การจัดลำดับบิซัลไฟต์แบบลดการแสดงผล (RRBS)
การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบลดการแสดงผลด้วยไบซัลไฟต์ (Reduced representation bisulfite sequencing หรือ RRBS) อาศัยการเพิ่มความเข้มข้นของบริเวณที่มี CpG island หนาแน่นโดยการตัดด้วยเอนไซม์ MspI ตามด้วยการคัดเลือกขนาดของชิ้นส่วน 200-500/600 bp ดังนั้น เฉพาะบริเวณที่อยู่ใกล้กับ CpG island เท่านั้นที่จะถูกจัดลำดับ ในขณะที่บริเวณที่มี CpG island อยู่ไกลจะถูกตัดออกจากการวิเคราะห์ กระบวนการนี้ เมื่อรวมกับการจัดลำดับด้วยไบซัลไฟต์ จะช่วยให้สามารถตรวจจับการเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอได้อย่างละเอียด และวิธีการจัดลำดับ PE150 จะเน้นเฉพาะส่วนปลายของชิ้นส่วนที่แทรกเข้าไปมากกว่าส่วนกลาง ซึ่งจะช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการวิเคราะห์โปรไฟล์การเมทิลเลชั่น
เทคนิคนี้ได้กลายเป็นทางเลือกที่มีประสิทธิภาพและคุ้มค่ากว่าการลำดับดีเอ็นเอทั้งจีโนมด้วยวิธีไบซัลไฟต์ (Whole Genome Bisulfite Sequencing หรือ WGBS) ในการวิจัยการเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอ แม้ว่า WGBS จะให้ข้อมูลเชิงลึกที่ครอบคลุมโดยการตรวจสอบจีโนมทั้งหมดด้วยความละเอียดระดับเบสเดี่ยว แต่ต้นทุนที่สูงอาจเป็นข้อจำกัด ซึ่ง RRBS ช่วยลดความท้าทายนี้ได้อย่างมีกลยุทธ์โดยการวิเคราะห์เฉพาะส่วนที่เป็นตัวแทนของจีโนม วิธีการนี้เป็นเครื่องมือที่มีค่าอย่างยิ่งที่ช่วยให้การวิจัยการเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอมีต้นทุนที่คุ้มค่าและเพิ่มพูนความรู้เกี่ยวกับกลไกทางเอพิเจเนติกส์
คุณสมบัติของบริการ
● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเครื่อง Illumina NovaSeq
● ต้องใช้จีโนมอ้างอิง
● ดีเอ็นเอแลมบ์ดาใช้ในการตรวจสอบประสิทธิภาพการแปลงไบซัลไฟต์
● ประสิทธิภาพการย่อยด้วยเอนไซม์ MspI ก็ได้รับการตรวจสอบเช่นกัน
● การย่อยด้วยเอนไซม์สองชนิดสำหรับตัวอย่างพืช
ข้อดีของการบริการ
●ทางเลือกที่คุ้มค่าและมีประสิทธิภาพกว่า WGBS: ช่วยให้สามารถทำการวิเคราะห์ได้ในต้นทุนที่ต่ำลงและใช้ตัวอย่างน้อยลง
●แพลตฟอร์มครบวงจร:เราให้บริการแบบครบวงจรที่เป็นเลิศ ตั้งแต่การประมวลผลตัวอย่าง การสร้างไลบรารี การจัดลำดับ ไปจนถึงการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางเราประสบความสำเร็จในสัตว์หลากหลายสายพันธุ์ BMKGENE มีประสบการณ์มากกว่าสิบปี ทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และบริการหลังการขายที่ยอดเยี่ยม
ข้อกำหนดบริการ
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำสำหรับการส่งออก | การควบคุมคุณภาพ |
| ไลบรารีที่ผ่านการย่อยด้วยเอนไซม์ MspI และบำบัดด้วยไบซัลไฟต์ | อิลลูมินา พีอี150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% อัตราการแปลงบิซัลไฟต์ > 99% ประสิทธิภาพการตัดของ MspI > 95% |
ตัวอย่างข้อกำหนด
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (ไมโครกรัม) |
| |
| ดีเอ็นเอจีโนม | ≥ 30 | ≥ 1 | การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนในระดับจำกัด |
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
การวิเคราะห์ BI ประกอบด้วย:
● การควบคุมคุณภาพลำดับดีเอ็นเอแบบดิบ;
● การจับคู่กับจีโนมอ้างอิง;
● การตรวจจับเบสที่มีการเติมหมู่เมทิล 5mC และการระบุรูปแบบโมทีฟ;
● การวิเคราะห์การกระจายตัวของเมทิลเลชั่นและการเปรียบเทียบตัวอย่าง;
● การวิเคราะห์บริเวณที่มีการเติมหมู่เมทิลแตกต่างกัน (DMRs);
● การระบุหน้าที่ของยีนที่เกี่ยวข้องกับ DMRs
การควบคุมคุณภาพ: ประสิทธิภาพการย่อย (ในการทำแผนที่จีโนม)
การควบคุมคุณภาพ: การแปลงบิซัลไฟต์ (ในการสกัดข้อมูลเมทิลเลชัน)
แผนที่เมทิลเลชัน: การกระจายตัวของเมทิลเลชัน 5mC ทั่วทั้งจีโนม
ตัวอย่างการเปรียบเทียบ: การวิเคราะห์ส่วนประกอบหลัก (Principal Component Analysis)
การวิเคราะห์บริเวณที่มีการเติมหมู่เมทิลแตกต่างกัน (DMRs): แผนภูมิความร้อน
สำรวจความก้าวหน้าทางการวิจัยที่เกิดขึ้นจากบริการการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดด้วยวิธีไบซัลไฟต์ของ BMKGene ผ่านชุดสิ่งพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี
Li, Z. และคณะ (2022) 'การสร้างเซลล์ใหม่ที่มีความแม่นยำสูงให้เป็นเซลล์คล้าย Leydig โดยการกระตุ้นด้วย CRISPR และปัจจัยพาราครีน'พีนาเอส เน็กซัส, 1(4). ดอย: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์เมทิลเลชั่นดีเอ็นเอทั่วทั้งจีโนมขององค์ประกอบร่างกายในฝาแฝดโมโนไซโกติกชาวจีน'วารสารการวิจัยทางคลินิกของยุโรป, 53(11), น. e14055. ดอย: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. และคณะ (2022) 'การเมทิลเลชั่นของ DNA และอัตราส่วนรอบเอวต่อสะโพก: การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งเอพิเจโนมในฝาแฝดโมโนไซโกติกชาวจีน'วารสารการวิจัยด้านต่อมไร้ท่อ, 45(12), หน้า 2365–2376. ดอย: 10.1007/S40618-022-01878-4.
