การจัดลำดับชิ้นส่วนที่ขยายตำแหน่งเฉพาะ (SLAF-Seq)
เวิร์กโฟลว์
บริการนี้มีการออกแบบล่วงหน้าในซิลิโคนเพื่อรับประกันการเลือกเอนไซม์ที่เหมาะสมที่สุดในการเตรียมไลบรารี
แผนงานทางเทคนิค
คุณลักษณะของบริการ
● การจัดลำดับบน NovaSeq ด้วย PE150
● จัดเตรียมห้องสมุดด้วยระบบบาร์โค้ดคู่ ช่วยให้สามารถรวบรวมตัวอย่างได้มากกว่า 1,000 ตัวอย่าง
● อิสระจากจีโนมอ้างอิง:
ด้วยจีโนมอ้างอิง: การค้นพบ SNP และ InDel
ไม่มีจีโนมอ้างอิง: การจัดกลุ่มตัวอย่างและการค้นพบ SNP
● ในอินซิลิโกในขั้นตอนก่อนการออกแบบ จะมีการตรวจคัดกรองการรวมเอนไซม์จำกัดหลายชนิดเพื่อค้นหาชนิดที่สร้างแท็ก SLAF ที่มีการกระจายสม่ำเสมอตลอดจีโนม
● ในระหว่างการทดลองล่วงหน้า จะมีการทดสอบการรวมเอนไซม์สามชุดใน 3 ตัวอย่างเพื่อสร้างไลบรารี SLAF จำนวน 9 ชุด และใช้ข้อมูลนี้เพื่อเลือกการรวมเอนไซม์จำกัดที่เหมาะสมที่สุดสำหรับโครงการ
ข้อดีของการบริการ
การค้นพบเครื่องหมายทางพันธุกรรมระดับสูง:เราบูรณาการระบบบาร์โค้ดคู่ปริมาณงานสูงซึ่งช่วยให้สามารถจัดลำดับประชากรจำนวนมากได้พร้อมกัน และขยายเฉพาะตำแหน่งเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ และทำให้มั่นใจได้ว่าหมายเลขแท็กตรงตามข้อกำหนดที่หลากหลายของคำถามการวิจัยต่างๆ
การพึ่งพาจีโนมต่ำ:สามารถนำไปประยุกต์ใช้กับสายพันธุ์ที่มีหรือไม่มีจีโนมอ้างอิงได้
การออกแบบโครงการแบบยืดหยุ่น:สามารถเลือกการย่อยด้วยเอนไซม์เดี่ยว เอนไซม์คู่ เอนไซม์หลายชนิด และเอนไซม์ประเภทต่างๆ เพื่อตอบสนองเป้าหมายการวิจัยหรือสายพันธุ์ที่แตกต่างกันได้
ประสิทธิภาพสูงในการย่อยด้วยเอนไซม์: การนำไฟฟ้าของอินซิลิโกการออกแบบล่วงหน้าและการทดลองล่วงหน้าช่วยให้มั่นใจได้ว่าการออกแบบจะเหมาะสมที่สุด โดยมีการกระจายแท็ก SLAF อย่างสม่ำเสมอบนโครโมโซม (1 แท็ก SLAF/4 กิโลไบต์) และลำดับการทำซ้ำที่ลดลง (<5%)
ความเชี่ยวชาญอย่างกว้างขวาง:เรามีประสบการณ์มากมายในทุกโครงการ โดยมีประวัติในการปิดโครงการ SLAF-Seq ไปแล้วกว่า 5,000 โครงการ ครอบคลุมสิ่งมีชีวิตหลายร้อยสายพันธุ์ รวมทั้งพืช สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นก แมลง และสิ่งมีชีวิตในน้ำ
เวิร์กโฟลว์ชีวสารสนเทศที่พัฒนาด้วยตนเอง:เราได้พัฒนาเวิร์กโฟลว์ชีวสารสนเทศแบบบูรณาการสำหรับ SLAF-Seq เพื่อให้แน่ใจถึงความน่าเชื่อถือและความถูกต้องแม่นยำของผลลัพธ์สุดท้าย
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| ประเภทของการวิเคราะห์ | ระดับประชากรที่แนะนำ | กลยุทธ์การเรียงลำดับ | |
| ความลึกของการเรียงลำดับแท็ก | หมายเลขแท็ก | ||
| แผนที่พันธุกรรม | พ่อแม่ 2 คนและลูกมากกว่า 150 คน | ผู้ปกครอง: 20x WGS ออฟสปิน: 10x | ขนาดจีโนม: <400 Mb: แนะนำ WGS <1Gb: 100K แท็ก 1-2Gb:: 200K แท็ก >2Gb: 300K แท็ก แท็กสูงสุด 500k |
| การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS) | ≥200 ตัวอย่าง | 10 เท่า | |
| วิวัฒนาการทางพันธุกรรม | ≥30 ตัวอย่าง โดยมีมากกว่า 10 ตัวอย่างจากแต่ละกลุ่มย่อย | 10 เท่า | |
ข้อกำหนดในการให้บริการ
ความเข้มข้น ≥ 5 ng/µL
ปริมาณรวม ≥ 80 นาโนกรัม
นาโนดรอป OD260/280=1.6-2.5
เจลอะกาโรส: ไม่มีการสลายตัวหรือการปนเปื้อนหรือมีจำกัด
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
ภาชนะ: หลอดเซนตริฟิวจ์ขนาด 2 มล.
(สำหรับตัวอย่างส่วนใหญ่ เราขอแนะนำไม่ให้เก็บรักษาในเอธานอล)
การติดฉลากตัวอย่าง: ตัวอย่างจะต้องมีการติดฉลากอย่างชัดเจนและเหมือนกับแบบฟอร์มข้อมูลตัวอย่างที่ส่งมา
การจัดส่ง: น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุลงในถุงก่อนแล้วฝังไว้ในน้ำแข็งแห้ง
เวิร์กโฟลว์การบริการ
ตัวอย่าง QC
การทดลองนำร่อง
การทดลอง SLAF
การจัดเตรียมห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
การวิเคราะห์ชีวสารสนเทศของเราประกอบด้วย:
การควบคุมคุณภาพข้อมูลและการตัดแต่งข้อมูลเพื่อลบการอ่านที่มีค่า N สูง การอ่านด้วยอะแดปเตอร์ หรือการอ่านคุณภาพต่ำ
การควบคุมคุณภาพครั้งที่สองของการอ่านที่สะอาดเพื่อตรวจสอบการกระจายฐาน คุณภาพของลำดับ และการประเมินข้อมูล แต่ยังรวมถึงการตรวจสอบประสิทธิภาพการย่อยและข้อมูลที่แทรกเข้ามาด้วย
เมื่อตรวจสอบการอ่านแล้ว จะมีสองตัวเลือก:
- การแมปไปยังจีโนมอ้างอิง
- โดยไม่มีจีโนมอ้างอิง: การจัดกลุ่ม
หลังจากนั้น การวิเคราะห์แท็ก SLAF จะถูกใช้เพื่อทำการเรียกตัวแปรบางอย่างเพื่อช่วยในการค้นหาเครื่องหมาย: SNP, InDel, SNV, การเรียก CV และคำอธิบายประกอบ
การกระจายตัวของแท็ก SLAF บนโครโมโซม:
การกระจายตัวของ SNP บนโครโมโซม:
คำอธิบาย SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X และ Shi C (2023) การทำแผนที่ QTL และการวิเคราะห์ทรานสคริปโทมของปริมาณน้ำตาลในระหว่างการสุกของผลไม้ไพรัส ไพริโฟเลีย-ด้านหน้า. วิทยาศาสตร์พืช.14:1137104. ดอย: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., และ Sun, L. (2022). การระบุ st1 เผยให้เห็นการคัดเลือกที่เกี่ยวข้องกับการเกาะเกี่ยวของสัณฐานวิทยาของเมล็ดและปริมาณน้ำมันในระหว่างการปลูกถั่วเหลืองวารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
ซู, พี, จาง, เอ็กซ์, วัง, เอ็กซ์.และคณะลำดับจีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาคาร์ปทั่วไปไซปรินัส คาร์พิโอ-แนท เจเนต์ 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
จ้วง, ดับบลิว, เฉิน, เอช, หยาง, เอ็ม.และคณะจีโนมของถั่วลิสงที่ปลูกช่วยให้เข้าใจถึงแคริโอไทป์ของพืชตระกูลถั่ว วิวัฒนาการของโพลีพลอยด์ และการนำพืชผลมาปลูกในประเทศแนท เจเนต์ 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| ปี | วารสาร | IF | ชื่อ | แอปพลิเคชัน |
