การจัดลำดับอาร์เอ็นเอของโปรคาริโอต
คุณสมบัติ
● กระบวนการเตรียมตัวอย่าง RNA ประกอบด้วยการกำจัด rRNA ตามด้วยการเตรียมไลบรารี RNA แบบมีทิศทาง
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศโดยอิงจากการจัดเรียงลำดับให้ตรงกับจีโนมอ้างอิง
● การวิเคราะห์ประกอบด้วยการแสดงออกของยีนและยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกัน (DEGs) รวมถึงโครงสร้างของทรานสคริปต์และการวิเคราะห์ sRNA ด้วย
ข้อดีของการบริการ
●การควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวดเราใช้จุดควบคุมหลักในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การเตรียมตัวอย่างและไลบรารี ไปจนถึงการจัดลำดับดีเอ็นเอและการวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวสารสนเทศ การตรวจสอบอย่างพิถีพิถันนี้ช่วยให้มั่นใจได้ว่าผลลัพธ์ที่ได้จะมีคุณภาพสูงอย่างสม่ำเสมอ
●ข้อมูลการจัดลำดับเฉพาะสายเนื่องจากการเตรียมไลบรารี RNA นั้นมีทิศทาง ทำให้สามารถระบุทรานสคริปต์แอนติเซนส์ได้
●การวิเคราะห์ที่สมบูรณ์แบบซึ่งปรับให้เหมาะสมกับทรานสคริปโทมของโปรคาริโอตกระบวนการทางชีวสารสนเทศไม่เพียงแต่รวมถึงการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนเท่านั้น แต่ยังรวมถึงการวิเคราะห์โครงสร้างของทรานสคริปต์ ซึ่งรวมถึงการระบุโอเปรอน UTR และโปรโมเตอร์ นอกจากนี้ยังรวมถึงการวิเคราะห์ sRNA ซึ่งได้แก่ การระบุและการทำนายโครงสร้างทุติยภูมิและเป้าหมายด้วย
●บริการหลังการขายความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่เพียงการเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และจัดช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดและวิธีการจัดส่งตัวอย่าง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ไลบรารีทิศทางที่ขาด rRNA | อิลลูมินา พีอี150 | 1-2 กิกะไบต์ | Q30≥85% |
ตัวอย่างข้อกำหนด:
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 ไม่พบการปนเปื้อนของโปรตีนหรือดีเอ็นเอในเจล หรือพบเพียงเล็กน้อย | RIN≥6.5 |
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
ภาชนะ: หลอดเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์อลูมิเนียม)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม + ตัวอย่างซ้ำ เช่น A1, A2, A3; B1, B2, B3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างต้องบรรจุในถุงและฝังไว้ในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอดเก็บรักษา RNA: สามารถนำตัวอย่าง RNA ไปอบแห้งในหลอดเก็บรักษา RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งที่อุณหภูมิห้องได้
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ขั้นตอนการวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศ
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การจัดเรียงให้ตรงกับจีโนมอ้างอิง
● การประเมินคุณภาพไลบรารี: ความสุ่มของการแตกตัวของ RNA ขนาดของชิ้นส่วนที่แทรก และความอิ่มตัวของการลำดับดีเอ็นเอ
● การระบุหน้าที่การทำงานของยีนที่คาดว่าจะเข้ารหัส
● การวิเคราะห์การแสดงออก: ความสัมพันธ์และการวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA)
● การแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน (DEGs)
● การระบุหน้าที่และการวิเคราะห์ความเข้มข้นของยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs)
● การวิเคราะห์ sRNA: การทำนาย การระบุข้อมูลเป้าหมาย และการทำนายโครงสร้างทุติยภูมิ
● การวิเคราะห์โครงสร้างทรานสคริปต์: โอเปรอน ตำแหน่งเริ่มต้นและสิ้นสุด บริเวณที่ไม่ถูกถอดรหัส (UTS) โปรโมเตอร์ และการวิเคราะห์ SNP/InDel
ความอิ่มตัวของลำดับ
การระบุหน้าที่ของยีนที่เข้ารหัส
ความสัมพันธ์ระหว่างตัวอย่าง
การวิเคราะห์ยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEGs)
การวิเคราะห์การเสริมคุณค่าเชิงหน้าที่
การระบุ sRNA
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการการจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาวด้วยเทคโนโลยี Nanopore ของ BMKGene ในบทความพิเศษนี้
Guan, CP และคณะ (2018) 'การเปลี่ยนแปลงทรานสคริปโตมทั่วโลกของ Staphylococcus epidermidis ที่สร้างไบโอฟิล์มซึ่งตอบสนองต่ออัลคาลอยด์ทั้งหมดของ Sophorea alopecuroides'วารสารจุลชีววิทยาของโปแลนด์, 67(2), น. 223. ดอย: 10.21307/PJM-2018-024.
