การจัดลำดับชิ้นส่วนที่ขยายสัญญาณเฉพาะตำแหน่ง (SLAF-Seq)
ขั้นตอนการทำงาน
บริการนี้มีการออกแบบเบื้องต้นโดยใช้คอมพิวเตอร์เพื่อรับประกันการคัดเลือกเอนไซม์ที่เหมาะสมที่สุดในการเตรียมไลบรารี
แผนทางเทคนิค
คุณสมบัติของบริการ
● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเครื่อง NovaSeq โดยใช้ PE150
● การเตรียมห้องสมุดตัวอย่างด้วยระบบบาร์โค้ดคู่ ทำให้สามารถรวบรวมตัวอย่างได้มากกว่า 1,000 ตัวอย่าง
● ไม่ขึ้นอยู่กับจีโนมอ้างอิง:
ด้วยจีโนมอ้างอิง: การค้นพบ SNP และ InDel
โดยไม่ต้องใช้จีโนมอ้างอิง: การจัดกลุ่มตัวอย่างและการค้นพบ SNP
● ในอิน-ซิลิโกในขั้นตอนการออกแบบเบื้องต้น จะมีการคัดกรองเอนไซม์ตัดจำเพาะหลายชนิดร่วมกัน เพื่อหาเอนไซม์ที่สร้างการกระจายตัวของแท็ก SLAF อย่างสม่ำเสมอทั่วทั้งจีโนม
● ในขั้นตอนก่อนการทดลอง จะมีการทดสอบเอนไซม์ 3 ชุดใน 3 ตัวอย่าง เพื่อสร้างไลบรารี SLAF จำนวน 9 ชุด และจะใช้ข้อมูลนี้ในการเลือกเอนไซม์ตัดจำเพาะที่เหมาะสมที่สุดสำหรับโครงการ
ข้อดีของการบริการ
●การค้นพบเครื่องหมายทางพันธุกรรมระดับสูงเราได้ผสานรวมระบบบาร์โค้ดคู่ที่มีประสิทธิภาพสูง ซึ่งช่วยให้สามารถจัดลำดับดีเอ็นเอของประชากรจำนวนมากได้พร้อมกัน และการขยายสัญญาณเฉพาะตำแหน่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพ ทำให้มั่นใจได้ว่าหมายเลขแท็กจะตรงตามข้อกำหนดที่หลากหลายของคำถามวิจัยต่างๆ
● การพึ่งพาจีโนมในระดับต่ำสามารถนำไปใช้กับสายพันธุ์ที่มีหรือไม่มีจีโนมอ้างอิงได้
●การออกแบบโครงการที่ยืดหยุ่นการย่อยด้วยเอนไซม์เดี่ยว เอนไซม์คู่ เอนไซม์หลายชนิด และเอนไซม์ประเภทต่างๆ สามารถเลือกใช้ให้เหมาะสมกับเป้าหมายการวิจัยหรือสายพันธุ์ที่แตกต่างกันได้
● ประสิทธิภาพสูงในการย่อยด้วยเอนไซม์: การนำไฟฟ้าของอิน-ซิลิโกการออกแบบเบื้องต้นและการทดลองเบื้องต้นช่วยให้มั่นใจได้ว่าการออกแบบนั้นเหมาะสมที่สุด โดยมีการกระจายแท็ก SLAF อย่างสม่ำเสมอทั่วโครโมโซม (1 แท็ก SLAF/4Kb) และลดลำดับซ้ำให้น้อยที่สุด (<5%)
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางเรานำประสบการณ์อันมากมายมาสู่ทุกโครงการ ด้วยประวัติการทำงานที่ประสบความสำเร็จในการปิดโครงการ SLAF-Seq มากกว่า 5,000 โครงการ ในหลายร้อยสายพันธุ์ รวมถึงพืช สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นก แมลง และสิ่งมีชีวิตในน้ำ
● กระบวนการทำงานทางชีวสารสนเทศที่พัฒนาขึ้นเองเราได้พัฒนาเวิร์กโฟลว์ทางชีวสารสนเทศแบบบูรณาการสำหรับ SLAF-Seq เพื่อให้มั่นใจในความน่าเชื่อถือและความถูกต้องของผลลัพธ์สุดท้าย
ข้อกำหนดบริการ
| ประเภทของการวิเคราะห์ | ขนาดประชากรที่แนะนำ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | |
| ความลึกของการจัดลำดับแท็ก | หมายเลขแท็ก | ||
| แผนที่พันธุกรรม | พ่อแม่ 2 คน และลูกหลานมากกว่า 150 คน | พ่อแม่: 20x WGS เอาต์พุต: 10x | ขนาดจีโนม: <400 Mb: แนะนำให้ใช้ WGS <1GB: 100,000 แท็ก 1-2GB:: 200,000 แท็ก >2GB: 300,000 แท็ก แท็กสูงสุด 500,000 แท็ก |
| การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS) | ตัวอย่าง ≥200 ตัวอย่าง | 10x | |
| วิวัฒนาการทางพันธุกรรม | ≥30 ตัวอย่าง โดยมีตัวอย่างมากกว่า 10 ตัวอย่างจากแต่ละกลุ่มย่อย | 10x | |
ข้อกำหนดในการให้บริการ
ความเข้มข้น ≥ 5 นาโนกรัม/ไมโครลิตร
ปริมาณรวม ≥ 80 นาโนกรัม
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
เจลอะกาโรส: ไม่มีการเสื่อมสภาพหรือปนเปื้อน หรือมีการเสื่อมสภาพหรือปนเปื้อนน้อยมาก
คำแนะนำในการจัดส่งตัวอย่าง
ภาชนะ: หลอดเหวี่ยงขนาด 2 มล.
(สำหรับตัวอย่างส่วนใหญ่ เราแนะนำว่าไม่ควรเก็บรักษาไว้ในเอทานอล)
การติดฉลากตัวอย่าง: ตัวอย่างต้องติดฉลากอย่างชัดเจนและตรงกับแบบฟอร์มข้อมูลตัวอย่างที่ส่งมา
การขนส่ง: น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างต้องบรรจุในถุงก่อน แล้วจึงนำไปฝังในน้ำแข็งแห้ง
ขั้นตอนการทำงานของบริการ
การตรวจสอบคุณภาพตัวอย่าง
การทดลองนำร่อง
การทดลอง SLAF
การเตรียมความพร้อมห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศของเราประกอบด้วย:
การตรวจสอบคุณภาพข้อมูลและการตัดแต่งข้อมูลเพื่อลบข้อมูลที่มีไนโตรเจนสูง ข้อมูลที่มีอะแดปเตอร์ หรือข้อมูลคุณภาพต่ำ
การตรวจสอบคุณภาพครั้งที่สองของลำดับดีเอ็นเอที่สะอาดแล้ว เพื่อตรวจสอบการกระจายตัวของเบส คุณภาพของลำดับ และการประเมินข้อมูล รวมถึงตรวจสอบประสิทธิภาพการย่อยและการแทรกชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ได้รับ
เมื่อตรวจสอบข้อมูลการอ่านแล้ว มีสองทางเลือก:
- การจับคู่กับจีโนมอ้างอิง
- หากไม่มีจีโนมอ้างอิง: การจัดกลุ่ม
หลังจากนั้น การวิเคราะห์แท็ก SLAF จะถูกนำมาใช้ในการระบุความแปรผันบางอย่างเพื่อช่วยในการค้นหาเครื่องหมาย ได้แก่ การระบุ SNP, InDel, SNV, CV และการระบุคำอธิบายประกอบ
การกระจายตัวของแท็ก SLAF บนโครโมโซม:
การกระจายตัวของ SNP บนโครโมโซม:
คำอธิบายประกอบ SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X และ Shi C (2023) การทำแผนที่ QTL และการวิเคราะห์ทรานสคริปโตมของปริมาณน้ำตาลในระหว่างการสุกของผลไม้ไพรัส ไพริโฟเลีย.ด้านหน้า. พืชศาสตร์.14:1137104. ดอย: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). การระบุ st1 เผยให้เห็นการคัดเลือกที่เกี่ยวข้องกับการเกาะติดของสัณฐานวิทยาของเมล็ดและปริมาณน้ำมันในระหว่างการปรับปรุงพันธุ์ถั่วเหลืองวารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
ซู, พี, จาง, เอ็กซ์, วัง, เอ็กซ์.และคณะลำดับจีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาคาร์พธรรมดาปลาคาร์พ.นาท เจเน็ต 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
จ้วง, ดับบลิว, เฉิน, เอช, หยาง, เอ็ม.และคณะจีโนมของถั่วลิสงที่ปลูกให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับคาริโอไทป์ของพืชตระกูลถั่ว วิวัฒนาการของพืชโพลีพลอยด์ และการปรับปรุงพันธุ์พืชเพื่อการเกษตรนาท เจเน็ต 51865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| ปี | วารสาร | IF | ชื่อ | แอปพลิเคชัน |
