การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดด้วยวิธีไบซัลไฟต์ (Whole genome bisulfite sequencing: WGBS)
เทคนิคนี้ซึ่งอิงจากการบำบัดดีเอ็นเอด้วยไบซัลไฟต์เพื่อกระตุ้นการเปลี่ยนไซโตซีนที่ไม่ถูกเมทิลเลชันให้เป็นยูราซิล (C เป็น U) ในขณะที่ไซโตซีนที่ถูกเมทิลเลชันยังคงไม่เปลี่ยนแปลง ถือเป็นวิธีการมาตรฐานสำหรับการสำรวจการเมทิลเลชันของดีเอ็นเออย่างละเอียด โดยเฉพาะอย่างยิ่งตำแหน่งที่ห้าในไซโตซีน (5-mC) ซึ่งเป็นตัวควบคุมที่สำคัญของการแสดงออกของยีนและกิจกรรมของเซลล์
เทคนิคนี้ให้ความละเอียดระดับเบสเดี่ยว ช่วยให้นักวิจัยสามารถตรวจสอบเมทิลโลมได้อย่างครอบคลุมและค้นพบรูปแบบการเมทิลเลชั่นที่ผิดปกติภายในตัวอย่าง การใช้ WGBS ช่วยให้นักวิทยาศาสตร์ได้รับข้อมูลเชิงลึกที่ไม่เคยมีมาก่อนเกี่ยวกับภูมิทัศน์การเมทิลเลชั่นทั่วทั้งจีโนม ทำให้เกิดความเข้าใจที่ละเอียดอ่อนยิ่งขึ้นเกี่ยวกับกลไกทางเอพิเจเนติกส์ที่อยู่เบื้องหลังกระบวนการทางชีววิทยาและโรคต่างๆ
คุณสมบัติของบริการ
● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเครื่อง Illumina NovaSeq
● ต้องใช้จีโนมอ้างอิง
● มีการเติมดีเอ็นเอแลมบ์ดาเพื่อตรวจสอบประสิทธิภาพการแปลงไบซัลไฟต์
ข้อดีของการบริการ
●มาตรฐานระดับทองคำสำหรับการวิจัยการเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอเทคโนโลยีที่พัฒนามาอย่างดีนี้มีความแม่นยำสูงและสามารถทำซ้ำได้ดี
●ครอบคลุมพื้นที่กว้างและมีความละเอียดฐานเดียว:การตรวจหาตำแหน่งเมทิลเลชั่นนั้นดำเนินการในระดับจีโนมทั้งหมด
●แพลตฟอร์มครบวงจร:เราให้บริการแบบครบวงจร ตั้งแต่การประมวลผลตัวอย่าง การสร้างไลบรารี การจัดลำดับดีเอ็นเอ ไปจนถึงการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางเรามีโครงการที่ดำเนินการเสร็จสิ้นแล้วมากมายในหลากหลายสายพันธุ์ BMKGENE มีประสบการณ์มากกว่าสิบปี ทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และการสนับสนุนหลังการขายที่ยอดเยี่ยม
●ความเป็นไปได้ในการผสานรวมกับการวิเคราะห์ทรานสคริปโตมิกส์: ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูล WGBS ร่วมกับข้อมูลโอไมซ์อื่นๆ เช่น RNA-seq ได้แบบบูรณาการ
ตัวอย่างข้อกำหนด
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำสำหรับการส่งออก | การควบคุมคุณภาพ |
| บำบัดด้วยไบซัลไฟต์ | อิลลูมินา พีอี150 | ความลึก 30 เท่า | Q30 ≥ 85% อัตราการแปลงบิซัลไฟต์ > 99% |
ตัวอย่างข้อกำหนด
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (ไมโครกรัม) | ข้อกำหนดเพิ่มเติม | |
| ดีเอ็นเอจีโนม | ≥ 5 | ≥ 400 นาโนกรัม | การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนในระดับจำกัด |
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัดดีเอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
การส่งข้อมูล
บริการนี้ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพลำดับดีเอ็นเอแบบดิบ;
● การจับคู่กับจีโนมอ้างอิง;
● การตรวจจับเบสที่มีหมู่เมทิล 5mC
● การวิเคราะห์การกระจายตัวและการระบุตำแหน่งของเมทิลเลชั่น;
● การวิเคราะห์บริเวณที่มีการเติมหมู่เมทิลแตกต่างกัน (DMRs);
● การระบุหน้าที่ของยีนที่เกี่ยวข้องกับ DMRs
การตรวจหาเมทิลเลชั่น 5mC: ประเภทของตำแหน่งที่มีการเมทิลเลชั่น
แผนที่เมทิลเลชัน การกระจายตัวของเมทิลเลชัน 5mC ทั่วทั้งจีโนม
การระบุบริเวณที่มีการเมทิลเลชั่นสูง
บริเวณที่มีการเติมหมู่เมทิลแตกต่างกัน: ยีนที่เกี่ยวข้อง
บริเวณที่มีการเติมหมู่เมทิลแตกต่างกัน: การระบุยีนที่เกี่ยวข้อง (Gene Ontology)
สำรวจความก้าวหน้าทางการวิจัยที่เกิดขึ้นจากบริการการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดด้วยวิธีไบซัลไฟต์ของ BMKGene ผ่านชุดสิ่งพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี
Fan, Y. และคณะ (2020) 'การวิเคราะห์โปรไฟล์การเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอระหว่างการพัฒนาของกล้ามเนื้อโครงร่างแกะโดยใช้การจัดลำดับไบซัลไฟต์ของจีโนมทั้งหมด'บีเอ็มซี จีโนมิกส์, 21(1), หน้า 1–15. ดอย: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. และคณะ (2022) 'การเปลี่ยนแปลงรูปแบบเมทิลเลชั่นของดีออกซีไรโบนิวคลีอิกแอซิดแบบใหม่ในคนงานที่สัมผัสกับไวนิลคลอไรด์'พิษวิทยาและสุขภาพอุตสาหกรรม, 38(7), หน้า 377–388. ดอย: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. และคณะ (2020) 'ความสัมพันธ์ระหว่างการเมทิลเลชั่นของจีโนม ระดับของอาร์เอ็นเอที่ไม่เข้ารหัส เอ็มอาร์เอ็นเอ และเมตาบอไลต์ในผลมะเขือเทศที่กำลังสุก'วารสารพืช, 103(3), หน้า 980–994. ดอย: 10.1111/TPJ.14778.
