circRNA yzygiderliligi-Illumina
Hyzmat artykmaçlyklary
Ø“CircRNA” mRNA aňlatmasy bilen ýokary baglanyşykdadyr
ØCircRNA - miRNA - mRNA kadalaşdyryş ulgamyna gatnaşdy
ØBelli circRNA we täze circRNA çaklamasyny kesgitlemek we statistika
ØBMKCloud esasly netijäni bermek: Platformada elýeterli maglumatlary gazyp almak.
ØSatuwdan soň hyzmatlar taslama gutarandan soň 3 aý dowam eder
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
Nukleotidler:
| Arassalyk | Bütewilik | Hapalanmak | Mukdary |
| OD260 / 280≥1.7-2.5;OD260 / 230≥0.5-2.5; | Ösümlikler üçin: RIN≥6.5;Haýwanlar üçin: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;çäkli ýa-da esasy belentlik ýok | Gelde görkezilen belok ýa-da DNK bilen çäklendirilen ýa-da ýok. | Kons.≥100ng / μl;Tom ≥ 10 μl;Jemi ≥2μg |
Dokumasy: Agramy (gury): ≥1 gr
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.
Öýjügiň togtadylmagy: Öýjükleriň sany = 3 × 107
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 10-dan kiçi hasaplansa5, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär.
Ganyň nusgalary:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol we 2mL gan (TRIzol:Gan= 3: 1)
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner: 2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Iberiş:
Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
RNK durnuk turbalary: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
RNK çykarmak
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
Bioinformatika
 |
1.CircRNA öý eýeleri
SirkRNA-laryň köpüsiniň içerki ýa-da intergen sebitlerden däl-de, eksonlardan gelip çykandygy habar berildi.Mundan başga-da, hromosomlaryň arasynda circRNA-nyň paýlanyşy ep-esli üýtgeýär.Şol sebäpden, dürli nusgalaryň arasynda, şol sanda dürli gen sebitlerinde we dürli hromosomlarda paýlanyşyny goşmak bilen, circRNA öý eýeleriniň dürli paýlanyşyna baha bermek gaty möhümdir.
CircRNA öý eýesiniň paýlanyşy
2. DE-circRNA-da toparlaýyn derňew
Differensial beýan edilen circRNA-laryň iýerarhiki toparlanyşygy
3. DE-circRNA Host genleri barada bellik
DE-circRNA kabul ediji genleriň GO klassifikasiýasy
BMK meselesi
CPSF4, gepatosellüler karsinomada sirkRNA emele gelişini we mikroRNA töwekgelçilikli gen dymmagyny kadalaşdyrýar
Çap edilen: Onkogen, 2021
Esasy netijeler
1.CPSF4 aňlatmasy HCC-de düzülendir we CPSF4-iň ýokary aňlatmasy HCC hassalarynda nädogry çaklama bilen baglanyşyklydyr.
2. CPSF4 poliadenilasiýa signalynyň yzygiderliligine eýe bolan circRNA-laryň derejesini peseldýär we sirkRNA-laryň azalmagy miRNA-nyň ýygnanmagyny azaldýar we HCC-de miRNA-töwellaçylykly gen dymmagyny bozýar.
3. Öýjük medeniýeti we ksenograft syçan modellerinde geçirilen synaglar, CPSF4-iň HCC öýjükleriniň köpelmegine we tumorigeniň ýokarlanýandygyny görkezdi.Mundan başga-da, CPSF4 HCC-de aşaky akym sRNA-nyň çiş ýok ediji täsirine garşy çykýar
 miRNA derejesi we belok derejesi |
Wang X, Dong J, Li X we ş.m.CPSF4, gepatosellüler karsinomada sirkRNA emele gelişini we mikroRNA araçylyk gen dymmagyny kadalaşdyrýar [J].Onkogen.DOI ： 10.1038 / s41388-021-01867-6