| 2022 | การสื่อสารธรรมชาติ | 17.694 | พื้นฐานทางจีโนมของโครโมโซมขนาดใหญ่และจีโนมขนาดใหญ่ของโบตั๋นต้นไม้ Paeonia ostii | สลาฟ-จีดับบลิวเอส |
| 2015 | นักพฤกษศาสตร์ใหม่ | 7.433 | ร่องรอยของการปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อมเป็นจุดยึดของบริเวณจีโนมที่มีความสำคัญทางการเกษตร ถั่วเหลือง | สลาฟ-จีดับบลิวเอส |
| 2022 | วารสารการวิจัยขั้นสูง | 12.822 | การผสมข้ามสายพันธุ์เทียมทั่วทั้งจีโนมของ Gossypium barbadense เข้าสู่ G. hirsutum ค้นพบตำแหน่งทางพันธุกรรมที่เหนือกว่าสำหรับการปรับปรุงคุณภาพและผลผลิตของเส้นใยฝ้ายไปพร้อมกัน ลักษณะเฉพาะ | SLAF-พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ |
| 2019 | พืชโมเลกุล | 10.81 | การวิเคราะห์จีโนมประชากรและการประกอบจีโนมแบบ de Novo เผยให้เห็นต้นกำเนิดของวัชพืช ข้าวในฐานะเกมวิวัฒนาการ | SLAF-พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ |
| 2019 | พันธุกรรมธรรมชาติ | 31.616 | ลำดับจีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาคาร์พธรรมดา (Cyprinus carpio) | แผนที่เชื่อมโยง SLAF |
| 2014 | พันธุกรรมธรรมชาติ | 25.455 | จีโนมของถั่วลิสงที่ปลูกให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับคาริโอไทป์ของพืชตระกูลถั่วและโพลีพลอยด์ วิวัฒนาการและการปรับปรุงพันธุ์พืช | แผนที่เชื่อมโยง SLAF |
| 2022 | วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช | 9.803 | การระบุ ST1 เผยให้เห็นการคัดเลือกที่เกี่ยวข้องกับการเกาะติดของลักษณะทางสัณฐานวิทยาของเมล็ด และปริมาณน้ำมันในระหว่างการปรับปรุงพันธุ์ถั่วเหลือง | การพัฒนาเครื่องหมาย SLAF |
| 2022 | วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ | 6.208 | การระบุและการพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอสำหรับ Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) การแทนที่โครโมโซมดิโซมิก | การพัฒนาเครื่องหมาย SLAF |
| ปี | วารสาร | IF | ชื่อ | แอปพลิเคชัน |
| 2023 | ขอบเขตในวิทยาศาสตร์พืช | 6.735 | การทำแผนที่ QTL และการวิเคราะห์ทรานสคริปโตมของปริมาณน้ำตาลในระหว่างการสุกของผลไม้ Pyrus pyrifolia | แผนที่พันธุกรรม |
| 2022 | วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช | 8.154 | การระบุ ST1 เผยให้เห็นถึงการคัดเลือกที่เกี่ยวข้องกับการเกาะติดของลักษณะทางสัณฐานวิทยาของเมล็ดและปริมาณน้ำมันในระหว่างการปรับปรุงพันธุ์ถั่วเหลือง
| การเรียกของ SNP |
| 2022 | ขอบเขตในวิทยาศาสตร์พืช | 6.623 | การทำแผนที่ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนมของลักษณะข้าวบาร์เลย์ไร้เปลือกในสภาพแวดล้อมแห้งแล้ง
| จีดับบลิวเอส |
