16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Hyzmat artykmaçlyklary
ØDaşky gurşaw nusgalarynda mikrob düzümini izolýasiýa we çalt kesgitlemek
ØDaşky gurşaw nusgalarynda az mukdarda komponentlerde ýokary çözgüt
ØIň soňky QIIME2 maglumat bazasy, düşündiriş, OTU / ASV nukdaýnazaryndan dürli analizler bilen akymy seljerýär.
ØThroughokary geçirijilik, has takyklyk
ØDürli mikrob jemgyýetini öwrenmek üçin ulanylýar
ØBMK ýylda 100 000-den gowrak nusga topragy, topragy, suwy, gazy, palçygy, zaýalary, içegeleri, derini, fermentasiýa çorbasyny, mör-möjekleri, ösümlikleri we ş.m. öz içine alýan uly tejribä eýedir.
ØBMKCloud 45 şahsylaşdyrylan derňew guralyny öz içine alýan maglumatlary düşündirmegi aňsatlaşdyrdy
Hyzmat aýratynlyklary
| YzygiderlilikPlatforma | Kitaphana | Maslahat berilýän maglumatlaryň hasyllylygy | Takmynan öwrüm wagty |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K / 100K / 300K Bellikler | 30 gün |
Bioinformatika derňewi
üÇig maglumatlaryň hiline gözegçilik
üOTU toparlanyşy / De-ses (ASV)
üOTU düşündiriş
üAlfa dürlüligi
üBeta dürlüligi
üToparlaýyn derňew
üTejribe faktorlaryna garşy birleşigiň derňewi
üFunksiýa gen çaklamasy
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
ÜçinDNK ekstraktlary:
| Mysal görnüşi | Mukdary | Konsentrasiýa | Arassalyk |
| DNK ekstraktlary | ＞ 30 ng | Ng 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
Daşky gurşaw nusgalary üçin:
| Mysal görnüşi | Maslahat beriş prosedurasy |
| Toprak | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Guradylan maddany ýerden aýyrmaly;Uly bölekleri üwüriň we 2 mm süzgüçden geçiň;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da sirotube-da Aliquot nusgalary. |
| Zyýanlar | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da nusgalary ýygnaň we alikot ediň. |
| Içegäniň mazmuny | Nusgalary aseptiki ýagdaýda gaýtadan işlemeli.Collectedygnanan dokumalary PBS bilen ýuwuň;PBS-ni merkezden gaçyryň we EP-turbalarda çökündileri ýygnaň. |
| Palçyk | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Zakaz etmek üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da palçyk nusgasyny ýygnaň we alikot ediň |
| Suw adamy | Çeçen suwy, guýy suwy we ş.m. ýaly çäkli mukdarda mikrob bilen nusga almak üçin azyndan 1 L suw ýygnaň we membranada mikroblary baýlaşdyrmak üçin 0,22 mk süzgüçden geçiň.Membranany steril turbada saklaň. |
| Deri | Deriniň ýüzüni steril pagta süpürgiç ýa-da hirurgiki pyçak bilen seresaplyk bilen süpüriň we steril turba salyň. |
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Nusgalary suwuk azotda 3-4 sagat doňduryň we uzak möhletli rezervasiýa üçin suwuk azotda ýa-da -80 dereje saklaň.Gury buz bilen nusga ibermek zerurdyr.
Hyzmat işiniň akymy
Mysal üçin gowşuryş
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
1. Görnüşleriň paýlanyşy
2. atylylyk kartasy: Baýlyk toparlarynyň görnüşleri
3. Seýrek fraksiýa egrisi
4.NMDS derňewi
5.Lefse derňewi
BMK meselesi
Semiz adamlar 2-nji görnüşli süýji keseli bolan içege mikroblarynyň işleýiş ukybyny we düzümini görkezýärler
Çap edilen:Öýjük eýesi we mikrob, 2019
Yzygiderlilik strategiýasy:
Süýji keseli däl (n = 633);Süýji keseli däl semiz (n = 494);Semiz görnüşli 2-nji süýji keseli (n = 153);
Maksat sebiti: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (NGS esasly amplikon yzygiderliligi)
DNK ekstraktlarynyň bir bölegi Illumina Hiseq-de metagenomiki yzygiderlilige sezewar edildi
Esasy netijeler
Bu metabolik keselleriň mikrob profilleri üstünlikli tapawutlandyryldy.
16S yzygiderlilikde döredilen mikrob aýratynlyklaryny deňeşdirmek bilen, semizlik mikrob düzüminiň üýtgemegi, aýry-aýry aýratynlyklar, esasanam Akkermansia, Fekalibakteriýa, Osilibakter, Alistipes we ş.m. peselmegi bilen baglanyşyklydyr, goşmaça T2D Escherichia / shigella-nyň köpelmegi bilen baglanyşyklydyr. .
Salgylanma
Thingholm, LB we ş.m."2-nji görnüşli süýji keseli bolan we semiz adamlar dürli içege mikroblarynyň işleýiş ukybyny we düzümini görkezýärler."Öýjük öý eýesi we mikrob26.2 (2019).
