Hytaýyň DNK / RNA yzygiderliligi -PacBio Sequencer zawody we öndürijileri |BMK

DNK / RNA yzygiderliligi -PacBio Sequencer

DNA/RNA sequencing -PacBio Sequencer Featured Image

“PacBio” yzygiderlilik platformasy uzak okalýan yzygiderli platforma bolup, “Üçünji nesil yzygiderliligi” (TGS) tehnologiýalarynyň biri hökmünde hem bellidir.Esasy tehnologiýa, ýeke molekulaly real wagt (SMRT), onlarça kilo bazasy bilen okalmagyna mümkinçilik döredýär.“Sequencing-by-sintez” esasynda ýeke-täk nukleotid çözgüdi nol re modeimli tolkun goragçysy (ZMW) arkaly gazanylýar, bu ýerde diňe aşaky çäkli ses (molekulanyň sinteziniň ýeri) yşyklandyrylýar.Mundan başga-da, SMRT yzygiderliligi NGS ulgamyndaky yzygiderlilikden gaça durýar, sebäbi PCR güýçlendirmek ädimleriniň köpüsi kitaphananyň gurluşygynda talap edilmeýär.

Biz bilen habarlaşyň

Hyzmat maglumatlary

Demo netijeleri

Aýratynlyklary

“PacBio” yzygiderliliginde iki yzygiderlilik tertibi: Üznüksiz uzak okamak (CLR) we tegelek ylalaşyk okamak (CCS)

Yzygiderlilik tertibi	Kitaphananyň ululygy	Nazary maglumatlarHasyl bermek (Bir öýjük üçin)	-Eke-täkTakyklyk	Goýmalar
CLR	20Kb, 30Kb we ş.m.	80 Gb-dan 130 Gb	Takmynan.85%	De nowo, SV çagyryşy we ş.m.
CCS	15-20 Kb	14-40 Gb / öýjük (CCS)	Takmynan.99%	De nowo, SNP / Indel / SV jaň, Iso-Seq,

Hyzmat artykmaçlyklary

Ø“PacBio” yzygiderli platformasynda dürli görnüşli müňlerçe ýapyk taslamalar bilen 7 ýyldan gowrak tejribe.

ØIň soňky “PacBio Sequencing” platformalary bilen doly enjamlaşdyrylan “Sequel II”, yzygiderli yzygiderliligiň kepillendirilmegi üçin

ØHas çalt öwrüm wagty, has ýokary maglumat öndürijiligi we has takyk maglumatlar.

ØPacüzlerçe ýokary täsirli PacBio neşirlerinde goşant goşdy

Nusga talaplary

Mysal görnüşi	Mukdary	Konsentrasiýa ub Qubit®）	Ses	Arassalyk	Beýlekiler
Genomiki DNK	Maglumatlaryň talaplaryna bagly	≥20 ng / μl	≥15μl	OD260 / 280 = 1.6-2.3; OD260 / 230 = 1.5-2.5 ； 260 nm at iň ýokary nokady arassalaňhapalanma ýok	Konsentrasiýany Qubit we Qubit / Nanopore = 0.8-2.0 bilen ölçemeli
Jemi RNK	.51.5μg	≥40 ng / μl	≥15μl	OD260 / 280 = 1.7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5 ；hapalanma ýok	RIN bahasy ≥7.5

Hyzmat iş tertibi

Mysal üçin taýýarlyk

Kitaphana gurluşygy

Yzygiderlilik

Maglumatlaryň derňewi

Taslamany gowşurmak

Öňki: Bulgur Segregant derňewi

Indiki: Deňeşdiriji genomika

1. Öýüň içindäki maglumatlar

63 CCS öýjüginden alnan maglumatlar (26 görnüşden)

Maglumatlar-Pacbio-CCS-15 Kb	Ortaça	Maks	Min	Orta
Hasyl bermek - aşaky çörekler (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Iledyllady - CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimeraza N50	145,651	175,430	118,118	144,689
N50 goşundylary	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Ortaça uzynlyk-polimeraza	67,995	89,379	49,664	66,433
Ortaça uzynlyk	15,866	21,036	11,657	16,012
Ortaça uzynlyk-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

16 CLR öýjüklerinden alnan maglumatlar (76 görnüşden)

DATA-Pacbio-CLR-30Kb	Ortaça	Maks	Min	Orta
Hasyl bermek - aşaky çörekler (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polimeraza N50	39,456	121,191	15,389	35,231
N50 goşundylary	28,490	41,012	14,430	29.063
Ortaça uzynlyk-polimeraza	22.063	48,886	8,747	21,555
Ortaça uzynlyk	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC - DemoMaglumatlaryň hasyllylygy barada statistika

Mysal	ccs Sanlary okaýar	Jemi cc bazalary (bp)	ccs N50 okaýar (bp)	ccs ortaça uzynlyk (bp)	ccs Iň uzyn oka (bp)	subreads Bases (bp)	ccs derejesi (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27