นส่วนใหญ่ พบว่า circRNA มีหน้าที่หลากหลายในการควบคุมการแสดงออกของยีน circRNA สามารถทำหน้าที่เป็น ceRNA ซึ่งจับกับ miRNA อย่างแข่งขันกัน เรียกว่า miRNA sponge แพลตฟอร์มการวิเคราะห์ลำดับ circRNA ช่วยให้สามารถวิเคราะห์โครงสร้างและการแสดงออกของ circRNA การทำนายเป้าหมาย และการวิเคราะห์ร่วมกับโมเลกุลอาร์เอ็นเอชนิดอื่นๆ ได้
-
บีเอสเอ
แพลตฟอร์มการวิเคราะห์กลุ่มแยกส่วนแบบรวม (Bulked Segregant Analysis: BSA) ประกอบด้วยการวิเคราะห์มาตรฐานแบบขั้นตอนเดียวและการวิเคราะห์ขั้นสูงพร้อมการตั้งค่าพารามิเตอร์ที่กำหนดเอง BSA เป็นเทคนิคที่ใช้ในการระบุเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับฟีโนไทป์ได้อย่างรวดเร็ว ขั้นตอนการทำงานหลักของ BSA ประกอบด้วย: 1. เลือกกลุ่มบุคคลสองกลุ่มที่มีฟีโนไทป์ที่แตกต่างกันอย่างมาก 2. รวม DNA, RNA หรือ SLAF-seq (พัฒนาโดย Biomarker) ของบุคคลทั้งหมดเพื่อสร้างกลุ่ม DNA สองกลุ่ม 3. ระบุลำดับที่แตกต่างกันเมื่อเทียบกับจีโนมอ้างอิงหรือระหว่างกลาง 4. ทำนายบริเวณที่เชื่อมโยงที่เป็นไปได้โดยใช้อัลกอริทึม ED และ SNP-index 5. การวิเคราะห์การทำงานและการเสริมคุณค่าของยีนในบริเวณที่เป็นไปได้ เป็นต้น นอกจากนี้ยังมีการขุดค้นข้อมูลขั้นสูงเพิ่มเติม รวมถึงการคัดกรองเครื่องหมายทางพันธุกรรมและการออกแบบไพรเมอร์อีกด้วย
-
แอมพลิคอน (16S/18S/ITS)
แพลตฟอร์ม Amplicon (16S/18S/ITS) พัฒนาขึ้นจากประสบการณ์หลายปีในการวิเคราะห์โครงการความหลากหลายทางจุลชีวิทยา ซึ่งประกอบด้วยการวิเคราะห์พื้นฐานแบบมาตรฐานและการวิเคราะห์แบบเฉพาะบุคคล: การวิเคราะห์พื้นฐานครอบคลุมเนื้อหาการวิเคราะห์หลักของการวิจัยจุลชีวิทยาในปัจจุบัน เนื้อหาการวิเคราะห์มีความหลากหลายและครอบคลุม และผลการวิเคราะห์จะนำเสนอในรูปแบบของรายงานโครงการ; ส่วนการวิเคราะห์แบบเฉพาะบุคคลนั้นมีเนื้อหาที่หลากหลาย สามารถเลือกตัวอย่างและตั้งค่าพารามิเตอร์ได้อย่างยืดหยุ่นตามรายงานการวิเคราะห์พื้นฐานและวัตถุประสงค์การวิจัย เพื่อตอบสนองความต้องการเฉพาะบุคคล ระบบปฏิบัติการ Windows ใช้งานง่ายและรวดเร็ว