| 2022 | การสื่อสารกับธรรมชาติ | 17.694 | พื้นฐานจีโนมของจีโนมกิกะและจีโนมกิกะของดอกโบตั๋นต้น Paeonia ostii | สลาฟ-จีดับเบิลยูเอเอส |
| ปี 2558 | นักพฤกษศาสตร์รุ่นใหม่ | 7.433 | รอยเท้าการเลี้ยงสัตว์เป็นจุดยึดของภูมิภาคจีโนมที่มีความสำคัญทางการเกษตรใน ถั่วเหลือง | สลาฟ-จีดับเบิลยูเอเอส |
| 2022 | วารสารวิจัยขั้นสูง | 12.822 | การนำเข้าเทียมของ Gossypium barbadense ทั่วทั้งจีโนมเข้าสู่ G. hirsutum เผยตำแหน่งที่เหนือกว่าสำหรับการปรับปรุงคุณภาพและผลผลิตเส้นใยฝ้ายพร้อมกัน ลักษณะนิสัย | SLAF-พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ |
| ปี 2019 | พืชโมเลกุล | 10.81 | การวิเคราะห์จีโนมประชากรและการประกอบเดอโนโวเผยให้เห็นต้นกำเนิดของวัชพืช ข้าวในฐานะเกมแห่งวิวัฒนาการ | SLAF-พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ |
| ปี 2019 | พันธุศาสตร์ธรรมชาติ | 31.616 | ลำดับจีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาคาร์ปธรรมดา Cyprinus carpio | แผนที่เชื่อมโยง SLAF |
| ปี 2014 | พันธุศาสตร์ธรรมชาติ | 25.455 | จีโนมของถั่วลิสงที่ปลูกให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับแคริโอไทป์ของพืชตระกูลถั่ว โพลีพลอยด์ วิวัฒนาการและการปลูกพืชผลในประเทศ | แผนที่เชื่อมโยง SLAF |
| 2022 | วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช | 9.803 | การระบุ ST1 เผยให้เห็นการคัดเลือกที่เกี่ยวข้องกับการเกาะเกี่ยวของสัณฐานวิทยาของเมล็ดพืช และปริมาณน้ำมันในระหว่างการปลูกถั่วเหลือง | การพัฒนา SLAF-Marker |
| 2022 | วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ | 6.208 | การระบุและการพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอสำหรับ Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) การแทนที่โครโมโซมแบบไดโซมิก | การพัฒนา SLAF-Marker |
| ปี | วารสาร | IF | ชื่อ | แอปพลิเคชัน |
| 2023 | ขอบเขตของวิทยาศาสตร์พืช | 6.735 | การทำแผนที่ QTL และการวิเคราะห์ทรานสคริปโตมของปริมาณน้ำตาลในระหว่างการสุกของผล Pyrus pyrifolia | แผนที่พันธุกรรม |
| 2022 | วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช | 8.154 | การระบุ ST1 เผยให้เห็นการคัดเลือกที่เกี่ยวข้องกับการเกาะเกี่ยวของสัณฐานวิทยาของเมล็ดและปริมาณน้ำมันระหว่างการเพาะเลี้ยงถั่วเหลือง
| การเรียก SNP |
| 2022 | ขอบเขตของวิทยาศาสตร์พืช | 6.623 | การทำแผนที่ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนมของฟีโนไทป์ Hulless Barely ในสภาพแวดล้อมที่เกิดภัยแล้ง
| จีดับบลิวเอเอส |
