-
ลำดับภูมิคุ้มกันบกพร่องของโครมาติน (ChIP-seq)
ChIP-Seq จัดทำโปรไฟล์เป้าหมาย DNA ทั่วทั้งจีโนมสำหรับการดัดแปลงฮิสโตน ปัจจัยการถอดรหัส และโปรตีนอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับ DNAโดยผสมผสานการเลือกสรรของการตกตะกอนของโครมาตินอิมมูโน (ChIP) เพื่อกู้คืนโปรตีนเชิงซ้อน-DNA ที่จำเพาะ เข้ากับพลังของการหาลำดับถัดไป (NGS) สำหรับการจัดลำดับปริมาณงานสูงของ DNA ที่กู้คืนนอกจากนี้ เนื่องจากคอมเพล็กซ์โปรตีน-DNA ได้รับการกู้คืนจากเซลล์ที่มีชีวิต ตำแหน่งการจับจึงสามารถเปรียบเทียบได้ในเซลล์และเนื้อเยื่อประเภทต่างๆ หรือภายใต้สภาวะที่แตกต่างกันการใช้งานมีตั้งแต่การควบคุมการถอดเสียงไปจนถึงวิถีการพัฒนาไปจนถึงกลไกของโรคและอื่นๆ
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การหาลำดับไบซัลไฟต์ของจีโนมทั้งหมด
DNA methylation ที่ตำแหน่งที่ห้าในไซโตซีน (5-mC) มีอิทธิพลพื้นฐานต่อการแสดงออกของยีนและกิจกรรมของเซลล์รูปแบบเมทิลเลชั่นที่ผิดปกติมีความเกี่ยวข้องกับสภาวะและโรคต่างๆ เช่น มะเร็งWGBS ได้กลายเป็นมาตรฐานทองคำสำหรับการศึกษาเมทิลเลชันทั่วทั้งจีโนมที่ความละเอียดเบสเดียว
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การทดสอบโครมาตินที่เข้าถึงได้จากทรานส์โปเสสด้วยการหาลำดับปริมาณงานสูง (ATAC-seq)
ATAC-seq เป็นวิธีการจัดลำดับความเร็วสูงสำหรับการวิเคราะห์ความสามารถในการเข้าถึงโครมาตินทั่วทั้งจีโนม ซึ่งมีความสำคัญสำหรับการควบคุมการแสดงออกของยีนแบบอีพิเจเนติกทั่วโลกตัวปรับต่อการหาลำดับถูกแทรกเข้าไปในบริเวณโครมาตินแบบเปิดโดยทรานสโพเสส Tn5 ซึ่งกระทำมากกว่าปกติหลังจากการขยาย PCR แล้ว ไลบรารีลำดับจะถูกสร้างขึ้นบริเวณโครมาตินแบบเปิดทั้งหมดสามารถรับได้ภายใต้เงื่อนไขกาล-อวกาศจำเพาะ ไม่จำกัดเพียงตำแหน่งการจับของปัจจัยการถอดรหัส หรือบริเวณที่ถูกดัดแปลงฮิสโตนบางอย่าง
-
ลำดับไบซัลไฟต์ที่เป็นตัวแทนลดลง (RRBS)
การวิจัย DNA methylation เป็นประเด็นร้อนในการวิจัยโรคมาโดยตลอด และเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับการแสดงออกของยีนและลักษณะฟีโนไทป์RRBS เป็นวิธีการวิจัย DNA methylation ที่แม่นยำ มีประสิทธิภาพ และประหยัดการเพิ่มคุณค่าของโปรโมเตอร์และบริเวณเกาะ CpG โดยการแยกเอนไซม์ (Msp I) รวมกับการจัดลำดับไบซัลไฟต์ ให้การตรวจจับ DNA เมทิลเลชั่นที่มีความละเอียดสูง
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
